| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
|
Data corrente: |
30/12/2016 |
|
Data da última atualização: |
29/12/2017 |
|
Autoria: |
SILVA, M. I. V.; CHITARRA, C. S.; OLIVEIRO FILHO, J. X. de; MORES, N.; ITO, A. T. H.; ROCHA, I. S. M.; NAKAZATO, L.; DUTRA, V. |
|
Afiliação: |
MAYARA I. V. SILVA, UFMT; MAYARA I. V. SILVA, UFMT; JOÃO X. DE OLIVEIRA FILHO, CNPGL; NELSON MORES, CNPSA; ALESSANDRA TAMMY HAYAKAWA ITO, UFMT; ICARO SERGIO MAGALHÃES ROCHA, UFMT; LUCIANO NAKAZATO, UFMT; VALÉRIA DUTRA, UFMT. |
|
Título: |
Identificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condições de privação de ferro. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 10, p. 965-970, out. 2016. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
Ferro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de microarray?, entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter? e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). O estudo comprovou que a restrição de Fe aumenta a expressão de genes envolvidos no transporte celular, reguladores transcricionais, proteínas hipotéticas e desconhecidas e permitiu ainda a identificação de novos genes como a permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteina periplasmática de alta afinidade com Fe2+, que configuram uma possível via alternativa de absorção de Fe. MenosFerro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de microarray?, entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter? e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente ex... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Expresão genica; Fe deprivation; Gene experession; New generation sequencing; Privação de Fe; RNA-seq; Sequenciamento de nova geração. |
|
Thesagro: |
Pasteurella Multocida. |
|
Thesaurus Nal: |
Pasteurellosis. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152574/1/Identificacao-de-transcritos.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03037naa a2200313 a 4500
001 2059662
005 2017-12-29
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aSILVA, M. I. V.
245 $aIdentificação de transcritos diferencialmente expressos por Pasteurella multocida em condições de privação de ferro.$h[electronic resource]
260 $c2016
520 $aFerro (Fe) é um elemento essencial e a capacidade de adquiri-lo in vivo têm sido descrita em diversos agentes patogênicos através de fatores de virulência. Análises de transcritos durante a privação de Fe tem sido descritos através da técnica de microarray?, entretanto a técnica de RNA-seq recentemente tem demonstrado resultados superiores. Neste trabalho, o isolado de Pasteurella multocida (Pm 16759) altamente patogênico em suínos foi cultivado em duas condições com diferentes concentrações de Fe (controle e privação) com o objetivo de analisar transcritos diferencialmente expressos. O RNA total das duas condições foi extraído e sequenciado através da plataforma de nova geração Ion Torrent. Os dados foram analisados no Software Ion Reporter? e processados no programa Rockhopper. Foram obtidas 1.341.615 leituras com tamanho médio de 81pb, com 96% de alinhamento com o genoma de Pasteurella multocida subsp. multocida 3480 e 98,8% de acurácia. No mapeamento das leituras das duas condições, observou-se 2,652 transcritos e destes, 177 (6,7%) foram diferencialmente expressos, sendo 93 na condição controle (Fe+) e 84 na condição de privação (Fe-). Na condição de privação de Fe, o perfil de transcritos foram associados a função de transporte celular (fbp ABC, permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteína periplasmática de alta afinidade com Fe2+), reguladores transcricionais e proteínas hipotéticas. O perfil na condição controle (Fe+) apresentou transcritos diferencialmente expressos associados ao RNAs anti-sense (asRNA) e genes do metabolismo energético (fructose-1,6-bisfosfatase). O estudo comprovou que a restrição de Fe aumenta a expressão de genes envolvidos no transporte celular, reguladores transcricionais, proteínas hipotéticas e desconhecidas e permitiu ainda a identificação de novos genes como a permease de alta afinidade com Fe2+/Pb2+ e proteina periplasmática de alta afinidade com Fe2+, que configuram uma possível via alternativa de absorção de Fe.
650 $aPasteurellosis
650 $aPasteurella Multocida
653 $aExpresão genica
653 $aFe deprivation
653 $aGene experession
653 $aNew generation sequencing
653 $aPrivação de Fe
653 $aRNA-seq
653 $aSequenciamento de nova geração
700 1 $aCHITARRA, C. S.
700 1 $aOLIVEIRO FILHO, J. X. de
700 1 $aMORES, N.
700 1 $aITO, A. T. H.
700 1 $aROCHA, I. S. M.
700 1 $aNAKAZATO, L.
700 1 $aDUTRA, V.
773 $tPesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro$gv. 36, n. 10, p. 965-970, out. 2016.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
|
Data corrente: |
17/08/2021 |
|
Data da última atualização: |
17/08/2021 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Circulação/Nível: |
B - 1 |
|
Autoria: |
LUZ, C. C. da S.; RAMOS, A. W. P.; BARROS, C. A. de; NEVES, S. M. A. da S.; SILVA, J. dos S. V. da; GALVANIN, E. A. dos S. |
|
Afiliação: |
CAMILA CALAZANS DA SILVA LUZ, UNEMAT; ALEXANDER WEBBER PERLANDIM RAMOS, UFMG; CLEBER APARECIDO DE BARROS, UNEMAT; SANDRA MARA ALVES DA SILVA NEVES, UNEMAT; JOAO DOS SANTOS VILA DA SILVA, CNPTIA; EDINÉIA APARECIDA DOS SANTOS GALVANIN, UNESP. |
|
Título: |
EDVI e EVI aplicados à análise da dinâmica temporal da cobertura vegetal e usos da terra da Bacia do Córrego Padre Inácio. |
|
Ano de publicação: |
2021 |
|
Fonte/Imprenta: |
Anuário do Instituto de Geociências, v. 44, p. 1-10, 2021. |
|
DOI: |
https://doi.org/10.11137/1982-3908_2021_44_35438 |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Artigo 35438. |
|
Conteúdo: |
Resumo. O objetivo deste estudo é aplicar os índices de vegetação Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) e Enhanced Vegetation Index (EVI) para análise da dinâmica temporal da cobertura vegetal e dos usos da terra da Bacia Hidrográfica do Córrego Padre Inácio, no Estado de Mato Grosso. O estudo é desenvolvido na perspectiva de que os dados e informações geradas contribuam para a conservação ambiental do bioma Pantanal, a qual a bacia é contribuinte hídrica. Para tal, foram gerados os dados de cobertura vegetal e dos usos da terra, para o ano de 2016; extração dos dados de NDVI e EVI para o período de 16 anos; verificação a campo para correções e validação; cálculos das curvas médias das classes para cada índice e confecção dos perfis médios. Quatro classes de cobertura vegetal e usos da terra foram identificadas na bacia: Agricultura na Região de Savana (Ac.S); Floresta Estacional Semidecidual Aluvial (Fa); Pastagem plantada na Região de Savana (Ap.S) e Savana Arborizada com Presença de Savana Florestada (Sa+Sd). A Ap.S ocupou áreas originalmente de Fa e Sa+Sd, sendo que as práticas de manejo contribuíram para a aceleração da degradação na bacia, fato evidenciado pelo baixo índice de biomassa. Atualmente a Ac.S (cana-de-açúcar, majoritariamente) tem se expandido, ocupando as áreas de Ap.S degradadas. A baixa densidade da vegetação nativa no entorno dos cursos hídricos sinaliza o descumprimento das normas do Código Florestal. Dessa maneira, é urgente a adoção de práticas de manejo conservacionistas e recuperação das Áreas de Preservação Permanentes dos cursos hídricos, caso contrário, as práticas agropecuárias desenvolvidas na bacia se tornarão inviáveis, provocando o surgimento e a intensificação de problemas ambientais. MenosResumo. O objetivo deste estudo é aplicar os índices de vegetação Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) e Enhanced Vegetation Index (EVI) para análise da dinâmica temporal da cobertura vegetal e dos usos da terra da Bacia Hidrográfica do Córrego Padre Inácio, no Estado de Mato Grosso. O estudo é desenvolvido na perspectiva de que os dados e informações geradas contribuam para a conservação ambiental do bioma Pantanal, a qual a bacia é contribuinte hídrica. Para tal, foram gerados os dados de cobertura vegetal e dos usos da terra, para o ano de 2016; extração dos dados de NDVI e EVI para o período de 16 anos; verificação a campo para correções e validação; cálculos das curvas médias das classes para cada índice e confecção dos perfis médios. Quatro classes de cobertura vegetal e usos da terra foram identificadas na bacia: Agricultura na Região de Savana (Ac.S); Floresta Estacional Semidecidual Aluvial (Fa); Pastagem plantada na Região de Savana (Ap.S) e Savana Arborizada com Presença de Savana Florestada (Sa+Sd). A Ap.S ocupou áreas originalmente de Fa e Sa+Sd, sendo que as práticas de manejo contribuíram para a aceleração da degradação na bacia, fato evidenciado pelo baixo índice de biomassa. Atualmente a Ac.S (cana-de-açúcar, majoritariamente) tem se expandido, ocupando as áreas de Ap.S degradadas. A baixa densidade da vegetação nativa no entorno dos cursos hídricos sinaliza o descumprimento das normas do Código Florestal. Dessa maneira, é urgente a adoção de prátic... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Conservação ambiental; Enhanced Vegetation Index. |
|
Thesagro: |
Cobertura Vegetal; Sensoriamento Remoto; Uso da Terra. |
|
Thesaurus NAL: |
Land use; Normalized difference vegetation index; Pantanal; Remote sensing; Vegetation cover. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/225252/1/AP-NDVI-EVI-2021.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02892naa a2200325 a 4500
001 2133639
005 2021-08-17
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.11137/1982-3908_2021_44_35438$2DOI
100 1 $aLUZ, C. C. da S.
245 $aEDVI e EVI aplicados à análise da dinâmica temporal da cobertura vegetal e usos da terra da Bacia do Córrego Padre Inácio.$h[electronic resource]
260 $c2021
500 $aArtigo 35438.
520 $aResumo. O objetivo deste estudo é aplicar os índices de vegetação Normalized Difference Vegetation Index (NDVI) e Enhanced Vegetation Index (EVI) para análise da dinâmica temporal da cobertura vegetal e dos usos da terra da Bacia Hidrográfica do Córrego Padre Inácio, no Estado de Mato Grosso. O estudo é desenvolvido na perspectiva de que os dados e informações geradas contribuam para a conservação ambiental do bioma Pantanal, a qual a bacia é contribuinte hídrica. Para tal, foram gerados os dados de cobertura vegetal e dos usos da terra, para o ano de 2016; extração dos dados de NDVI e EVI para o período de 16 anos; verificação a campo para correções e validação; cálculos das curvas médias das classes para cada índice e confecção dos perfis médios. Quatro classes de cobertura vegetal e usos da terra foram identificadas na bacia: Agricultura na Região de Savana (Ac.S); Floresta Estacional Semidecidual Aluvial (Fa); Pastagem plantada na Região de Savana (Ap.S) e Savana Arborizada com Presença de Savana Florestada (Sa+Sd). A Ap.S ocupou áreas originalmente de Fa e Sa+Sd, sendo que as práticas de manejo contribuíram para a aceleração da degradação na bacia, fato evidenciado pelo baixo índice de biomassa. Atualmente a Ac.S (cana-de-açúcar, majoritariamente) tem se expandido, ocupando as áreas de Ap.S degradadas. A baixa densidade da vegetação nativa no entorno dos cursos hídricos sinaliza o descumprimento das normas do Código Florestal. Dessa maneira, é urgente a adoção de práticas de manejo conservacionistas e recuperação das Áreas de Preservação Permanentes dos cursos hídricos, caso contrário, as práticas agropecuárias desenvolvidas na bacia se tornarão inviáveis, provocando o surgimento e a intensificação de problemas ambientais.
650 $aLand use
650 $aNormalized difference vegetation index
650 $aPantanal
650 $aRemote sensing
650 $aVegetation cover
650 $aCobertura Vegetal
650 $aSensoriamento Remoto
650 $aUso da Terra
653 $aConservação ambiental
653 $aEnhanced Vegetation Index
700 1 $aRAMOS, A. W. P.
700 1 $aBARROS, C. A. de
700 1 $aNEVES, S. M. A. da S.
700 1 $aSILVA, J. dos S. V. da
700 1 $aGALVANIN, E. A. dos S.
773 $tAnuário do Instituto de Geociências$gv. 44, p. 1-10, 2021.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
| Expressão de busca inválida. Verifique!!! |
|
|
