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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
07/12/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; linkage disequilibrium. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Clima Temperado. |
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Data corrente: |
19/10/2023 |
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Data da última atualização: |
19/10/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
C - 0 |
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Autoria: |
MARCO, R. de; CROSA, C. F. R.; MARTINS, C. R.; SOUZA, R. S. de; HERTER, F. G. |
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Afiliação: |
RUDINEI DE MARCO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS; CLAUDIA FARELA RIBEIRO CROSA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS; CARLOS ROBERTO MARTINS, CPACT; RAFAELA SCHMIDT DE SOUZA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS; FLAVIO GILBERTO HERTER, UNIVERSIDADE FEDERAL DE PELOTAS. |
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Título: |
Característica fenológica de cultivares de nogueira pecã no Uruguai e no Brasil. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Revista Científica Rural, Bagé, v. 25, n. 1, p. 302-317, 2023. |
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ISSN: |
2525-6912 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A fenologia nos permite identificar as diferentes fases de crescimento e desenvolvimento da planta, que uma vez compreendida, pode-se associar as necessidades da planta, bem como auxiliam na escolha de cultivares polinizadoras para a implantação de um pomar. Nesse contexto, o objetivo desse trabalho foi avaliar o ciclo fenológico anual da nogueira-pecã e verificar o período de liberação do pólen e a receptividade do estigma de diferentes cultivares. Para tanto, foram estudados nove cultivares (Cape Fear, Pawnee, Desirable, Oconee, Kiowa, Success, Shoshoni, Gloria Grande e Stuart) no ciclo 2017/2018 em Las Brujas/UY e quatro cultivares (Barton, Melhorada, Jackson e Success) em Canguçu/BR no ciclo 2018/2019. Todas as cultivares de nogueira-pecã estudadas apresentaram dicogamia incompleta, mas com períodos de sincronização distintos. O ciclo anual do desenvolvimento vegetativo da nogueira-pecã é de aproximadamente nove meses. Os períodos de liberação do pólen e receptividade do estigma variam entre as cultivares. |
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Thesagro: |
Fenologia; Noz; Noz Peca. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1157360/1/Artigo-Caracteristica-fenologica-de-cultivares-de-nogueira-peca-no-Uruguai.pdf
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Marc: |
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520 $aA fenologia nos permite identificar as diferentes fases de crescimento e desenvolvimento da planta, que uma vez compreendida, pode-se associar as necessidades da planta, bem como auxiliam na escolha de cultivares polinizadoras para a implantação de um pomar. Nesse contexto, o objetivo desse trabalho foi avaliar o ciclo fenológico anual da nogueira-pecã e verificar o período de liberação do pólen e a receptividade do estigma de diferentes cultivares. Para tanto, foram estudados nove cultivares (Cape Fear, Pawnee, Desirable, Oconee, Kiowa, Success, Shoshoni, Gloria Grande e Stuart) no ciclo 2017/2018 em Las Brujas/UY e quatro cultivares (Barton, Melhorada, Jackson e Success) em Canguçu/BR no ciclo 2018/2019. Todas as cultivares de nogueira-pecã estudadas apresentaram dicogamia incompleta, mas com períodos de sincronização distintos. O ciclo anual do desenvolvimento vegetativo da nogueira-pecã é de aproximadamente nove meses. Os períodos de liberação do pólen e receptividade do estigma variam entre as cultivares.
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Registro original: |
Embrapa Clima Temperado (CPACT) |
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