| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
|
Data corrente: |
29/11/2019 |
|
Data da última atualização: |
02/12/2020 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
SILVA, V. da; RAMOS, M.; GROENEN, M.; CROOIJMANS, R.; JOHANSSON, A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L.; ZIMMER, R.; WALDRON, L.; GEISTLINGER, L. |
|
Afiliação: |
Vinicius da Silva, Wageningen University and Research; Marcel Ramos, Swedish University of Agricultural Sciences; Martien Groenen, Wageningen University and Research; Richard Crooijmans, Wageningen University and Research; Anna Johansson, Swedish University of Agricultural Sciences; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Coutinho, USP; Ralf Zimmer, Universität München; Levi Waldron, University of New York; Ludwig Geistlinger, University of New York. |
|
Título: |
CNVRanger: association analysis of CNVs with geneexpression and quantitative phenotypes. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics, v. 36, n. 3, p. 972-973, 2020. |
|
DOI: |
10.1093/bioinformatics/btz632 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a major type of structural genomic variation that is increasingly studied acrossdifferent species for association with diseases and production traits. Established protocols for experimental detection andcomputational inference of CNVs from SNP array and next-generation sequencing data are available. We present theCNVRangerR/Bioconductor package which implements a comprehensive toolbox for structured downstream analysis ofCNVs. This includes functionality for summarizing individual CNV calls across a population, assessing overlap with func-tional genomic regions, and genome-wide association analysis with gene expression and quantitative phenotypes. |
|
Palavras-Chave: |
Expressão gênica; Fenótipos quantitativos; Genomic hybridization; Quantitative phenotypes; Structural genomic. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/218623/1/CNVRanger.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 01575naa a2200301 a 4500
001 2115536
005 2020-12-02
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1093/bioinformatics/btz632$2DOI
100 1 $aSILVA, V. da
245 $aCNVRanger$bassociation analysis of CNVs with geneexpression and quantitative phenotypes.$h[electronic resource]
260 $c2020
520 $aCopy number variation (CNV) is a major type of structural genomic variation that is increasingly studied acrossdifferent species for association with diseases and production traits. Established protocols for experimental detection andcomputational inference of CNVs from SNP array and next-generation sequencing data are available. We present theCNVRangerR/Bioconductor package which implements a comprehensive toolbox for structured downstream analysis ofCNVs. This includes functionality for summarizing individual CNV calls across a population, assessing overlap with func-tional genomic regions, and genome-wide association analysis with gene expression and quantitative phenotypes.
653 $aExpressão gênica
653 $aFenótipos quantitativos
653 $aGenomic hybridization
653 $aQuantitative phenotypes
653 $aStructural genomic
700 1 $aRAMOS, M.
700 1 $aGROENEN, M.
700 1 $aCROOIJMANS, R.
700 1 $aJOHANSSON, A.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
700 1 $aCOUTINHO, L.
700 1 $aZIMMER, R.
700 1 $aWALDRON, L.
700 1 $aGEISTLINGER, L.
773 $tBioinformatics$gv. 36, n. 3, p. 972-973, 2020.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Tabuleiros Costeiros. Para informações adicionais entre em contato com cpatc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
|
Data corrente: |
15/03/2010 |
|
Data da última atualização: |
15/03/2010 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
B - 4 |
|
Autoria: |
MENEZES, A. F.; CARVALHO, H. W. L. de; FUKUDA, W. M. G.; OLIVEIRA, I. R. de; RANGEL, J. H. de A.; RANGEL, M. A. S.; SILVA, B. S. de F.; FEITOSA, L. F. |
|
Afiliação: |
ALBA FREITAS MENEZES; HELIO WILSON LEMOS DE CARVALHO, CPATC; WÂNIA MARIA GONÇAVES FUKUDA, CNPMF; IVENIO RUBENS DE OLIVEIRA, CPATC; JOSE HENRIQUE DE ALBUQUERQUE RANGEL, CPATC; MARCO ANTÔNIO SADREZ RANGEL, CNPMF; BRUNO SANTANA DE FREITAS SILVA, UFS; LÍVIA FREIRE FEITOSA. |
|
Título: |
Avaliação de variedades de mandioca na região centro-sul do estado de Sergipe, na safra 2007/2008. |
|
Ano de publicação: |
2009 |
|
Fonte/Imprenta: |
Revista Raízes e Amidos Tropicais, São Paulo, v.5, jul. 2009. |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
n. 82, Biotecnologia. |
|
Thesagro: |
Mandioca. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 00676naa a2200217 a 4500
001 1661162
005 2010-03-15
008 2009 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aMENEZES, A. F.
245 $aAvaliação de variedades de mandioca na região centro-sul do estado de Sergipe, na safra 2007/2008.
260 $c2009
500 $an. 82, Biotecnologia.
650 $aMandioca
700 1 $aCARVALHO, H. W. L. de
700 1 $aFUKUDA, W. M. G.
700 1 $aOLIVEIRA, I. R. de
700 1 $aRANGEL, J. H. de A.
700 1 $aRANGEL, M. A. S.
700 1 $aSILVA, B. S. de F.
700 1 $aFEITOSA, L. F.
773 $tRevista Raízes e Amidos Tropicais, São Paulo$gv.5, jul. 2009.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Tabuleiros Costeiros (CPATC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
