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Registros recuperados : 80 | |
61. | | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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62. | | MOURA, M. F.; MANCINI, A. L.; BENATTI, R. M.; RODRIGUES, L. N.; VICTORIA, D. de C.; ROMANI, L. A. S.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SILVA, L. E. A.; BEZERRA, G. A.; FRANCIOLI, G. A. Um ambiente para uso de outorga compartilhada de água. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 12., 2019, Indaiatuba. Anais... Ponta Grossa: SBIAGRO, 2019. p. 521-522. Na publicação: Daniel Victoria, Luciana Alvim Romani, Stanley R Medeiros Oliveira. Organizadores: Maria Fernanda Moura, Jayme Garcia Arnal Barbedo, Alaine Margarete Guimarães, Valter Castelhano de Oliveira. SBIAgro 2019. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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63. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2005. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 67). Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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64. | | TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S. Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2018. 30 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 160). Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Rondônia. |
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65. | | CRUZ, S. A. B. da; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. JMOL and STING integration: a STING for multiple patforms. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 86. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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66. | | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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67. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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68. | | RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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69. | | RIBEIRO; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010. Disponível em:.Acesso em: 5 jan. 2011. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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70. | | HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A. G.; HORITA, L. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Defining 3D residue environment in protein structures using SCORPION and FORMIGA. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1989-1991, 2004. Na publicação: P. R. Kuser. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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71. | | HIGA, R. H.; MONTAGNER, A. J.; TOGAWA, R. C.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; PAPPAS JUNIOR, G.; MIURA, R. T.; HORITA, L. G.; NESHICH, G. ConSSeq: a web-based application for analysis of amino acid conservation based on HSSP database and within context of structure. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1983-1985, 2004. Na publicação: P. R. Kuser. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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72. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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73. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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74. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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75. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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76. | | NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; BEZERRA, G. B. P.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Protein structure analysis and visualization using Java Protein Dossier. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON CHEMOMETRICS AND BIOINFORMATICS IN ASIA, 2004, Shanghai. Proceedings... Shanghai: [s.n.], 2004. 1 p. CCBA 2004. Na publicação: Paula R. Kuser. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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77. | | NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond STING Server. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. Supplement. Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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78. | | NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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79. | | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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80. | | NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H. STING Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and sequence. Nucleic Acids Research, London, v. 31, n. 13, p. 3386-3392, July 2003. Na publicação: Paula R. Kuser. Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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Registros recuperados : 80 | |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
07/03/2007 |
Data da última atualização: |
17/05/2017 |
Autoria: |
BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. |
Afiliação: |
LUIZ C. BORRO, CNPTIA; STANLEY ROBSON DE MEDEIROS OLIVEIRA, CNPTIA; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; EDGARD HENRIQUE DOS SANTOS, CNPTIA; ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
Título: |
Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. |
Ano de publicação: |
2006 |
Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006. |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
ABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods. |
Palavras-Chave: |
Bayesian classification; Bayesian classifier; Bioinformática; Classe de enzima; Data classification; Enzyme classification number; Estrutura de proteína; Naive Bayes; Protein function prediction. |
Thesaurus NAL: |
Bioinformatics; Protein structure. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159942/1/AP-Predicting-Borro-GMR-2006.pdf
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Marc: |
LEADER 01540naa a2200361 a 4500 001 1009196 005 2017-05-17 008 2006 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aBORRO, L. C. 245 $aPredicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification.$h[electronic resource] 260 $c2006 520 $aABSTRACT. Predicting enzyme class from protein structure parameters is a challenging problem in protein analysis. We developed a method to predict enzyme class that combines the strengths of statistical and data-mining methods. This method has a strong mathematical foundation and is simple to implement, achieving an accuracy of 45%. A comparison with the methods found in the literature designed to predict enzyme class showed that our method outperforms the existing methods. 650 $aBioinformatics 650 $aProtein structure 653 $aBayesian classification 653 $aBayesian classifier 653 $aBioinformática 653 $aClasse de enzima 653 $aData classification 653 $aEnzyme classification number 653 $aEstrutura de proteína 653 $aNaive Bayes 653 $aProtein function prediction 700 1 $aOLIVEIRA, S. R. M. 700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B. 700 1 $aMANCINI, A. L. 700 1 $aJARDINE, J. G. 700 1 $aMAZONI, I. 700 1 $aSANTOS, E. H. dos 700 1 $aHIGA, R. H. 700 1 $aKUSER, P. R. 700 1 $aNESHICH, G. 773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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