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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
06/11/2023 |
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Data da última atualização: |
07/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SUELA, M. M.; AZEVEDO, C. F.; NASCIMENTO, A. C. C.; MOMEN, M.; OLIVEIRA, A. C. B. de; CAIXETA, E. T.; MOROTA, G.; NASCIMENTO, M. |
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Afiliação: |
MATHEUS MASSARIOL SUELA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; ANA CAROLINA CAMPANA NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA; MEHDI MOMEN, UNIVERSITY OF WISCONSIN-MADISON; ANTONIO CARLOS BAIAO DE OLIVEIRA, CNPCa; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA MOURA, CNPCa; GOTA MOROTA, VIRGINIA POLYTECHNIC INSTITUTE AND STATE UNIVERSITY; MOYSÉS NASCIMENTO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE VIÇOSA. |
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Título: |
Genome-wide association study for morphological, physiological, and productive traits in Coffea arabica using structural equation models. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 3, 2023. |
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Páginas: |
17 p. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11295-023-01597-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Yield is one of the most important traits of arabica coffee. Plant breeders seek to maximize yield directly or indirectly, using other related traits. The standard multi-trait genome-wide association study (MTM-GWAS) does not accommodate the network structure of phenotypes, therefore, does not address how traits are interrelated. We applied structural equation modeling (SEM) to GWAS to explore interrelated dependencies between phenotypes related to morphology (fruit size and number of reproductive nodes), physiology (vegetative vigor), and productivity (yield) traits using 195 Coffea arábica individuals genotyped with 21,211 single-nucleotide polymorphism markers. We inferred the probabilistic phenotypic network by the Hill-Climbing algorithm to estimate the structural coefficients. The integration of multivariate GWAS and SEM (SEM-GWAS) identified a positive interrelationship between vegetative vigor and yield, and vegetative vigor and the number of reproductive nodes. Among those traits, yield and number of reproductive nodes presented indirect SNP effects. There was no evidence of a single quantitative trait locus controlling all the traits jointly. We identified three genes (Stress enhanced protein 1, Abscisic stress-ripening protein 5, and SAR?SNI1) that acted directly on yield. In summary, SEM-GWAS offered new insights into the relationship between the traits linked to coffee yield, providing useful information for arabica coffee breeding programs. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea arabica var. arabica; Genome-wide association study; Single nucleotide polymorphism; Structural equation modeling. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157822/1/Genome-wide-association.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Registro |
Volume |
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URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
15/04/2008 |
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Data da última atualização: |
17/04/2008 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
TELES, F. L.; FERREIRA, L. G.; DAVI, G. dos S.; SILVEIRA, C. R.; SANTOS JÚNIOR, A.; SILVANO, G.; NÓBREGA, C.; BUSO, G. S. C.; BRONDANI, R. P. V.; BRONDANI, C.; MELO, L. C.; DEL PELOSO, M. J.; BASSINELLO, P. Z.; SIBOV, S. T.; CARNEIRO, M. S. |
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Afiliação: |
Fábio Luis Teles, Universidade Federal de Goiás; Luciana Gomes Ferreira, Universidade Federal de Goiás; Giselle dos Santos Davi, Universidade Federal de Goiás; César Rafael Silveira, Universidade Federal de Goiás; Agenor Santos Júnior, Universidade Federal de Goiás; Geovane Silvano, Universidade Federal de Goiás; Carolina Nóbrega, Universidade Federal de Goiás; Gláucia Salles Cortopassi Buso, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Rosana Pereira Vianello Brondani, Embrapa Arroz e Feijão; Cláudio Brondani, Embrapa Arroz e Feijão; Leonardo Cunha Melo, Embrapa Arroz e Feijão; Maria José Del Peloso, Embrapa Arroz e Feijão; Priscila Zaczuk Bassinello, Embrapa Arroz e Feijão; Sérgio Tadeu Sibov, Universidade Federal de Goiás; Monalisa Sampaio Carneiro, Universidade Federal de São Carlos. |
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Título: |
Mapa genético baseado em marcadores microssatélites e RAPD utilizando populações de melhoramento contrastante para teor de fibra no feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 4., 2007, São Lourenço. Anais... São Lourenço: Sociedade Brasileira de Melhoramento de Plantas, 2007. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi à construção de um mapa genético do feijoeiro comum, utilizando populações de melhoramento contrastante para o teor de fibra com base em marcadores microssatélites e RAPD. |
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Palavras-Chave: |
Construção; Mapa genético; Marcadores; Microssatélites. |
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Thesagro: |
Feijão; Melhoramento; Phaseolus Vulgaris. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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