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| Registros recuperados : 36 | |
| 7. |  | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. A. Estudo de associação genômica ampla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, W.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics TACG. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | HIGA, R. H.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; LOBO, F. P.; REGITANO, L. C. de A. Estudo de associação genômica empla utilizando Random Forest: estudo de caso em bovinos de corte. In: ARBEX, A.; MARTINS, N. F.; MARTINS, M. F. Talking about computing and genomics - TACG: modelos e métodos computacionais em Bioinformática. Brasília, DF: Embrapa, 2014. p. 71-99.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. An insight into the linkage disequilibrium map of the Canchim beef cattle breed. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 10. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O. de; URBINATI, I.; TORRES JUNIOR, R. A. de A.; HIGA, R. H.; REGITANO, L. C. de A. Associação de SNPs com características de carcaça em uma população da raça Canchim. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 9., 2012, João Pessoa. Anais... João Pessoa: SBMA, 2012. Não paginado. SBMA 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | DINIZ, W. J. da S.; TIZIOTO, P. C.; MOKRY, F. B.; MUDADU, M. de A.; SOUZA, M. M. de; REGITANO, L. C. de A. Análise de haplótipos em QTL associado ao conteúdo de ferro no músculo de bovinos Nelore. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 6., 2014, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2014. p. 28. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 57) Editores técnicos: João de Mendonça Naime, Caue Ribeiro, Maria Alice Martins, Elaine Cristina Paris, Paulino Ribeiro Villas Boas, Ladislau Marcelino Rabello.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 13. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Programme and abstract book... [S.l.: s.n.], 2013. p. 43. ISAFG 2013. AB.36.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 14. | | LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; TIZIOTO, P. C.; MUDADU, M. de A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L.; REGITANO, L. C. de A. Preliminary studies for identification of SNPs associated with ribeye area in Canchim cattle. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ANIMAL FUNCTIONAL GENOMICS, 5., 2013, Guarujá. Abstract... Guarujá:[ s.n.], 2013. AB.36.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 16. | | LIMA, B. L.; LIMA, A. O. de; MOKRY, F. B.; BRESSANI, F.; MALAGO JUNIOR, W.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. de A.; REGITANO, L. C. de A. Validação de um SNP associado à área de olho de lombo em uma população de animais Canchim. In: JORNADA CIENTÍFICA - EMBRAPA SÃO CARLOS, 4., 2012, São Carlos, SP. Anais... São Carlos: Embrapa Instrumentação: Embrapa Pecuária Sudeste, 2012. p. 43. (Embrapa Instrumentação. Documentos, 56).| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 17. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Complex pattern of CAST allelic expression in bovine muscle tissue. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 22., 2014, Boston, USA. Program... [Boston]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISMB 2014. Pôster E13.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 18. | | GIACHETTO, P. F.; PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; HIGA, R. H.; MUDADU, M. A.; SILVA, M. V.; NICIURA, S. C. M.; CARDOSO, F. F.; ALENCAR, M. M.; MEIRELLES, S. L. C.; LIMA, A. O.; REGITANO, L. C. A. Initial analysis of copy number variations in canchim beef cattle with extreme phenotypes for ribeye area. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 21., 2013, San Diego. [Abstracts...]. [S.l.: s.n.], 2013. Não paginado. Pôster P0572.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| 19. | | SOUZA, M. M.; ZERLOTINI, A.; TIZIOTO, P. C.; OLIVEIRA, P. S. N.; SOMAVILLA, A. L.; MOKRY, F. B.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. S.; MUDADU, M. A.; NICIURA, S. C. M.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. A. Monoallelic expression of NNAT gene in Nelore steers skeletal muscle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10.; 2014, Vancouver. Proceedings... Vancouver: American Society of Animal Science, 2014. Não paginado. WCGALP 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 20. | | MOKRY, F. B.; LIMA, A. O.; MUDADU, M. A.; HIGA, R. H.; MEIRELLES, S. L. C.; SILVA, M. V. B.; CARDOSO, F. F.; NICIURA, S. C. M.; ALENCAR, M. M.; REGITANO, L. C. A. Descriptive analysis of haplotypes in a population of Canchim beef cattle. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 58., 2012, Foz do Iguaçu. Resumos... Foz do Iguaçu: SBG, 2012. p. 1.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sul. |
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| Registros recuperados : 36 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
26/11/2015 |
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Data da última atualização: |
15/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
CHUD, T. C. S.; VENTURA, R. V.; SCHENKEL, F. S.; CARVALHEIRO, R.; BUZANSKAS, M. E.; ROSA, J. O.; MUDADU, M. de A.; SILVA, M. V. G. B.; MOKRY, F. B.; MARCONDES, C. R.; REGITANO, L. C. de A.; MUNARI, D. P. |
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Afiliação: |
TATIANE C. S. CHUD, UNESP; RICARDO V. VENTURA, UNESP; FLAVIO S. SCHENKEL, University of Guelph; ROBERTO CARVALHEIRO, UNESP; MARCOS E. BUZANSKAS, UNESP; JAQUELINE O. ROSA, UNESP; MAURICIO DE ALVARENGA MUDADU, CPPSE; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; FABIANA B. MOKRY, Federal University of São Carlos; CINTIA RIGHETTI MARCONDES, CPPSE; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; DANÍSIO P. MUNARI, UNESP. |
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Título: |
Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 16, n. 99, 2015. |
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Páginas: |
10 p. |
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DOI: |
10.1186/s12863-015-0251-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Genotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2). |
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Palavras-Chave: |
Canchim breed; Crossbred cattle; Genomic data; Low density panel. |
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Thesaurus NAL: |
single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134135/1/regitano4.pdf
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Marc: |
LEADER 02356naa a2200337 a 4500
001 2029694
005 2023-03-15
008 2015 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.1186/s12863-015-0251-7$2DOI
100 1 $aCHUD, T. C. S.
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260 $c2015
300 $a10 p.
520 $aGenotype imputation has been used to increase genomic information, allow more animals in genome-wide analyses, and reduce genotyping costs. In Brazilian beef cattle production, many animals are resulting from crossbreeding and such an event may alter linkage disequilibrium patterns. Thus, the challenge is to obtain accurately imputed genotypes in crossbred animals. The objective of this study was to evaluate the best fitting and most accurate imputation strategy on the MA genetic group (the progeny of a Charolais sire mated with crossbred Canchim X Zebu cows) and Canchim cattle. The data set contained 400 animals (born between 1999 and 2005) genotyped with the Illumina BovineHD panel. Imputation accuracy of genotypes from the Illumina-Bovine3K (3K), Illumina-BovineLD (6K), GeneSeek-Genomic-Profiler (GGP) BeefLD (GGP9K), GGP-IndicusLD (GGP20Ki), Illumina-BovineSNP50 (50K), GGP-IndicusHD (GGP75Ki), and GGP-BeefHD (GGP80K) to Illumina-BovineHD (HD) SNP panels were investigated. Seven scenarios for reference and target populations were tested; the animals were grouped according with birth year (S1), genetic groups (S2 and S3), genetic groups and birth year (S4 and S5), gender (S6), and gender and birth year (S7). Analyses were performed using FImpute and BEAGLE software and computation run-time was recorded. Genotype imputation accuracy was measured by concordance rate (CR) and allelic R square (R2).
650 $asingle nucleotide polymorphism
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773 $tBMC Genomics$gv. 16, n. 99, 2015.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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