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| Registros recuperados : 14 | |
| 2. |  | METZGER, J. P.; DENICH, M.; VIELHAUER, K. Fallow periods and landscape structure in areas of slash and burn agriculture (Ne Brazilian Amazon). In: LIEBEREI, R.; BIANCHI, H.; VOB, K., ed. Proceedings of the third SHIFT-Workshop, Manaus march 15-19, 1998. Bonn: Bundesministerium fur Bildung und Forschung, 1998. p.95-99.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 4. | | GASQUET, M.; BAMBA, D.; BABADJAMIAN, A.; BALANSARD, G.; TIMON-DAVID, P.; METZGER, J. Action amoebicide et anthelminthique du vernolide et de l'hydroxyvernolide isoles des feuiles de Vernonia colorata (Willd.) Drake. European Journal Medicinal Chemistry, v. 20, n. 5, p. 111-115, 1980.| Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
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| 5. | | FERREIRA, J.; PARDINI, R.; METZGER, J. P.; FONSECA, C. R.; POMPEU, P. S.; SPAROVEK, G.; LOUZADA, J. Towards environmentally sustainable agriculture in Brazil: challenges and opportunities for applied ecological research. Journal of Applied Ecology, v. 49, n. 3, p. 535-541, Jun. 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 6. | | BERNACCI, L. C.; FRANCO, G. A. D. C.; ÀRBOCZ, G. de M.; CATHARINO, E. L. M.; DURIGAN, G.; METZGER, J. P. O efeito da fragmentação florestal na composição e riqueza de árvores na região da reserva Morro Grande (Planalto de Ibiúna, SP). Revista do Instituto Florestal, São Paulo, v. 18, n. único, p. 121-166, dez. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 7. | | REZENDE, C. L.; SCARANO, F. R.; ASSAD, E. D.; JOLY, C. A.; METZGER, J. P.; STRASSBURG, B. B. N.; TABARELLI, M.; FONSECA, G. A.; MITTERMEIER, R. A. From hotspot to hopespot: an opportunity for the Brazilian Atlantic Forest. Perspectives in Ecology and Conservation, v. 16, n. 4, p. 208-214, Oct./Dec. 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 8. | | COSTA, T. C. e C. da; FIDALGO, E. C. C.; SANTOS, R. F. dos; ROCHA, J. V.; METZGER, J. P.; VICENS, R. S.; FONSECA, K. T.; BOHRER, C. B. de A. Diversidade de paisagens no Estado do Rio de Janeiro. In: BERGALLO, H. de G.; FIDALGO, E. C. C.; ROCHA, C. F. D.; UZEDA, M. C.; COSTA, M. B.; ALVES, M. A. S.; VAN SLUYS, M.; SANTOS, M. A.; COSTA, T. C. e C. da; COZZOLINO, A. C. R. (Org.). Estratégias e ações para a conservação da biodiversidade no Estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro: Instituto Biomas, 2009. cap. 8, p. 101-110.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | COSTA, T. C. e C. da; FIDALGO, E. C. C.; SANTOS, R. F. dos; ROCHA, J. V.; METZGER, J. P.; VICENS, R. S.; TANIZAKI-FONSECA, K.; BOHRER, C. B. de A. Diversidade de paisagens no estado do Rio de Janeiro. In: BERGALLO, H. de G.; FIDALGO, E. C. C.; ROCHA, C. F. D.; UZEDA, M. C.; COSTA, M. B.; ALVES, M. A. S.; VAN SLUYS, M.; SANTOS, M. A.; COSTA, T. C. e C. da; COZZOLINO, A. C. R. (org.). Estratégias e ações para a conservação da biodiversidade no estado do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro: Instituto Biomas, 2009. cap. 8, p. 101-110.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 10. | | METZGER, J. P.; BUSTAMANTE, M. M. C.; FERREIRA, J. N.; FERNANDES, G. W.; LIBRÁN-EMBID, F.; PILLAR, V. D.; PRIST, P. R.; RODRIGUES, R. R.; VIEIRA, I. C. G.; OVERBECK, G. E. Why Brazil needs its Legal Reserves. Perspectives in Ecology and Conservation, v. 17, n. 3, p. 91-103, July/Sep. 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 11. | | PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. BMC Genomics, v. 19, 680, 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 12. | | JOLY, C. A.; PADGURSCHI, M. C. G.; PIRES, A. P. F.; AGOSTINHO, A. A.; MARQUES, A. C.; AMARAL, A. G.; CERVONE, C. O. F. de O.; ADAMS, C.; BACCARO, F. B.; SPAROVEK, G.; OVERBECK, G. E.; ESPINDOLA, G. M. de; VIEIRA, I. C. G.; METZGER, J. P.; SABINO, J.; FARINACI, J. S.; QUEIROZ, L. P. de; GOMES, L. C.; CUNHA, M. M. C. da; PIEDADE, M. T. F.; BUSTAMANTE, M. M. da C.; MAY, P.; FEARNSIDE, P.; PRADO, R. B.; LOYOLA, R. D. Apresentando o diagnóstico brasileiro de biodiversidade e serviços ecossistêmicos. In: JOLY, C. A.; SCARANO, F. R.; SEIXAS, C. S.; METZGER, J. P.; OMETTO, J. P.; BUSTAMANTE, M. M. C.; PADGURSCHI, M. C. G.; PIRES, A. P. F.; CASTRO, P. F. D.; GADDA, T.; TOLEDO, P. (Ed.). 1° Diagnóstico brasileiro de biodiversidade e serviços ecossistêmicos. São Carlos, SP: Editora Cubo, 2019. cap. 1, p. 6-33.| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 13. | | BUSTAMANTE, M. M. C.; METZGER, J. P.; SCARIOT, A. O.; BAGER, A.; TURRA, A.; BARBIERI, A.; NEVES, A.; BOESING, A. L.; AGOSTINHO, A. A.; MARQUES, A. C.; DIAS, B.; GRELLE, C. E. V.; CAIXETA, D.; SAWYER, D.; SCARANO, F.; SOUSA, F. D. R.; FERNANDES, G. W.; QUEIROZ, H.; MIRANDA, H. S.; SCHONGART, J.; QUINTÃO, J. M. B.; MARTINELLI, L. A.; GOMES. L. C.; CUNHA, M. C. da; PIEDADE, M. T. F.; SATO, M. N.; VALE, M. M.; AQUINO, M. F. S. de; VOGT, N.; MAY, P.; FEARNSIDE, P.; PRADO, R. B.; RODRIGUES, R. R.; THOMAZ, S. M.; PIVELLO, V. R.; IMPERATRIZ FONSECA, V. L.; FARJALLA, V. F. Tendências e impactos dos vetores de degradação e restauração da biodiversidade e dos serviços ecossistêmicos. In: JOLY, C. A.; SCARANO, F. R.; SEIXAS, C. S.; METZGER, J. P.; OMETTO, J. P.; BUSTAMANTE, M. M. C.; PADGURSCHI, M. C. G.; PIRES, A. P. F.; CASTRO, P. F. D.; GADDA, T.; TOLEDO, P. (Ed.). 1° Diagnóstico brasileiro de biodiversidade e serviços ecossistêmicos. São Carlos, SP: Editora Cubo, 2019. cap. 3, p. 93-213.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Solos. |
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| 14. | | ANTUNES, A. C.; MONTANARIN, A.; GRÄBIN, D. M.; MONTEIRO, E. C. dos S. M.; PINHO, F. F. de; ALVARENGA, G. C.; AHUMADA, J.; WALLACE, R. B.; RAMALHO, E. E.; BARNETT, A. P. A.; BAGER, A.; LOPES, A. M. C.; KEUROGHLIAN, A.; GIROUX, A.; HERRERA, A. M.; CORREA, A. P. de A.; MEIGA, A. Y.; JÁCOMO, A. T. de A.; BARBAN, A. de B.; ANTUNES, A.; COELHO, A. G. de A.; CAMILO, A. R.; NUNES, A. V.; GOMES, A. C. dos S. M.; ZANZINI, A. C. da S.; CASTRO, A. B.; DESBIEZ, A. L. J.; FIGUEIREDO, A.; THOISY, B. de; GAUZENS, B.; OLIVEIRA, B. T.; LIMA, C. A. de; PERES, C. A.; DURIGAN, C. C.; BROCARDO, C. R.; ROSA, C. A.; ZÁRATE CASTAÑEDA, C.; MONTEZA MORENO, C. M.; CARNICER, C.; TRINCA, C. T.; POLLI, D. J.; FERRAZ, D. da S.; LANE, D. F.; ROCHA, D. G. da; BARCELOS, D. C.; AUZ, D.; ROSA, D. C. P.; SILVA, D. A.; SILVÉRIO, D. V.; EATON, D. P.; NAKANO OLIVEIRA, E.; VENTICINQUE, E.; JUNIOR, E. C.; MENDONÇA, E. N.; VIEIRA, E. M.; ISASI CATALÁ, E.; FISCHER, E.; CASTRO, E. P.; OLIVEIRA, E. G.; MELO, F. R. de; MUNIZ, F. de L.; ROHE, F.; BACCARO, F. B.; MICHALSKI, F.; PAIM, F. P.; SANTOS, F.; ANAGUANO, F.; PALMEIRA, F. B. L.; REIS, F. da S.; AGUIAR SILVA, F. H.; BATISTA, G. de A. B.; ZAPATA RÍOS, G.; FORERO MEDINA, G.; NETO, G. de S. F.; ALVES, G. B.; AYALA, G.; PEDERSOLI, G. H. P.; EL BIZRI, HANI R.; PRADO, H. A.; MOZERLE, H. B.; COSTA, H. C. M.; LIMA, I. J.; PALACIOS, J.; ASSIS, J. de R.; BOUBLI, J. P.; METZGER, J. P.; TEIXEIRA, J. V.; MIRANDA, J. M. D.; POLISAR, J.; SALVADOR, J.; BORGES ALMEIDA, K.; DIDIER, K.; PEREIRA, K. D. de L.; TORRALVO, K.; GAJAPERSAD, K.; SILVEIRA, L.; MAIOLI, L. U.; MARACAHIPES SANTOS, L.; VALENZUELA, L.; BENAVALLI, L.; FLETCHER, L.; PAOLUCCI, L. N.; ZANZINI, L. P.; DA SILVA, L. Z.; RODRIGUES, L. C. R.; BENCHIMOL, M.; OLIVEIRA, M. A.; LIMA, M.; DA SILVA, M. B.; SANTOS JUNIOR, M. A. dos; VISCARRA, M.; COHN HAFT, M.; ABRAHAMS, M. I.; BENEDETTI, M. A.; MARMONTEL, M.; HIRT, M. R.; TÔRRES, N. M.; CRUZ JUNIOR, O. F.; ALVAREZ LOAYZA, P.; JANSEN, P.; PRIST, P. R.; BRANDO, P. M.; PERÔNICO, P. B.; LEITE, R. do N.; RABELO, R. M.; SOLLMANN, R.; BELTRÃO MENDES, R.; FERREIRA, R. A. F.; COUTINHO, R.; OLIVEIRA, R. da C.; ILHA, R.; HILÁRIO, R. R.; PIRES, R. A. P.; SAMPAIO, R.; MOREIRA, R. da S.; BOTERO ARIAS, R.; MARTINEZ, R. V.; NÓBREGA, R. A. de A.; FADINI, R. F.; MORATO, R. G.; CARNEIRO, R. L.; ALMEIDA, R. P. S.; RAMOS, R. M.; SCHAUB, R.; DORNAS, R.; CUEVA, RUBÉN; ROLIM, S.; LAURINDO, S.; ESPINOSA, S.; FERNANDES, T. N.; SANAIOTTI, T. M.; ALVIM, T. H. G.; DORNAS, TIAGO TEIXEIRA; PIÑA, T. E. N.; ANDRADE, V. L. C.; SANTIAGO, W. T. V.; MAGNUSSON, W. E.; CAMPOS, Z.; RIBEIRO, M. C. Amazonia Camtrap: a data set of mammal, bird, and reptile species recorded with camera traps in the Amazon forest. Ecology, v. 103, n. 9, p. e3738, 2022. Datar Paper.| Biblioteca(s): Embrapa Pantanal. |
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| Registros recuperados : 14 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
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Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
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DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
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Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus NAL: |
Homozygosity. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
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Marc: |
LEADER 03204naa a2200397 a 4500
001 2101339
005 2018-12-12
008 2018 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8$2DOI
100 1 $aPERIPOLLI, E.
245 $aAutozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages$bevidence of selection for functionally important traits.$h[electronic resource]
260 $c2018
520 $aAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle.
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700 1 $aBALDI, F.
773 $tBMC Genomics$gv. 19, 680, 2018.
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