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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
21/06/2016 |
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Data da última atualização: |
21/06/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
TEIXEIRA, F. R. F.; NASCIMENTO, M.; NASCIMENTO, A. C. C.; SILVA, F. F. e; CRUZ, C. D.; AZEVEDO, C. F.; PAIXÃO, D. M.; BARROSO, L. M. A.; VERARDO, L. L.; RESENDE, M. D. V. de; GUIMARÃES, S. E. F.; LOPES, P. S. |
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Afiliação: |
F. R. F. Teixeira, UFV; M. Nascimento, UFV; A. C. C. Nascimento, UFV; F. F. e Silva, UFV; C. D. Cruz, UFV; C. F. Azevedo, UFV; D. M. Paixão, UFV; L. M. A. Barroso, UFV; L. L. Verardo, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; S. E. F. Guimarães, UFV; P. S. Lopes, UFV. |
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Título: |
Factor analysis applied to genome prediction for high-dimensional phenotypes in pigs. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 2, 2016. 10 p. |
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DOI: |
http://dx.doi.org/10.4238/gmr.15028231 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The aim of the present study was to propose and evaluate the use of factor analysis (FA) in obtaining latent variables (factors) that represent a set of pig traits simultaneously, for use in genome-wide selection (GWS) studies. We used crosses between outbred F2 populations of Brazilian Piau X commercial pigs. Data were obtained on 345 F2 pigs, genotyped for 237 SNPs, with 41 traits. FA allowed us to obtain four biologically interpretable factors: ?weight?, ?fat?, ?loin?, and ?performance?. These factors were used as dependent variables in multiple regression models of genomic selection (Bayes A, Bayes B, RR-BLUP, and Bayesian LASSO). The use of FA is presented as an interesting alternative to select individuals for multiple variables simultaneously in GWS studies; accuracy measurements of the factors were similar to those obtained when the original traits were considered individually. The similarities between the top 10% of individuals selected by the factor, and those selected by the individual traits, were also satisfactory. Moreover, the estimated markers effects for the traits were similar to those found for the relevant factor. |
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Palavras-Chave: |
Análise multivariada; Genome enabled prediction; SNP effects. |
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Thesagro: |
Estatística; Melhoramento genético animal; Seleção genética. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Multivariate analysis. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/144605/1/2016-M.Deon-GMR-FactorAnalysis.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
18/11/2020 |
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Data da última atualização: |
18/11/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
PADILHA, L.; SCHENK, J. C. M.; ORTEGA, H. M.; CARDOSO, D. C.; KAMIMURA, E. H.; ROSA, S. D. V. F.; MALUF, M. P. |
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Afiliação: |
LILIAN PADILHA, CNPCa. |
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Título: |
Expressão de genes relacionados ao estresse oxidativo em sementes de café armazenadas. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SEMENTES, 18., 2013, Florianópolis, SC. A semente na produtividade agrícola e na conservação de recursos genéticos. Londrina, PR: Associação Brasileira de Tecnologia de Sementes, 2013. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Sementes de café perdem rapidamente sua qualidade e vigor iniciais durante o armazenamento. Mecanismos envolvidos em danos diretos à membrana celular como, por exemplo, a produção de espécies reativas de oxigênio (EROs), podem contribuir de maneira importante para a baixa longevidade das sementes. Esta EROs são produzidas durante as fases de processamento, secagem e armazenamento das sementes e resultam em estresses oxidativos. As sementes possuem mecanismos de limpeza destas EROs, nos quais enzimas como a catalase (CAT) e a ascorbato peroxidase (APX) atuam na redução das EROs presentes nas células de sementes diminuindo assim o dano que elas podem causar. Com o objetivo de avaliar a expressão de genes que codificam enzimas ligadas ao estresse oxidativo, frutos cereja de café foram colhidos e submetidos ou não ao processamento, antes de serem secados e armazenados. A secagem à sombra até os teores de água de 12% e 35% de umidade foi realizada nos frutos ao natural ou que tiveram a mucilagem retirada por meio da fermentação ou pela desmucilagem mecânica. Frutos e sementes secas foram armazenados em câmara fria (10oC e 40%UR). A expressão dos genes que codifica a CAT e a APX foi avaliada por qRT-PCR após 0, quatro e oito meses de armazenamento. O tratamento no qual as sementes foram fermentadas foi considerado como o calibrador para avaliar a diferença entre a expressão dos genes. A expressão do gene APX aumentou em todos os tratamentos após quatro meses de armazenamento, mas não foi sido observado padrão diferenciado na expressão deste gene para os tratamentos estudados. O gene CAT que estava suprimido nas sementes que não foram submetidas a qualquer tipo de processamento e também naquelas desmuciladas mecanicamente, e teve o seu nível aumentado após os quatro meses de armazenamento, sendo que após oito meses de armazenamento, este gene teve sua expressão reduzida em todos os tratamentos. Análises preliminares não indicam padrões de expressão diferenciados para os genes APX e CAT na codificação das enzimas que trabalham, coordenadamente, para a remoção de espécies reativas de oxigênio. MenosSementes de café perdem rapidamente sua qualidade e vigor iniciais durante o armazenamento. Mecanismos envolvidos em danos diretos à membrana celular como, por exemplo, a produção de espécies reativas de oxigênio (EROs), podem contribuir de maneira importante para a baixa longevidade das sementes. Esta EROs são produzidas durante as fases de processamento, secagem e armazenamento das sementes e resultam em estresses oxidativos. As sementes possuem mecanismos de limpeza destas EROs, nos quais enzimas como a catalase (CAT) e a ascorbato peroxidase (APX) atuam na redução das EROs presentes nas células de sementes diminuindo assim o dano que elas podem causar. Com o objetivo de avaliar a expressão de genes que codificam enzimas ligadas ao estresse oxidativo, frutos cereja de café foram colhidos e submetidos ou não ao processamento, antes de serem secados e armazenados. A secagem à sombra até os teores de água de 12% e 35% de umidade foi realizada nos frutos ao natural ou que tiveram a mucilagem retirada por meio da fermentação ou pela desmucilagem mecânica. Frutos e sementes secas foram armazenados em câmara fria (10oC e 40%UR). A expressão dos genes que codifica a CAT e a APX foi avaliada por qRT-PCR após 0, quatro e oito meses de armazenamento. O tratamento no qual as sementes foram fermentadas foi considerado como o calibrador para avaliar a diferença entre a expressão dos genes. A expressão do gene APX aumentou em todos os tratamentos após quatro meses de armazenamento, mas ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Armazenamento; Coffea Arábica; Oxidação; Semente. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/217935/1/2013-CBS-Expressao-genes-SementesCaf.pdf
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Marc: |
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520 $aSementes de café perdem rapidamente sua qualidade e vigor iniciais durante o armazenamento. Mecanismos envolvidos em danos diretos à membrana celular como, por exemplo, a produção de espécies reativas de oxigênio (EROs), podem contribuir de maneira importante para a baixa longevidade das sementes. Esta EROs são produzidas durante as fases de processamento, secagem e armazenamento das sementes e resultam em estresses oxidativos. As sementes possuem mecanismos de limpeza destas EROs, nos quais enzimas como a catalase (CAT) e a ascorbato peroxidase (APX) atuam na redução das EROs presentes nas células de sementes diminuindo assim o dano que elas podem causar. Com o objetivo de avaliar a expressão de genes que codificam enzimas ligadas ao estresse oxidativo, frutos cereja de café foram colhidos e submetidos ou não ao processamento, antes de serem secados e armazenados. A secagem à sombra até os teores de água de 12% e 35% de umidade foi realizada nos frutos ao natural ou que tiveram a mucilagem retirada por meio da fermentação ou pela desmucilagem mecânica. Frutos e sementes secas foram armazenados em câmara fria (10oC e 40%UR). A expressão dos genes que codifica a CAT e a APX foi avaliada por qRT-PCR após 0, quatro e oito meses de armazenamento. O tratamento no qual as sementes foram fermentadas foi considerado como o calibrador para avaliar a diferença entre a expressão dos genes. A expressão do gene APX aumentou em todos os tratamentos após quatro meses de armazenamento, mas não foi sido observado padrão diferenciado na expressão deste gene para os tratamentos estudados. O gene CAT que estava suprimido nas sementes que não foram submetidas a qualquer tipo de processamento e também naquelas desmuciladas mecanicamente, e teve o seu nível aumentado após os quatro meses de armazenamento, sendo que após oito meses de armazenamento, este gene teve sua expressão reduzida em todos os tratamentos. Análises preliminares não indicam padrões de expressão diferenciados para os genes APX e CAT na codificação das enzimas que trabalham, coordenadamente, para a remoção de espécies reativas de oxigênio.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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