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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
05/05/2021 |
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Data da última atualização: |
14/05/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LOPES, F. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; PASSAFARO, T. L.; BRUNES, L. C.; COSTA, M. F. O. e; EIFERT, E. da C.; NARCISO, M. G.; ROSA, G. J. M.; LOBO, R. B.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; MARCOS FERNANDO OLIVEIRA E COSTA, CNPAF; EDUARDO DA COSTA EIFERT, CPAC; MARCELO GONCALVES NARCISO, CNPAF. |
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Título: |
Improving genomic prediction accuracy for meat tenderness in Nellore cattle using artificial neural networks. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Animal Breeding and Genetics, v. 137, n. 5, 2020. |
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Páginas: |
p. 438-448 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relatively simple architecture can provide superior genomic predictions for meat tenderness in Nellore cattle MenosThe goal of this study was to compare the predictive performance of artificial neural networks (ANNs) with Bayesian ridge regression, Bayesian Lasso, Bayes A, Bayes B and Bayes Cπ in estimating genomic breeding values for meat tenderness in Nellore cattle. The animals were genotyped with the Illumina Bovine HD Bead Chip (HD, 777K from 90 samples) and the GeneSeek Genomic Profiler (GGP Indicus HD, 77K from 485 samples). The quality control for the genotypes was applied on each Chip and comprised removal of SNPs located on non‐autosomal chromosomes, with minor allele frequency <5%, deviation from HWE (p < 10?6), and with linkage disequilibrium >0.8. The FImpute program was used for genotype imputation. Pedigree‐based analyses indicated that meat tenderness is moderately heritable (0.35), indicating that it can be improved by direct selection. Prediction accuracies were very similar across the Bayesian regression models, ranging from 0.20 (Bayes A) to 0.22 (Bayes B) and 0.14 (Bayes Cπ) to 0.19 (Bayes A) for the additive and dominance effects, respectively. ANN achieved the highest accuracy (0.33) of genomic prediction of genetic merit. Even though deep neural networks are recognized to deliver more accurate predictions, in our study ANN with one single hidden layer, 105 neurons and rectified linear unit (ReLU) activation function was sufficient to increase the prediction of genetic merit for meat tenderness. These results indicate that an ANN with relative... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bayesian regression models; Carne macia; Deep learning; Genomic selection; Maciez da carne. |
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Thesagro: |
Carne; Gado de Corte; Genética Animal; Seleção Genética. |
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Thesaurus Nal: |
Animal breeding; Zebu. |
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Categoria do assunto: |
--
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223045/1/Magnabosco-Improving-genomic-prediction-accuracy-for-meat-tenderness-in.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
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| Registros recuperados : 310 | |
| 181. |  | MENDES, A. M. S.; OLSZEVSKI, N.; CUNHA, T. J. F.; GIONGO, V.; MELO, S. B. de; ARCOVERDE, S. N. S. Identificação de indicadores de qualidade química de solos utilizando análise estatística multivariada. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIÊNCIA DO SOLO, 35., 2015, Natal. O solo e suas múltiplas funções: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 182. | | MENDES, A. M. S.; OLSZEVSKI, N.; SILVA, F. N. da; MENDES, R. L.; BRITO, L. T. de L. Impactos ambientais causados pelo uso de fertilizantes agrícolas. In: BRITO, L. T. de L.; MELO, R. F. de; GIONGO, V. (Ed.). Impactos ambientais causados pela agricultura no Semiárido brasileiro. Petrolina: Embrapa Semiárido, 2010. cap. 3, p. 55-99.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 183. | | PIRES, W. N.; GIONGO, V.; MENDES, A. M. S.; SILVA, D. J.; OLIVEIRA, I. V. M. de. Influência do manejo do solo e da composição da adubação verde na ciclagem de nutrientes do solo cultivado com mangueiras. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 186. | | SIMOES, W. L.; COELHO, D. S.; MENDES, A. M. S.; SOUZA, M. A.; LIMA, J. A.; SILVA, J. M. da. Crescimento de genótipos de sorgo forrageiro irrigados com diferentes concentrações de água salina. In: CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 23., 2013, Luís Eduardo Magalhães, BA. Evolução e tecnologia na irrigação: trabalhos apresentados. Brasília, DF: Associação Brasileira de Irrigação e Drenagem, 2013. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 187. | | CIPRIANI, H. N.; VIEIRA, A. H.; MENDES, A. M.; MARCOLAN, A. L.; CAMELO, J. C.; BATISTA, E. R. do N. Crescimento inicial de um eucalipto clonado sob diferentes adubações em Porto Velho, Rondônia. In: REUNIÃO DE CIÊNCIA DO SOLO DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 2., 2014, Porto Velho. Anais... Porto Velho: Núcleo Regional Amazônia Ocidental da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. p. 192-197. 5 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 188. | | AGUIAR NETO, P.; GRANJEIRO, L. C.; MENDES, A. M. S.; COSTA, N. D.; CUNHA, A. P. A. da. Crescimento e acúmulo de macronutrientes na cultura do melão em Baraúna - RN e Petrolina - PE. Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 36, n. 3, p. 556-567, set. 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 189. | | SILVA, C. B. da; COELHO, A. A. F.; PETRERE, V. G.; MENDES, A. M. S.; CUNHA, T. J. F. Decomposição de adubos verdes em condições de casa de vegetação. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMI-ÁRIDO, 4., 2009, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semi-Árido, 2009. p. 42-48. (Embrapa Semi-Árido. Documentos, 221)| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 190. | | SOUZA, A. M.; MENDES, A. M. S.; MELO, J. F. B.; FELIX, W. P.; BELÉM, C. S.; RAMOS, P. N. Seasonal study of concentration of heavy metals in waters from lower São Francisco River basin, Brazil Brazilian Journal of Biology, v. 76, n. 4, p. 967-974, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 191. | | LOCATELLI, M.; MARCOLAN, A. L.; MENDES, A. M.; VIEIRA, A. H.; BENTES-GAMA, M. de M.; VIEIRA, J. F. Sistemas agroflorestais nos municípios de Alto Paraíso e Ariquemes, Rondônia, Brasil: avaliação da densidade do solo. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE MANEJO E CONSERVAÇÃO DO SOLO E DA ÁGUA, 17., 2008, Rio de Janeiro. Manejo e conservação do solo e da água no contexto das mudanças ambientais. Rio de Janeiro: SBCS: Embrapa Solos: Embrapa Agrobiologia, 2008. 4 p. 1 CD-ROM. (Embrapa Solos. Documentos, 101). Parceria: UFRRJ. Meta 2008.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Rondônia. |
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| 192. | | SIMOES, W. L.; COELHO, D. S.; MENDES, A. M. S.; SOUZA, M. A.; LIMA, J. A.; SANTOS, J. E. de. Trocas gasosas em genótipos de sorgo forrageiro irrigados com diferentes concentrações de água salina. In: CONGRESSO NACIONAL DE IRRIGAÇÃO E DRENAGEM, 23., 2013, Luís Eduardo Magalhães, BA. Evolução e tecnologia na irrigação: trabalhos apresentados. Brasília, DF: Associação Brasileira de Irrigação e Drenagem, 2013. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 193. | | BRANDÃO, S. da S.; GIONGO, V.; MENDES, A. M. S.; SILVA, D. J.; CUNHA, T. J. F. Taxa de decomposição de coquetéis vegetais com e sem revolvimento do solo no cultivado com mangueiras. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 194. | | GIONGO, V.; MENDES, A. M. S.; SILVA, D. J.; CUNHA, T. J. F.; BRANDÃO, S. da S. Sistemas de culturas intercalares e manejo de solo alterando as características químicas de argissolo cultivado com mangueiras. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa, MG: SBCS, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 196. | | BAGAGI, L. M.; ALMEIDA, L. E. da S.; SILVA, W. J. G. da; GIONGO, V.; MENDES, A. M. S. Teores de carbono total no solo em diferentes fitofisionomias do Bioma Caatinga. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA SEMIÁRIDO, 9., 2014, Petrolina. Anais... Petrolina: Embrapa Semiárido, 2014. p. 139-145. (Embrapa Semiárido. Documentos, 261).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 197. | | CIPRIANI, H. N.; COSTA, M. F. G.; OTTONI, A. de M.; VIEIRA, A. H.; MENDES, A. M.; MARCOLAN, A. L. Teores foliares de N, P e K em eucaliptos sob diferentes adubações em Porto Velho, Rondônia. In: REUNIÃO DE CIÊNCIA DO SOLO DO NÚCLEO NOROESTE, 2016, Rolim de Moura - RO. Solos no Noroeste do Brasil: propriedades e potencialidades. Rolim de Moura - RO: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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