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| Registros recuperados : 31 | |
| 5. |  | AMORIM, T. R; SILVA, M. J. da; FERNANDES, C. D.; JANK, L.; MEIRELES, K. G. X. Avaliação de genótipos de Panicum maximum quanto à resistência a Bipolaris maydis. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 254-257 1 CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 6. | | NASCIMENTO, D. C. do; ROBLES, C. S.; VALLE, C. B. do; MEIRELES, K. G. X. Alterações no proteoma de Brachiaria brizantha relacionadas à resistência as cigarinhas-das-pastagens. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 72-74 1 CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 7. | | ROBLES, C. S.; NASCIMENTO, D. C. do; VALLE, C. B. do; MEIRELES, K. G. X. Análise proteômica de um genótipo susceptível de Brachiaria brizantha durante infestação com as cigarrinhas-das-pastagens. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 46-48 1 CD-ROM| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 8. | | ROBLES, C. S.; MEIRELES, K. G. X.; VALLE, C. B. do; LEGUIZAMON, G. O. de C. Análise da expressão diferencial de proteínas envolvidas nos mecanismos de resistência as cigarrinhas-das-pastagens em Brachiaria brizantha. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 10. | | BRAGA, D. P.; MEIRELES, K. G. X.; JANK, L.; VALLE, C. B. do. Avaliação proteômica da interação Panicum maximum x Bipolaris maydis. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 9., 2013, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2013. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 204). Comissão organizadora: Denise Baptaglin Montagner, Grácia Maria Soares Rosinha, Rodrigo Carvalho Alva.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 11. | | CHIARI, L.; RESENDE, R. M. S.; JUNGMANN, L.; MEIRELES, K. G. X. Caracterização molecular de acessos da leguminosa forrageira Stylosanthes guianensis (AUBL.) SW. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. 550 p. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 304). Editora técnica Clara Oliveira Goedert. p. 209| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 12. | | CHIARI, L.; VALLE, C. B. do; JANK, L.; MEIRELES, K. G. X.; JUNGMANN, L.; RESENDE, R. M. S.; SPANGENBERG, G. Melhoramento molecular como ferramenta para aumentar a qualidade das forrageiras tropicais Brachiaria brizantha e Panicum maximum. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Disponível em: . Acesso em: 25 fev. 2010. 1 p. Poster 058.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 13. | | PIRES, L. P.; COLADO, M. L. Z.; VILELA, M. de M.; LEGUIZAMON, G. O. de C.; MEIRELES, K. G. X. Diferenciação molecular de genótipos de Panicum maximum. In: JORNADA CIENTÍFICA EMBRAPA GADO DE CORTE, 10., 2014, Campo Grande, MS. [Anais da..]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2014. p. 66-67. 2 p. (Embrapa Gado de Corte. Documentos, 208). Comissão organizadora: Grácia Maria Soares Rosinha, Alexandra Rocha de Oliveir, Rodrigo Carvalho Alva.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 14. | | RESENDE, R. M. S.; VILELA, M. de M.; CHIARI, L.; MEIRELES, K. G. X.; JANK, L.; VALLE, C. B. do. Seleção genômica no melhoramento de forrageiras. In: AZEVEDO, A. L. S.; PEREIRA, J. F.; MACHADO, J. C. (Ed.). Melhoramento de forrageiras na era genômica. Brasília, DF: Embrapa, 2019. 262 p. il. color| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 15. | | NASCIMENTO, D. C. do; MEIRELES, K. G. X.; ROBLES, C. S.; COSTA, P. P. O. L. da. Prospecção de metodologia para extração protéica em gramíneas forrageiras compatível com análise proteômica. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE,5., 2009, Campo Grande, MS. [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2009. 1 p.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 16. | | NASCIMENTO, D. C. do; MEIRELES, K. G. X.; ROBLES, C. S.; COSTA, P. P. O. L. da. Prospecção de metodologias de extração protéica em gramíneas forrageiras visando aplicação em proteômica. In: JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA GADO DE CORTE, 6., 2010, Campo Grande, MS. Ética na pesquisa científica: [Anais da ...]. Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte, 2010. 1 CD-ROM. Coordenadora: Vanessa Felipe de Souza 1 p.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 17. | | MEIRELES, K. G. X.; VALLE, C. B. do; CHIARI, L.; ROBLES, C.; NASCIMENTO, D.; COSTA, P. P. Proteínas expressas em Brachiaria brizantha envolvidas nos mecanismos de resistência às cigarrinhas-das-pastagens. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Disponível em: . Acesso em: 25 fev. 2010. 1 p. Poster 047.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 18. | | JANK, L.; VALLE, C. B. do; RESENDE, R. M. S.; CHIARI, L.; JUNGMANN, L.; MEIRELES, K. G. X. Forage breeding at Embrapa Beef Catle. In: JANK, L.; CHIARI, L.; VALLE, C. B. do; RESENDE, R. M. S. (Ed.). Forage breeding and biotechnology. Brasília, DF: Embrapa; Campo Grande: Embrapa Gado de Corte, 2013. p. 1-24| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 20. | | MATIAS, F. I.; VIDOTTI, M. S.; MEIRELES, K. G. X.; BARRIOS, S. C. L.; VALLE, C. B. do; CARLEY, C. A. S.; FRITSCHE-NETO, R. Association Mapping Considering Allele Dosage: An Example of Forage Traits in an Interspecific Segmental Allotetraploid Urochloa spp. Crop Science, v. 59, n. 5, p. 2062-2076, september-october, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| Registros recuperados : 31 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Corte. |
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Data corrente: |
27/12/2019 |
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Data da última atualização: |
27/12/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
MATIAS, F. I.; MEIRELES, K. G. X.; NAGAMATSU, S. T.; BARRIOS, S. C. L.; VALE, C. B. do; CARAZZOLLE, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; ENDELMAN, J. B. |
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Afiliação: |
Filipe Inácio Matias, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; KAREM GUIMARAES XAVIER MEIRELES, CNPGC; Sheila Tiemi Nagamatsu, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; SANZIO CARVALHO LIMA BARRIOS, CNPGC; Cacilda Borges do Valle, Colaboradora da Embrapa Gado de Corte; Marcelo Falsarella Carazzolle, Universiade Estadual de Campinas - UNICAMP/Departamento Genética e Evolução; Roberto Fritsche-Neto, Universidade de São Paulo - USP/ Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/Departamento de Genetica; Jeffrey B. Endelman, University of Wisconsin–Madison/Dep. Horticulture. |
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Título: |
Expected Genotype Quality and Diploidized Marker Data from Genotyping-by-Sequencing of Urocholoa spp. Tetraploids. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
The Plant Genome, v. 12, n. 3, november 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Although genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model. MenosAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Although genotyping-by-sequencing; Marker technology. |
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Thesaurus NAL: |
Genotype; Hybrids; Urochloa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/207884/1/Expected-Genotype-Quality-and-Diploidized.pdf
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Marc: |
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260 $c2019
520 $aAlthough genotyping-by-sequencing (GBS) is a well-established marker technology in diploids, the development of best practices for tetraploid species is a topic of current research. We determined the theoretical relationship between read depth and the phred-scaled probability of genotype misclassification conditioned on the true genotype, which we call expected genotype quality (EGQ). If the GBS method has 0.5% allelic error, then 17 reads are needed to classify simplex tetraploids as heterozygous with 95% accuracy (EGQ = 13) vs. 61 reads to determine allele dosage. We developed an R script to convert tetraploid GBS data in variant call format (VCF) into diploidized genotype calls and applied it to 267 interspecific hybrids of the tetraploid forage grass Urochloa. When reads were aligned to a mock reference genome created from GBS data of the Urochloa brizantha (Hochst. ex A. Rich.) R. D. Webster cultivar Marandu, 25,678 biallelic single nucleotide polymorphism (SNPs) were discovered, compared with ~3000 SNPs when aligning to the closest true reference genomes, Setaria viridis (L.) P. Beauv. and S. italica (L.) P. Beauv. Crossvalidation revealed that missing genotypes were imputed by the random forest method with a median accuracy of 0.85 regardless of heterozygote frequency. Using the Urochloa spp. hybrids, we illustrated how filtering samples based only on genotype quality (GQ) creates genotype bias; a depth threshold based on EGQ is also needed regardless of whether genotypes are called using a diploidized or allele dosage model.
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700 1 $aENDELMAN, J. B.
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