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2. | | MAZONI, I.; NESHICH, G. DIPN: a dictionary of the internal proteins nanoenvironments and their potential for transformation into agricultural assets. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 9, p. 165-177. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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3. | | MAZONI, I.; NESHICH, G. DPIN: um dicionário dos nanoambientes internos das proteínas e seu potencial para transformação em ativos para a agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 9, p. 218-232. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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11. | | PENA, I.; MANCINI, A. L.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.; ORTEGA, J. M. Identification of philogenetic relationship between GDPD and SMaseD proteins based on active site amino acid physical chemical properties. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4., 2008, Salvador. Proceedings... Salvador: AB³C, 2008. Não paginado. X-Meeting 2008. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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12. | | BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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13. | | MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JÚNIOR, W. Contacts as the key elements for comparing two protein structures. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-6. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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14. | | NESHICH, G.; JARDINE, J. G.; BERNARDES, R.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; SILVEIRA, C. da. "Cloud computation" na forma de serviços WEB para um banco de dados federativo STING_RDB. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 1., 2008, Brasília, DF. Comunicações Selecionadas. Brasília, DF: Embrapa, 2008. Não paginado. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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15. | | SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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17. | | MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Electrostatic potential at the alpha carbon atoms along the alpha helices and beta strands. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia, Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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19. | | MELO, R. C.; MAZONI, I.; NESHICH, G.; SANTORO, M. M.; MEIRA JUNIOR, W. Protein structure topology comparison based on contact maps. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 14.; ANNUAL AB3C CONFERENCE, 2., 2006, Fortaleza. Conference Program... Fortaleza: ISCB, 2006. Não paginado. ISMB, X-MEETING 2006. Poster I-5. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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20. | | JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; BORRO, L. C.; ALVARENGA, D.; NESHICH, G. Signature contact coordination patterns for secondary structure elements in protein structures. In: ANNUAL MEETING OF SBBQ, 37.; CONGRESS OF THE PAN-AMERICAN ASSOCIATION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 11, 2008, Águas de Lindóia. Program and index... Águas de Lindóia: SBBq, 2008. Não paginado. PABMB. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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Registros recuperados : 77 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
10/02/2015 |
Data da última atualização: |
08/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Autoria: |
NESHICH, G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F.; SALIM, J. A.; BORRO, L.; YANO, I. H.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; ROCCHIA, W. |
Afiliação: |
GORAN NESHICH, CNPTIA; IZABELLA AGOSTINHO PENA NESHICH, Unicamp; FABIO MORAES, Unesp, São José do Rio Preto; JOSE AUGUSTO SALIM, Unicamp; LUIZ BORRO, Unicamp; INACIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; WALTER ROCCHIA, CONCEPT Lab-CompuNet, Istituto Italiano di Tecnologia, Genova. |
Título: |
Using structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
In: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015. |
Volume: |
Chapter 12. |
Páginas: |
p. 227-254. |
DOI: |
10.1007/978-3-319-12211-3_12 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
In this chapter, we will overview the role of the local protein structure environment (which we will call here: nano-environment) in maintaining the functional purpose of different protein districts (defined as protein structure sites delimited by their functional objectives). |
Palavras-Chave: |
Base de dados Sting; Catalytic site residues; Efeito hidrofóbico; Electrostatic potential; Estrutura de proteínas; Hydrophobic effect; Interface de proteínas; Physical-chemical properties; Potencial eletrostático; Propriedades físico-químicas; Protein interfaces; Superfície de proteínas. |
Thesaurus NAL: |
Protein structure. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 01759naa a2200409 a 4500 001 2008227 005 2020-01-08 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.1007/978-3-319-12211-3_12$2DOI 100 1 $aNESHICH, G. 245 $aUsing structural and physical-chemical parameters to identify, classify, and predict functional districts in proteins-the role of electrostatic potential.$h[electronic resource] 260 $c2015 300 $ap. 227-254. Chapter 12. 490 $vChapter 12. 520 $aIn this chapter, we will overview the role of the local protein structure environment (which we will call here: nano-environment) in maintaining the functional purpose of different protein districts (defined as protein structure sites delimited by their functional objectives). 650 $aProtein structure 653 $aBase de dados Sting 653 $aCatalytic site residues 653 $aEfeito hidrofóbico 653 $aElectrostatic potential 653 $aEstrutura de proteínas 653 $aHydrophobic effect 653 $aInterface de proteínas 653 $aPhysical-chemical properties 653 $aPotencial eletrostático 653 $aPropriedades físico-químicas 653 $aProtein interfaces 653 $aSuperfície de proteínas 700 1 $aNESHICH, I. A. P. 700 1 $aMORAES, F. 700 1 $aSALIM, J. A. 700 1 $aBORRO, L. 700 1 $aYANO, I. H. 700 1 $aMAZONI, I. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aROCCHIA, W. 773 $tIn: ROCCHIA, W.; SPAGNUOLO, M. (Ed.). Computational electrostatics for biological applications: geometric and numerical approaches to the description of electrostatic interaction between macromolecules. Cham: Springer, 2015.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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