Data/hora: 29/05/2024 08:58:58

Biblioteca(s): | Embrapa Gado de Corte.
Data corrente: | 07/03/2017
Data da última atualização: | 07/03/2017
Autoria: | SALGADO, L. R.; CHIARI, L.; JANK, L.; SANTOS, M. F.
Afiliação: | LEONARDO RIPPEL SALGADO, BOLSISTA - FUNDECT/CNPq; LUCIMARA CHIARI, CNPGC; LIANA JANK, CNPGC; MATEUS FIGUEIREDO SANTOS, CNPGC.
Título: | Análise bioinformática do transcritoma de Panicum maximum Jacq. em resposta ao déficit hídrico.
Ano de publicação: | 2016
Fonte/Imprenta: | In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 12., 2016, Campo Grande, MS. p. 72-73.
Idioma: | Português
Conteúdo: | Entre as principais espécies forrageiras tropicais utilizadas nas pastagens brasileiras, Panicum maximum merece destaque devido a sua alta produtividade e qualidade de forragem. Entretanto, as cultivares disponíveis desta espécie apresentam acentuada redução de produtividade nos períodos de seca e veranicos. Neste projeto, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para obter o transcritoma de folhas de P. maximum sob diferentes condições de estresse para buscar elucidar os mecanismos de tolerância relacionados à resposta a este estresse. Para tanto, foi conduzido um ensaio de estresse hídrico com os genótipos c10 (tolerante) e HBRS 1 (sensível) por oito dias com dois níveis hídricos (controle e estresse) e quatro pontos de coletas (controle, 1, 4 e 8 dias), usando um delineamento inteiramente casualizado com três repetições. Os cDNAS obtidos a partir da extração dos RNAs em triplicata dos dois genótipos foram sequenciados em sequenciador Illumina HiSeq2500. As bibliotecas foram preparadas para sequenciamento do tipo pair end (101 bp) com uma cobertura desejada de 8 milhões de reads por biblioteca. Após demultiplexing, os arquivos no formato .fastq foram utilizados como entrada para montagem do transcritoma utilizando diferentes configurações do software Trinity RNA-Seq De novo Assembler e depois compilados em um transcritoma compreensivo pelo Evidential- Gene Transcript Assembly Software. O transcritoma compreensivo foi gerado a partir de cinco outras montagens resultando em um total de 60,701 transcritos e 61,576 sequências de aminoácidos. A partir destes transcritos obteve-se 12.605 marcadores microssatélites variando em tamanho do motivo de uma até seis repetições. Este é um trabalho em andamento, que culminará com a identificação de genes diferencialmente expressos em resposta ao déficit hídrico. No entanto, com os resultados obtidos até o momento disponibiliza-se um grande números de marcadores moleculares do tipo SSR, que após validados, podem ser usados amplamente nos programas de melhoramento genético de cultivares de Panicum maximum e espécies geneticamente próximas.
Palavras-Chave: | Déficit hídrico.
Thesagro: | Panicum maximum; Pastagem.
Categoria do assunto: | --
URL: | http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/157227/1/Analise-bioinformatica.pdf
Registro original: | Embrapa Gado de Corte (CNPGC)
Exemplares: | CNPGC - (16797-1) - UPC - RA - DD -  -  -  - DIS