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Registros recuperados : 129 | |
82. | | PETRINI, J. A.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; AZAMBUJA, I. H. V.; NUNES, C. D. M.; MARTINS, J. F. da S.; PILON, M.; KUHN, R. A. Desempenho produtivo da cultivar de arroz irrigado BRS Pampa no Rio Grande do Sul safra 2012/2013. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013. Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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83. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. da S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeira externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202). Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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84. | | MATTOS, M. L. T.; MARTINS, J. F. de S.; MAGALHÃES JÚNIOR, A.; PETRINI, J. A.; SILVA, J. J. C. da; SCIVITTARO, W. B.; NUNES, C. D. M.; CUNHA, N. G. da; SANTOS, I. B. dos. Monitoramento físico-químico da qualidade da água em áreas piloto da produção integrada de arroz irrigado na planície costeria externa do Rio Grande do Sul. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2008. 5 p. (Embrapa Clima Temperado. Comunicado técnico, 202). Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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86. | | TREVISOLI, P. A.; MOREIRA, G. C. M.; BOSCHIERO, C.; CESAR, A. S. M.; PETRINI, J.; MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURÃO, G. B.; GARRICK, D.; COUTINHO, L. L. A missense mutation in the MYBPH gene is associated with abdominal fat traits in meat-type chickens. Frontiers in Genetics, v. 12, n. 698163, 2021. Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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87. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; SILVA, J. T. da S.; CAMPOS, A. D. S. de; TIMM, P. A.; AIRES, T. do A. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2018. 21 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 307). Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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88. | | FAGUNDES, P. R. R.; PARFITT, J. M. B.; BRITO, G. G. de; SILVA, J. T. da; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; PETRINI, J. A.; CAMPOS, A. D. S. de. Resposta agronômica e industrial de genótipos de arroz submetidos a irrigação por inundação intermitente. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 11., 2019, Balneário Camboriú. Inovação e desenvolvimento na orizicultura: anais eletrônico. Itajaí: Epagri/Sosbai, 2019. Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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89. | | FAGUNDES, P. R. R.; MATTOS, M. L. T.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; SCIVITTARO, W. B.; PETRINI, J. A.; AZAMBUJA, I. H. V.; SEVERO, A. C. M.; STRECK, E. A.; GARCIA, N. da S.; KNABAH, O. W. Resposta de genótipos de arroz irrigado à fixação biológica de nitrogênio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013. Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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90. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: versão completa. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2013. 360 p. (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205). Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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91. | | STEINMETZ, S.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; FAGUNDES, P. R. R.; DEIBLER, A. N.; RADIN, B.; PRESTES, S. D.; SILVA, M. F. da; BERMUDEZ, D. A. Uso do método de graus-dia para estimar a data de ocorrência dos principais estádios de desenvolvimento de subgrupos de cultivares de arroz irrigado no Rio Grande do Sul: Versão Resumida. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2015. p. 111 (Embrapa Clima Temperado. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 205). Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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92. | | STEINMETZ, S.; PICADA, G. L. N.; GADEA, H. M.; KROEFF, R. M.; BORGES, V. M. P.; HERNANDES, G. C.; DEIBLER, A. N.; PILON, M.; PETRINI, J. A.; ALMEIDA, I. R. de; SILVA, M. F. da. Validação do método de graus-dia para estimar a data de diferenciação da panícula de cultivares de arroz irrigado em condições de lavoura no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 8., 2013, Santa Maria. Avaliando cenários para a produção sustentável de arroz: anais. Santa Maria: UFSM; Porto Alegre: Sosbai, 2013. Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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93. | | WANDER, A. E.; AZAMBUJA, I. H. V.; SCIVITTARO, W. B.; SILVA, J. J. C. da; ANDRES, A.; NUNES, C. D. M.; PETRINI, J. A.; MARTINS, J. F. da S.; FAGUNDES, P. R. R.; STONE, L. F. Viabilidade econômica do uso de cultivares mais precoces como alternativa de redução da água de irrigação para o arroz irrigado no Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 7., 2011, Balneário Camboriú. Racionalizando recursos e ampliando oportunidades: anais. Itajaí: Epagri, 2011. v. 1. p. 767-770. Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Clima Temperado. |
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94. | | ANDRADE, B. G. N.; DONATONI, F. A. B.; CUADRAT, R. R.; CARDOSO, T. F.; MALHEIROS, J. M.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REECY, J. M.; KOLTES, J. E.; ZERLOTINI NETO, A.; MEDEIROS, S. R. de; BERNDT, A.; PALHARES, J. C. P.; AFLI, H.; REGITANO, L. C. de A. Stool and ruminal microbiome components associated with methane emission and feed efficiency in Nelore beef cattle. Frontiers in Genetics, v. 13, 812828, may, 2022. 12 p. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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95. | | AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 Article: 8436. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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96. | | BUSS, C. E.; DINIZ, W. J. da S.; ANDRADE, B. G.; LIMA, A. O. de; GEISTLINGER, L.; AFONSO, J.; TULLIO, R. R.; TIZIOTO, P. C.; PETRINI, J.; COUTINHO, L. L.; WOLF, J. B.; MOURAO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Identification of pleiotropic loci for daily weight gain and intramuscular fat in cattle using bivariate genome-wide association analysis. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS CONFERENCE, 36., 2017, Dublin. Proceedings... Dublin: University College Dublin, 2017. p. 161-162. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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97. | | BUSS, C. E.; PETRINI, J.; MOURAO, G. B.; GEISTLINGER, L.; WOLF, J. B.; DINIZ, W. J. da S.; ROCHA, M. I. P.; AFONSO, J.; LIMA, A. O. de; TIZIOTO, P. C.; TULLIO, R. R.; ANDRADE, B. G.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. Identification of a pleiotropic locus for beef quality and feed efficiency in cattle using bi-trait genome-wide association analysis. In: WORKSHOP ON OMICS STRATEGIES APPLIED TO LIVESTOCK SCIENCE, 1., 2017, Piracicaba, SP. Proceedings... São Carlos, SP: Embrapa Pecuária Sudeste, 2017. p. 22. (Embrapa Pecuária Sudeste. Documentos, 125) Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti,... Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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98. | | BUSS, C. E.; AFONSO, J.; OLIVEIRA, P. S. N. DE; PETRINI, J.; TIZIOTO, P. C.; CESAR, A. S. M.; GUSTANI-BUSS, E. C.; CARDOSO, T. F.; ROVADOSKI, G. A.; DINIZ, W. J. DA S.; LIMA, A. O. DE; ROCHA, M. I. P.; ANDRADE, B. G. N.; WOLF, J. B.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Bivariate GWAS reveals pleiotropic regions among feed efficiency and beef quality-related traits in Nelore cattle. Mammalian Genome, v. 34, p. 90-103, dec. 2022. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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99. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; MARTINS, J. F. da S.; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; FONSECA, G. de M. da. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa no Rio Grande do Sul nas safras 2007/08 e 2008/09. Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2011. 8 p. il. (Embrapa Clima Temperado. Circular Técnica, 117) Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado; Embrapa Unidades Centrais. |
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100. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; NUNES, C. D. M.; ANDRES, A.; PETRINI, J. A.; FRANCO, D. F.; MOURA NETO, F. P.; MORAIS, O. P. de; SEVERO, A. C. M.; TURATTI, M. da R.; FONSECA, G. de M. da; HAUSEN, L. J. de O. von. Avaliação de cultivares de arroz irrigado da Embrapa, no Rio Grande do Sul, nas safras 2007/08 e 2008/09. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ARROZ IRRIGADO, 6., 2009, Porto Alegre. Estresses e sustentabilidade: desafios para a lavoura arrozeira: anais. Porto Alegre: Palotti, 2009. p. 123-126. Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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Registros recuperados : 129 | |
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| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
04/11/2022 |
Data da última atualização: |
07/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado. |
Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500 001 2148053 005 2022-11-07 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886$2DOI 100 1 $aBRUSCADIN, J. J. 245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. 650 $aCattle 650 $aEpigenetics 650 $aGenomics 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aGado 653 $aCis-regulação 653 $aCis-regulation 653 $aData integration 653 $aEpigenética 653 $aExpressão gênica 653 $aGenômica 653 $aIntegração de dados 653 $aPolimorfismos de nucleotídeo único 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aDINIZ, W. J. da S. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aSOUZA, M. M. de 700 1 $aPETRINI, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aSILVA, V. H. da 700 1 $aFERRAZ, J. B. S. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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