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| Registros recuperados : 80 | |
| 61. |  | NESHICH, G.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; PINTO, I. P.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; BAUDET, C.; MONTAGNER, A. J.; HIGA, R. H. STING Report: convenient web-based application for graphic and tabular presentations of protein sequence, structure and function descriptors from the STING database. Nucleic Acids Research, v. 33, p. D269-D274, 2005. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 62. | | MOURA, M. F.; MANCINI, A. L.; BENATTI, R. M.; RODRIGUES, L. N.; VICTORIA, D. de C.; ROMANI, L. A. S.; OLIVEIRA, S. R. de M.; SILVA, L. E. A.; BEZERRA, G. A.; FRANCIOLI, G. A. Um ambiente para uso de outorga compartilhada de água. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROINFORMÁTICA, 12., 2019, Indaiatuba. Anais... Ponta Grossa: SBIAGRO, 2019. p. 521-522. Na publicação: Daniel Victoria, Luciana Alvim Romani, Stanley R Medeiros Oliveira. Organizadores: Maria Fernanda Moura, Jayme Garcia Arnal Barbedo, Alaine Margarete Guimarães, Valter Castelhano de Oliveira. SBIAgro 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 63. | | YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; HIGA, R. H.; SANTOS, E. H. dos; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Identificando Pockets na superfície protéica usando o Java Protein Dossier - JPD. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2005. 4 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 67).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 64. | | TRASPADINI, E. I. F.; PRADO, R. M.; VAZ, G. J.; SILVA, F. C. da; MANCINI, A. L.; SILVA, G. P. da; SANTOS, E. H. dos; WADT, P. G. S. Guia prático para aplicação do método da diagnose da composição nutricional (CND): exemplo de uso na cultura da cana-de-açúcar. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2018. 30 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Documentos, 160).| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Rondônia. |
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| 65. | | CRUZ, S. A. B. da; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. de M.; YAMAGISHI, M. E. B.; FALCAO, P. R. K.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. JMOL and STING integration: a STING for multiple patforms. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 86. Na publicação: Stanley R. M. Oliveira, Paula R. Kuser, Edgard H. Santos. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 66. | | BORRO, L. C.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; NESHICH, G. Predicting enzyme class from protein structure using Bayesian classification. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 193-202, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 67. | | HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B. da; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FILETO, R.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; MANCINI, A. L.; NESHICH, G. Building multiple sequence alignments with a flavor of HSSP alignments. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 1, p. 127-137, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 68. | | RIBEIRO, C.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 69. | | RIBEIRO; TOGAWA, R. C.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MINARDI, R. C. de M.; SILVEIRA, C. H. da; JARDINE, J. G.; SANTORO, M. M.; NESHICH, G. Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology, London, v. 10, n. 36, p. 1-16, 2010. Disponível em:.Acesso em: 5 jan. 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 70. | | HIGA, R. H.; OLIVEIRA, A. G.; HORITA, L. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; FALCAO, P. R. K.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; TOGAWA, R. C.; NESHICH, G. Defining 3D residue environment in protein structures using SCORPION and FORMIGA. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1989-1991, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 71. | | HIGA, R. H.; MONTAGNER, A. J.; TOGAWA, R. C.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; MANCINI, A. L.; PAPPAS JUNIOR, G.; MIURA, R. T.; HORITA, L. G.; NESHICH, G. ConSSeq: a web-based application for analysis of amino acid conservation based on HSSP database and within context of structure. Bioinformatics, v. 20, n. 12, p. 1983-1985, 2004. Na publicação: P. R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 72. | | NESHICH, G.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; VIEIRA, F. D.; CRUZ, S. A. B. da; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; HIGA, R. H. What makes the active site amino acids so different from the others: defining the structural descriptors specific for activity. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 149. Na publicação: Paula Kuser, Michel Yamagishi, Stanley Oliveira, Edgard Santos, Fabio Vieira, Sergio Cruz, Adauto Mancini, Roberto Higa. X-meeting 2005. Presented Posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 73. | | NESHICH, G.; MAZONI, I.; OLIVEIRA, S. R. M.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER-FALCÃO, P. R.; BORRO, L. C.; MORITA, D. U.; SOUZA, K. R. R.; ALMEIDA, G. V.; RODRIGUES, D. N.; JARDINE, J. G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; CRUZ, S. A. B.; VIEIRA, F. D.; SANTOS, E. H.; MELO, R. C.; SANTORO, M. M. The Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 4, p. 717-722, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 74. | | YAMAGISHI, M. E. B.; BEZERRA, G. B. P.; QUINALIA, T.; KUSER, P. R.; HIGA, R. H.; MANCINI, A. L.; JARDINE, J. G.; MAZONI, I.; SANTOS, E. H. dos; CRUZ, S. A. B.; OLIVEIRA, S. R. M.; NESHICH, G.; RAY, N.; MAIGRET, B. An interative protein interface surface Java Viewer. In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. p. 17. X-meeting 2005. Presented posters.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 75. | | NESHICH, G.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; YAMAGISHI, M. E. B.; KUSER, P. R.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Java Protein Dossier: a novel web-based data visualization tool for comprehensive analysis of protein structure. Nucleic Acids Research, v. 32, W595-W601, 2004.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 76. | | NESHICH, G.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCCHIA, W.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; FILETO, R.; BAUDET, C.; PINTO, I. P.; MONTAGNER, A. J.; PALANDRANI, J. F.; KRAUCHENCO, J. N.; TORRES, R. C.; BEZERRA, G. B. P.; SOUZA, S.; TOGAWA, R. C.; HIGA, R. H. Protein structure analysis and visualization using Java Protein Dossier. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON CHEMOMETRICS AND BIOINFORMATICS IN ASIA, 2004, Shanghai. Proceedings... Shanghai: [s.n.], 2004. 1 p. CCBA 2004. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 77. | | NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond STING Server. Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. Supplement.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 78. | | NESHICH, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B. P.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. The Diamond Sting server. Nucleic Acids Research, v. 33, W29-W35, 2005.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 79. | | FILETO, R.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E. B.; RIBEIRO, A. A.; QUINALIA, T. G.; FRANCO, E. H.; MANCINI, A. L.; HIGA, R. H.; OLIVEIRA, S. R. M.; SANTOS, E. H.; VIEIRA, F. D.; MAZONI, I.; CRUZ, S. A. B.; NESHICH, G. PDB-Metrics: a web tool for exploring the PDB contents. Genetics and Molecular Research, v. 5, n. 2, p. 333-341, 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 80. | | NESHICH, G.; TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L.; FALCAO, P. R. K.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAPPAS JUNIOR, G.; TORRES, W. V.; CAMPOS, T. F. e; FERREIRA, L. L.; LUNA, F. M.; OLIVEIRA, A. G.; MIURA, R. T.; INOUE, M. K.; HORITA, L. G.; SOUZA, D. F. de; DOMINIQUINI, F.; ÁLVARO, A.; LIMA, C. S.; OGAWA, F. O.; GOMES, G. B.; PALANDRANI, J. F.; SANTOS, G. F. dos; FREITAS, E. M. de; MATTIUZ, A. R.; COSTA, I. C.; ALMEIDA, C. L. de; SOUZA, S.; BAUDET, C.; HIGA, R. H. STING Millennium: a web-based suite of programs for comprehensive and simultaneous analysis of protein structure and sequence. Nucleic Acids Research, London, v. 31, n. 13, p. 3386-3392, July 2003. Na publicação: Paula R. Kuser.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 80 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
05/09/2005 |
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Data da última atualização: |
18/05/2022 |
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Autoria: |
NESHIC, G.; BORRO, L. C.; HIGA, R. H.; KUSER, P. R.; YAMAGISHI, M. E.; FRANCO, E. H.; KRAUCHENCO, J. N.; FILETO, R.; RIBEIRO, A. A.; BEZERRA, G. B.; VELLUDO, T. M.; JIMENEZ, T. S.; FURUKAWA, N.; TESHIMA, H.; KITAJIMA, K.; BAVA, A.; SARAI, A. TOGAWA, R. C.; MANCINI, A. L. |
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Título: |
The Diamond STING Server. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
Nucleic Acids Research, v. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Supplement. |
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Conteúdo: |
Diamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/expanding the interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of biologically relevant applications are described here. We have provided an example where Diamond STING identifies the active site amino acids and folding essential amino acids (both previously determined by experiments) by filtering out all but those residues by selecting the numerical values/ranges for a set of corresponding parameters. This is the fundamental step toward a more interesting endeavor?the prediction of such residues. Diamond STING is freely accessible at http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br and http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS. |
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Palavras-Chave: |
Diamond STING; JavaProtein Dossier; Protein structures; STING. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/178422/1/ID-25540.pdf
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Marc: |
LEADER 02300naa a2200385 a 4500
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100 1 $aNESHIC, G.
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520 $aDiamond STING is a new version of the STING suite of programs for a comprehensive analysis of a relationship between protein sequence, structure, function and stability. We have added a number of new functionalities by both providing more structure parameters to the STING Database and by improving/expanding the interface for enhanced data handling. The integration among the STING components has also been improved. A new key feature is the ability of the STING server to handle local files containing protein structures (either modeled or not yet deposited to the Protein Data Bank) so that they can be used by the principal STING components: JavaProtein Dossier (JPD) and STING Report. The current capabilities of the new STING version and a couple of biologically relevant applications are described here. We have provided an example where Diamond STING identifies the active site amino acids and folding essential amino acids (both previously determined by experiments) by filtering out all but those residues by selecting the numerical values/ranges for a set of corresponding parameters. This is the fundamental step toward a more interesting endeavor?the prediction of such residues. Diamond STING is freely accessible at http://sms.cbi.cnptia.embrapa.br and http://trantor.bioc.columbia.edu/SMS.
653 $aDiamond STING
653 $aJavaProtein Dossier
653 $aProtein structures
653 $aSTING
700 1 $aBORRO, L. C.
700 1 $aHIGA, R. H.
700 1 $aKUSER, P. R.
700 1 $aYAMAGISHI, M. E.
700 1 $aFRANCO, E. H.
700 1 $aKRAUCHENCO, J. N.
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700 1 $aRIBEIRO, A. A.
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700 1 $aFURUKAWA, N.
700 1 $aTESHIMA, H.
700 1 $aKITAJIMA, K.
700 1 $aBAVA, A.
700 1 $aSARAI, A. TOGAWA, R. C.
700 1 $aMANCINI, A. L.
773 $tNucleic Acids Research$gv. 33, n. 2, p. W29-W35, July 2005.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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