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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão. |
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Data corrente: |
16/11/2010 |
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Data da última atualização: |
10/12/2010 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ZEID, M.; YU, J. K.; GOLDOWITZ, I.; DENTON, M. E.; COSTICH, D. E.; JAYASURIYA, C. T.; SAHA, M.; ELSHIRE, R.; BENSCHER, D.; BRESEGHELLO, F.; MUNKVOLD, J.; VARSHNEY, R. K.; BELAY, G.; SORRELLS, M. E. |
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Afiliação: |
M. ZEID, CORNELL UNIVERSITY; J. K. YU, CORNELL UNIVERSITY; I. GOLDOWITZ, CORNELL UNIVERSITY; M. E. DENTON, CORNELL UNIVERSITY; DENISE E. COSTICH, CORNELL UNIVERSITY; C. T. JAYASURIYA, CORNELL UNIVERSITY; M. SAHA, THE SAMUEL ROBERTS NOBLE FOUNDATION; R. ELSHIRE, CORNELL UNIVERSITY; D. BENSCHER, CORNELL UNIVERSITY; FLAVIO BRESEGHELLO, CNPAF; J. MUNKVOLD, BOYCE THOMPSON INSTITUTE; R. K. VARSHNEY, ICRISAT; G. BELAY, ETHIOPIAN INSTITUTE OF AGRICULTURAL RESEARCH; M. E. SORRELLS, CORNELL UNIVERSITY. |
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Título: |
Cross-amplification of EST-derived markers among 16 grass species. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Field Crops Research, Amsterdam, v. 118, n. 1, p. 28-35, Jul. 2010. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The availability of a large number of expressed sequence tags (ESTs) has facilitated the development of molecular markers in members of the grass family. As these markers are derived from coding sequences, cross-species amplification and transferability is higher than for markers designed from genomic DNA sequences. In this study, 919 EST-based primers developed from seven grass species were assessed for their amplification across a diverse panel of 16 grass species including cereal, turf and forage crops. Out of the 919 primers tested, 89 successfully amplified DNA from one or more species and 340 primers generated PCR amplicons from at least half of the species in the panel. Only 5.2% of the primers tested produced clear amplicons in all 16 species. The majority of the primers (66.9%) were developed from tall fescue and rice and these two species showed amplification rate of 41.6% and 19.0% across the panel, respectively. The highest amplification rate was found for conserved-intron scanning primers (CISP) developed from pearl millet (91%) and sorghum (75%) EST sequences that aligned to rice sequences. The primers with successful amplification identified in this study showed promise in other grass species as demonstrated in differentiating a set of 13 clones of reed canary grass, a species for which very little genomic research has been done. Sequences from the amplified PCR fragments indicated the potential for the transferable CISP markers for comparative mapping purposes. These primer sets can be immediately used for within and across species mapping and will be especially useful for minor grass species with few or no available molecular markers. MenosThe availability of a large number of expressed sequence tags (ESTs) has facilitated the development of molecular markers in members of the grass family. As these markers are derived from coding sequences, cross-species amplification and transferability is higher than for markers designed from genomic DNA sequences. In this study, 919 EST-based primers developed from seven grass species were assessed for their amplification across a diverse panel of 16 grass species including cereal, turf and forage crops. Out of the 919 primers tested, 89 successfully amplified DNA from one or more species and 340 primers generated PCR amplicons from at least half of the species in the panel. Only 5.2% of the primers tested produced clear amplicons in all 16 species. The majority of the primers (66.9%) were developed from tall fescue and rice and these two species showed amplification rate of 41.6% and 19.0% across the panel, respectively. The highest amplification rate was found for conserved-intron scanning primers (CISP) developed from pearl millet (91%) and sorghum (75%) EST sequences that aligned to rice sequences. The primers with successful amplification identified in this study showed promise in other grass species as demonstrated in differentiating a set of 13 clones of reed canary grass, a species for which very little genomic research has been done. Sequences from the amplified PCR fragments indicated the potential for the transferable CISP markers for comparative mapping purpose... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
CISP; EST-SSR. |
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Thesagro: |
Genética molecular; Gramínea; Marcador molecular. |
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Thesaurus Nal: |
Poaceae; Sequence homology. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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520 $aThe availability of a large number of expressed sequence tags (ESTs) has facilitated the development of molecular markers in members of the grass family. As these markers are derived from coding sequences, cross-species amplification and transferability is higher than for markers designed from genomic DNA sequences. In this study, 919 EST-based primers developed from seven grass species were assessed for their amplification across a diverse panel of 16 grass species including cereal, turf and forage crops. Out of the 919 primers tested, 89 successfully amplified DNA from one or more species and 340 primers generated PCR amplicons from at least half of the species in the panel. Only 5.2% of the primers tested produced clear amplicons in all 16 species. The majority of the primers (66.9%) were developed from tall fescue and rice and these two species showed amplification rate of 41.6% and 19.0% across the panel, respectively. The highest amplification rate was found for conserved-intron scanning primers (CISP) developed from pearl millet (91%) and sorghum (75%) EST sequences that aligned to rice sequences. The primers with successful amplification identified in this study showed promise in other grass species as demonstrated in differentiating a set of 13 clones of reed canary grass, a species for which very little genomic research has been done. Sequences from the amplified PCR fragments indicated the potential for the transferable CISP markers for comparative mapping purposes. These primer sets can be immediately used for within and across species mapping and will be especially useful for minor grass species with few or no available molecular markers.
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Registro original: |
Embrapa Arroz e Feijão (CNPAF) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio-Norte. |
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Data corrente: |
22/04/2003 |
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Data da última atualização: |
14/12/2009 |
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Autoria: |
COELHO, E. F.; OLIVEIRA, F. das C.; NASCIMENTO, C. J. A. do; VASCONCELOS, L. F. L.; ARAÚJO, E. C. E. |
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Afiliação: |
Eugênio Ferreira Coelho, Embrapa Mandioca e Fruticultura; Francisco das Chagas Oliveira, Embrapa Meio-Norte; José Araújo do Nascimento, MANGAL – Frutas para Exportação Ltda; Lúcio Flavo Lopes Vasconcelos, Embrapa Meio-Norte; Eugênio Celso Émerito Araújo, Embrapa Meio-Norte. |
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Título: |
A cultura da manga sob diferentes regimes de profundidades do lençol freático em condições subúmidas. |
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Ano de publicação: |
2002 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 24, n. 1, p. 96-100, abr. 2002. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O conhecimento dos critérios agronômicos de drenagem para a cultura da manga é fundamental na elaboração de sistemas de drenagem para áreas com essa cultura e permite antecipar o seu comportamento sob diferentes níveis de drenagem do solo . O trabalho teve por objetivo avaliar as condições de aeração e umidade do perfil de um solo arenoso (areia franca) sob diferentes regimes de profundidades do lençol freático, para determinação de critérios de drenagem para a cultura da manga, cultivar Keitt. O experimento seguiu um delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos (regimes de profundidades do lençol freático às distâncias do dreno de 3,5 m; 10,5 m; 17,5 m e sem presença de lençol freático) e cinco repetições. As profundidades do lençol freático e os teores de água no perfil do solo em cada tratamento foram monitorados durante os períodos chuvosos, em três anos consecutivos (1997-1999). Não houve diferença significativa entre as produtividades da cultura nos tratamentos. As diferenças nas profundidades do lençol freático, nos tratamentos com drenagem, não foram suficientes para diferenciar o estado da água no solo nesses tratamentos. O lençol freático, na profundidade média de 1,0 m, durante os cinco ou seis meses de período chuvoso, com recargas temporárias atingindo profundidades próximas da superfície do solo, seguidas de rebaixamento imediato do lençol freático, não foi suficiente para afetar o desenvolvimento e a produtividade da manga. |
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Thesagro: |
Drenagem; Manga; Planejamento. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://www.scielo.br/pdf/rbf/v24n1/9903.pdf
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Marc: |
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245 $aA cultura da manga sob diferentes regimes de profundidades do lençol freático em condições subúmidas.
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520 $aO conhecimento dos critérios agronômicos de drenagem para a cultura da manga é fundamental na elaboração de sistemas de drenagem para áreas com essa cultura e permite antecipar o seu comportamento sob diferentes níveis de drenagem do solo . O trabalho teve por objetivo avaliar as condições de aeração e umidade do perfil de um solo arenoso (areia franca) sob diferentes regimes de profundidades do lençol freático, para determinação de critérios de drenagem para a cultura da manga, cultivar Keitt. O experimento seguiu um delineamento inteiramente casualizado, com quatro tratamentos (regimes de profundidades do lençol freático às distâncias do dreno de 3,5 m; 10,5 m; 17,5 m e sem presença de lençol freático) e cinco repetições. As profundidades do lençol freático e os teores de água no perfil do solo em cada tratamento foram monitorados durante os períodos chuvosos, em três anos consecutivos (1997-1999). Não houve diferença significativa entre as produtividades da cultura nos tratamentos. As diferenças nas profundidades do lençol freático, nos tratamentos com drenagem, não foram suficientes para diferenciar o estado da água no solo nesses tratamentos. O lençol freático, na profundidade média de 1,0 m, durante os cinco ou seis meses de período chuvoso, com recargas temporárias atingindo profundidades próximas da superfície do solo, seguidas de rebaixamento imediato do lençol freático, não foi suficiente para afetar o desenvolvimento e a produtividade da manga.
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Registro original: |
Embrapa Meio-Norte (CPAMN) |
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