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Registros recuperados : 190 | |
101. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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102. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A.; YANO, I. H.; MORAES, F. R.; CARVALHO, J. G.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I.; NESHICH, G. Prediction of a-helix using data mining decision tree technique. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 41., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... [S.l]: SBBq, 2012. Não paginado. Poster. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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103. | | FALCÃO, P. R. K.; MAZONI, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; SANTOS, E. H. dos; OLIVEIRA, S. R. de M.; NESHICH, G. Protein ligand contacts analyzed in an integrated environment with the other sequence and structure related parameters. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. Na publicação: Paula Kuser, Stanley R. M. Oliveira. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-49. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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104. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; QUINAGLIA, T.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G. Projeções de superfície 3D no plano para análise de interfaces proteicas através do Sting. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2006. 5 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 78). Na publicação: Goran Neshich. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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105. | | VINCENTZ, M.; LEITE, A.; MATTAR, S. C. M. da; NESHICH, G.; BARROS, L.; WEINBERG, D.; ALMEIDA, E. R. de; PAES, C. M. de; ARAGAO, F.; GANDER, E. S. ACGT and vicilin core sequences in an essential seed specific promoter region from Brazil nut albumin gene recognized by the opaque-2 regulatory protein. In: ENCUENTRO LATINO AMERICANO DE BIOTECNOLOGIOA VEGETAL, 2.,1995, Puerto Iguazu, Argentina. REDBIOS95. [S.1.:s.n.],1995. n.D-23. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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106. | | VINCENTZ, M.; LEITE, A.; NESHICH, G.; VRIED, G.; MATTAR, C.; BARROS, L.; WEINBERG, D.; ALMEIDA, E. R. de; PAES de CARVALHO, M.; ARAGÃO, F.; GANDER, E. ACGT and vicilin core sequences in a promoter domain required for seed-specific expression of a 2S storage protein gene are recognized by the opaque-2 regulatory protein. Plant Molecular Biology, v. 34, n. 6, p. 879-889, 1997. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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107. | | CARVALHO, P. G. B. de; BLOCH JUNIOR, C.; MORHY, L.; SILVA, M. C. M. da; MELLO, L. V. de; NESHICH, G. The amino acid sequence of the Phaseolus vulgaris var. "Fogo na Serra" inhibitor and interactive surface modeling for the enzyme inhibitor complex. Journal of Protein Chemistry, New York, v.15, n.6, p.591-598, 1996. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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108. | | MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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109. | | DIAS-LOPES, C.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M.; GRANIER, C.; CHÁVEZ-OLORTEGUI, C.; MOLINA, F.; FELICORI, L. Identification of new Sphingomyelinases D in pathogenic fungi and other pathogenic organisms. PLoS ONE, San Francisco, v. 8, n. 11, p. 1-12, 2013. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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110. | | CAMPEIRO, J. D'A.; NESHICH, I. P.; SANT'ANNA, O. A.; LOPES, R.; IANZER, D.; ASSAKURA, M. T.; NESHICH, G.; HAYASHI, M. A. F. Identification of snake bradykinin-potentiating peptides (BPPs)-simile sequences in rat brain: potential BPP-like precursor protein? Biochemical Pharmacology, New York, v. 96, n. 3, p. 202-215, Aug. 2015. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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112. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; CECÍLIO, P. L.; PELLIGRINELLI, T. V.; NESHICH, G. How did the structure function descriptors of proteins change with introduction of 'remediated' PDB files. In: RED IBEROAMERICANA DE BIOINFORMÁTICA CONGRESS, 5., 2008, Santiago. Program and abstracts... Santiago. Pontificia Universidade Católica de Chile, 2008. p. 15. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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113. | | MACHADO-DE-ÁVILA, R. A.; VELLOSO, M.; OLIVEIRA, D.; STRANSKY, S.; FLOR-SÁ, A.; SCHNEIDER, F. S.; NESHICH, G.; CHÁVEZ-OLÓRTEGUI, C. Induction of neutralizing antibodies against mutalysin-II from Lachesis muta muta Snake Venom Elicited by a conformational B-cell epitope predicted by Blue Star Sting data base. Immunome Research, v. 11, n. 1, Mar. 2015. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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115. | | MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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116. | | MORAES, F. R. de; VILLANUEVA, W. J. P.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; NISHIMURA, L.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. SIPEPPI, a systematic neuron network-based methodology for predicting protein-protein interfaces using STING database descriptors. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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118. | | BEZERRA, I. C.; ALMEIDA, E. R. P. de; CASTRO, L. A. B. de; NESHICH, G.; VALLE, M.; MONTE-NESHICH, D. de C. Two globulin isoforms codified by a single precursor gene from taro (Colocasia esculenta L.). In: ENCONTRO BRASILEIRO DE BIOTECNOLOGIA VEGETAL, 1., 1993, Brasilia.Programa e resumos. Brasilia: EMBRAPA-CENARGEN, 1993. Poster 011. Resumo Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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119. | | NARCISO, M. G.; YAMAGISHI, M. E. B.; NESHICH, G.; FALCAO, P.; HENRIQUE, E.; VIEIRA, F. D.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I. Transformação de imagens 3D para 2D para análise de proteínas usando o software Sting. In: CONGRESSO DE COMPUTAÇÃO DO SUL DE MATO GROSSO, 2., 2006, Rondonópolis. Computação e educação: anais. Rondonópolis: UFMT, 2006. p. 176-184. COMPSULMT 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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120. | | NESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. Chapter 12. p. 227-254. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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Registros recuperados : 190 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
10/06/2005 |
Data da última atualização: |
03/12/2007 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
-- - -- |
Autoria: |
SILVA, M. C. M. da; MELLO, L. V.; COUTINHO, M. V.; RIGDEN, D. J.; NESHICH, G.; CHRISPEELS, M. J.; GROSSI-DE-SÁ, M. F. |
Título: |
Mutants of common bean alpha-amylase inhibitor-2 as an approach to investigate binding specificity to alpha-amylases. |
Ano de publicação: |
2004 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 39, n. 3, p. 201-208, mar. 2004. |
Idioma: |
Inglês Português |
Conteúdo: |
Despite the presence of a family of defense proteins, Phaseolus vulgaris can be attacked by bruchid insects resulting in serious damage to stored grains. The two distinct active forms of a-amylase inhibitors, a-AI1 and a-AI2, in P. vulgaris show different specificity toward a-amylases. Zabrotes subfasciatus a-amylase is inhibited by a-AI2 but not by a-AI1. In contrast, porcine a-amylase is inhibited by a-AI1 but not by a-AI2. The objective of this work was to understand the molecular basis of the specificity of two inhibitors in P. vulgaris (a-AI1 and a-AI2) in relation to a-amylases. Mutants of a-AI2 were made and expressed in tobacco plants. The results showed that all the a-AI2 mutant inhibitors lost their activity against the insect a-amylases but none exhibited activity toward the mammalian a-amylase. The replacement of His33 of a-AI2 with the a-AI1-like sequence Ser-Tyr-Asn abolished inhibition of Z. subfasciatus a-amylase. From structural modeling, the conclusion is that the size and complexity of the amylase-inhibitor interface explain why mutation of the N-terminal loop and resultant abolition of Z. subfasciatus a-amylase inhibition are not accompanied by gain of inhibitory activity against porcine a-amylase. |
Palavras-Chave: |
Alfa amilase; Especificidade de interação; Inibidores de a-amilases; Modelagem molecular; mutagênese sítio-dirigida. |
Thesagro: |
Inibidor de Enzima; Phaseolus Vulgaris. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/CNPTIA/11568/1/v39n03a01.pdf
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Marc: |
LEADER 02124naa a2200277 a 4500 001 1000723 005 2007-12-03 008 2004 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aSILVA, M. C. M. da 245 $aMutants of common bean alpha-amylase inhibitor-2 as an approach to investigate binding specificity to alpha-amylases. 260 $c2004 520 $aDespite the presence of a family of defense proteins, Phaseolus vulgaris can be attacked by bruchid insects resulting in serious damage to stored grains. The two distinct active forms of a-amylase inhibitors, a-AI1 and a-AI2, in P. vulgaris show different specificity toward a-amylases. Zabrotes subfasciatus a-amylase is inhibited by a-AI2 but not by a-AI1. In contrast, porcine a-amylase is inhibited by a-AI1 but not by a-AI2. The objective of this work was to understand the molecular basis of the specificity of two inhibitors in P. vulgaris (a-AI1 and a-AI2) in relation to a-amylases. Mutants of a-AI2 were made and expressed in tobacco plants. The results showed that all the a-AI2 mutant inhibitors lost their activity against the insect a-amylases but none exhibited activity toward the mammalian a-amylase. The replacement of His33 of a-AI2 with the a-AI1-like sequence Ser-Tyr-Asn abolished inhibition of Z. subfasciatus a-amylase. From structural modeling, the conclusion is that the size and complexity of the amylase-inhibitor interface explain why mutation of the N-terminal loop and resultant abolition of Z. subfasciatus a-amylase inhibition are not accompanied by gain of inhibitory activity against porcine a-amylase. 650 $aInibidor de Enzima 650 $aPhaseolus Vulgaris 653 $aAlfa amilase 653 $aEspecificidade de interação 653 $aInibidores de a-amilases 653 $aModelagem molecular 653 $amutagênese sítio-dirigida 700 1 $aMELLO, L. V. 700 1 $aCOUTINHO, M. V. 700 1 $aRIGDEN, D. J. 700 1 $aNESHICH, G. 700 1 $aCHRISPEELS, M. J. 700 1 $aGROSSI-DE-SÁ, M. F. 773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 39, n. 3, p. 201-208, mar. 2004.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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