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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
09/01/2020 |
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Data da última atualização: |
09/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CAETANO, A. R.; IANELLA, P.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI NETO, A.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, Cenargen; PATRICIA IANELLA, Cenargen; EDUARDO SOUSA VARELA, CNPASA; SAMUEL REZENDE PAIVA, Cenargen; FRANCISCO PEREIRA LOBO; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Genome sequencing and de novo assembly of tambaqui (Colossoma macropomum). |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: AQUACULTURE, 2019, New Orleans. Aquaculture: the big choice! abstracts. [S.l.: s.n.], 2019. |
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Páginas: |
p. 182. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 scaffolds were placed in the map with 27 linkage groups (n=x=27), totaling 1,508,696,562bp and 94% (6,788) of all mapped markers, with an average of 4.7 markers per megabase. Of the 6,788 mapped markers, ~93% were anchored, 84.9% in concordance with marker orientation, and 7.1% markers were unplaced. Obtained results reveal a high-quality NGS de novo Tambaqui genome assemble, providing a valuable tool for future genomic studies and the use of genomic tools for broodstock management and assisted genetic evaluations and breeding. MenosThe South American freshwater fish Tambaqui (Colossoma macropomum) is the most important native aquaculture species in Brazil. Current production levels are above 150,000 mt per year. Recent efforts to domesticate, breed and raise the species in aquaculture systems has led to significant increases in production (>10-fold) over the last decade, and development of new technologies based on genomic tools and information could help further increase productivity and production growth rates. A Tambaqui genome assembly was generated with data produced from shotgun libraries from two different insert sizes and matepair libraries with four different sizes sequenced (2x150bps) with a HiSeq2000 platform. A total of 124.8Gbp quality-filtered nucleotides were sequenced which amount to 85x mean genome coverage, considering previously published information (C-value = 1.5pg = 1.467Gbp). Initial sequence assembly was performed with SOAPdenovo and generated 8.920 scaffolds spanning 1.54 Gbps (N50 scaffold length: 2,041kb, L50 scaffold count: 162). Gene model predictions with MAKER2 using as extrinsic evidence protein and EST data from phylogenetically related taxa found 23,632 genes, ~20,000 shared with A. mexicanus. CEGMA analysis (prior to gap filling) detected 85% core genes completely assembled and 9% partially assembled. Tambaqui assembly scaffolds ordering and orientation was carried out using ALLMAPS software based on the available linkage map (LM) (Nunes et al. 2017). A total of 1440 ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Thesagro: |
Colossoma Macropomum; Tambaqui. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Genome assembly. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Acre; Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
11/08/2014 |
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Data da última atualização: |
13/08/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
QUEIROZ, L. R.; GUIMARAES, P. E. de O.; GUIMARAES, L. J. M.; TARDIN, F. D. |
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Afiliação: |
LUCIANO RODRIGUES QUEIROZ, CPAFAC; PAULO EVARISTO DE O GUIMARAES, CNPMS; LAURO JOSE MOREIRA GUIMARAES, CNPMS; FLAVIO DESSAUNE TARDIN, CNPMS. |
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Título: |
Desempenho de híbridos de milho nas condições de primeira safra em Rio Branco-AC. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
No cultivo do milho o fator que mais se destaca no aumento da produtividade é o emprego de sementes melhoradas de híbridos simples. Assim, o uso de cultivares adaptadas as condições edafoclimáticas de cada região é fundamental para que o produtor obtenha maior produtividade. No mercado de sementes melhoradas ocorre uma ampla oferta de cultivares de milho tornando-se de grande relevância verificar o desempenho agronômico das cultivares indicadas para cada região devido a ampla variação dos genótipos em função do ambiente. O objetivo do experimento foi avaliar as características de interesse agronômico em cultivares experimentais de milho da Embrapa em relação a cultivares de referências do mercado, na região de Rio Branco-AC. Foi implantado o experimento na área experimental da Embrapa Acre, no mês de novembro de 2013. O delineamento do experimento de VCU (valor de cultivo e uso) de híbridos elite foi realizado em látice 6 x 6, totalizando 36 cultivares. Foram avaliadas as características fitotécnicas de interesse, sendo que a produtividade de grãos foi corrigida com base na umidade de 13% e realizada a estatística adequada. Os genótipos de híbridos experimentais 1L1484 e 1L1477 apresentaram as maiores produtividades de grãos destacando-se dos demais e assim devem ser avaliados em outro ano agrícola e em outros municípios do Acre. |
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Palavras-Chave: |
Cultivar. |
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Thesagro: |
Grão; Produtividade; Variedade; Zea mays. |
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Categoria do assunto: |
--
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/106534/1/Desempenho-hibridos.pdf
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Marc: |
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520 $aNo cultivo do milho o fator que mais se destaca no aumento da produtividade é o emprego de sementes melhoradas de híbridos simples. Assim, o uso de cultivares adaptadas as condições edafoclimáticas de cada região é fundamental para que o produtor obtenha maior produtividade. No mercado de sementes melhoradas ocorre uma ampla oferta de cultivares de milho tornando-se de grande relevância verificar o desempenho agronômico das cultivares indicadas para cada região devido a ampla variação dos genótipos em função do ambiente. O objetivo do experimento foi avaliar as características de interesse agronômico em cultivares experimentais de milho da Embrapa em relação a cultivares de referências do mercado, na região de Rio Branco-AC. Foi implantado o experimento na área experimental da Embrapa Acre, no mês de novembro de 2013. O delineamento do experimento de VCU (valor de cultivo e uso) de híbridos elite foi realizado em látice 6 x 6, totalizando 36 cultivares. Foram avaliadas as características fitotécnicas de interesse, sendo que a produtividade de grãos foi corrigida com base na umidade de 13% e realizada a estatística adequada. Os genótipos de híbridos experimentais 1L1484 e 1L1477 apresentaram as maiores produtividades de grãos destacando-se dos demais e assim devem ser avaliados em outro ano agrícola e em outros municípios do Acre.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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