| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
|
Data corrente: |
19/01/2022 |
|
Data da última atualização: |
19/01/2022 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
LIMA, L. P.; AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; NASCIMENTO, M.; SILVA, F. F. e. |
|
Afiliação: |
LEÍSA PIRES LIMA, UFV; CAMILA FERREIRA AZEVEDO, UFV; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPCa; MOYSÉS NASCIMENTO, UFV; FABYANO FONSECA E SILVA, UFV. |
|
Título: |
Evaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data. |
|
Ano de publicação: |
2022 |
|
Fonte/Imprenta: |
Scientia Agricola, v. 79, n. 3, p. 1-10, 2022. |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
The development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria. MenosThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered ... Mostrar Tudo |
|
Thesagro: |
Melhoramento Genético Vegetal; Método de Melhoramento. |
|
Thesaurus Nal: |
Genetic variance; Genomics; Molecular models; Plant breeding. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/230380/1/evaluation-of-bayesian-methods.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 02367naa a2200241 a 4500
001 2139182
005 2022-01-19
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLIMA, L. P.
245 $aEvaluation of Bayesian methods of genomic association via chromosomic regions using simulated data.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aThe development of efficient methods for genome-wide association studies (GWAS) between quantitative trait loci (QTL) and genetic values is extremely important to animal and plant breeding programs. Bayesian approaches that aim to select regions of single nucleotide polymorphisms (SNPs) proved to be efficient, indicating genes with important effects. Among the selection criteria for SNPs or regions, selection criterion by percentage of variance can be explained by genomic regions (%var), selection of tag SNPs, and selection based on the window posterior probability of association (WPPA). To also detect potentially associated regions, we proposed measuring posterior probability of the interval PPint), which aims to select regions based on the markers of greatest effects. Therefore, the objective of this work was to evaluate these approaches, in terms of efficiency in selecting and identifying markers or regions located within or close to genes associated with traits. This study also aimed to compare these methodologies with single-marker analyses. To accomplish this, simulated data were used in six scenarios, with SNPs allocated in non?overlapping genomic regions. Considering traits with oligogenic inheritance, WPPA criterion followed by %var and PPint criteria were shown to be superior, presenting higher values of detection power, capturing higher percentages of genetic variance and larger areas. For traits with polygenic inheritance, PPint and WPPA criteria were considered superior. Single?marker analyses identified SNPs associated only in oligogenic inheritance scenarios and was lower than the other criteria.
650 $aGenetic variance
650 $aGenomics
650 $aMolecular models
650 $aPlant breeding
650 $aMelhoramento Genético Vegetal
650 $aMétodo de Melhoramento
700 1 $aAZEVEDO, C. F.
700 1 $aRESENDE, M. D. V. de
700 1 $aNASCIMENTO, M.
700 1 $aSILVA, F. F. e
773 $tScientia Agricola$gv. 79, n. 3, p. 1-10, 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Mandioca e Fruticultura. Para informações adicionais entre em contato com cnpmf.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
|
Data corrente: |
11/01/2008 |
|
Data da última atualização: |
07/03/2008 |
|
Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
|
Circulação/Nível: |
-- - -- |
|
Autoria: |
LUQUINE, L. S.; RITZINGER, R.; RITZINGER, C. H. S. P. |
|
Afiliação: |
Liliane Santana Luquine, UFRB; Rogério Ritzinger, CNPMF; Cecília Helena Silvino Prata Ritzinger, CNPMF. |
|
Título: |
Avaliação do efeito de resíduos de mamona em mudas de aceroleira infestadas pelo nematóide-das-galhas. |
|
Ano de publicação: |
2007 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4., 2007, Cruz das Almas. [Resumos...]. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical: Fapesb, 2007. p. 33. |
|
Idioma: |
Português |
|
Conteúdo: |
A utilização de resíduos de mamona tem sido relacionada à redução da população de fitonematóides, bem como ao melhor desenvolvimento da planta. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de resíduos de mamona em mudas de aceroleira infestadas por Meloidogyne sp. O experimento foi realizado em casa de vegetação, na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas, BA, de setembro de 2006 a maio de 2007. Foram utilizadas mudas de acerolaira da variedade Rubra, obtidas por miniestaquia, plantadas em vasos contendo solo e areia esterilizados na proporção, em volume, de 1:1. A inoculação com Meloidogyne sp. foi feita quando as plantas apresentaram, em média, 22 folhas e altura de 33cm, sendo inoculados 800 indivíduos (J2) por vaso, exceto na parcela testemunha. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com cinco tratamentos e sete repetições: T1- testemunha absoluta (sem inóculo e sem a aplicação de resíduos); T2- testemunha relativa (sem aplicação de resíduo e com inóculo); T3- aplicação de 6g de farelo de mamona; T4- aplicação de 6g do resíduo triturado da parte aérea da mamona; T5- aplicação de 3g de farelo de mamona + 3g do resíduo triturado da parte aérea da mamona. Os resíduos de mamona foram aplicados em cobertura mensalmente. O efeito nematicida da mamona não ficou evidente. Não houve diferença significativa entre os tratamentos para a massa fresca e seca da raiz, comprimento total e do maior volume da raiz, número de galhas e massa de ovos. Para os parâmetros vegetativos como altura, número de folhas, massa aérea fresca e seca das plantas tratadas com farelo de mamona, houve diferença significativa devido a seu efeito fertilizante. MenosA utilização de resíduos de mamona tem sido relacionada à redução da população de fitonematóides, bem como ao melhor desenvolvimento da planta. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de resíduos de mamona em mudas de aceroleira infestadas por Meloidogyne sp. O experimento foi realizado em casa de vegetação, na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas, BA, de setembro de 2006 a maio de 2007. Foram utilizadas mudas de acerolaira da variedade Rubra, obtidas por miniestaquia, plantadas em vasos contendo solo e areia esterilizados na proporção, em volume, de 1:1. A inoculação com Meloidogyne sp. foi feita quando as plantas apresentaram, em média, 22 folhas e altura de 33cm, sendo inoculados 800 indivíduos (J2) por vaso, exceto na parcela testemunha. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com cinco tratamentos e sete repetições: T1- testemunha absoluta (sem inóculo e sem a aplicação de resíduos); T2- testemunha relativa (sem aplicação de resíduo e com inóculo); T3- aplicação de 6g de farelo de mamona; T4- aplicação de 6g do resíduo triturado da parte aérea da mamona; T5- aplicação de 3g de farelo de mamona + 3g do resíduo triturado da parte aérea da mamona. Os resíduos de mamona foram aplicados em cobertura mensalmente. O efeito nematicida da mamona não ficou evidente. Não houve diferença significativa entre os tratamentos para a massa fresca e seca da raiz, comprimento total e do maior volume da raiz, número de galhas e massa de ovos. ... Mostrar Tudo |
|
Palavras-Chave: |
Fitossanidade; Malpighia sp; Manejo orgânico. |
|
Thesagro: |
Acerola; Fruta Tropical. |
|
Categoria do assunto: |
-- |
|
Marc: |
LEADER 02448naa a2200205 a 4500
001 1654777
005 2008-03-07
008 2007 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aLUQUINE, L. S.
245 $aAvaliação do efeito de resíduos de mamona em mudas de aceroleira infestadas pelo nematóide-das-galhas.
260 $c2007
520 $aA utilização de resíduos de mamona tem sido relacionada à redução da população de fitonematóides, bem como ao melhor desenvolvimento da planta. O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de resíduos de mamona em mudas de aceroleira infestadas por Meloidogyne sp. O experimento foi realizado em casa de vegetação, na Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical, Cruz das Almas, BA, de setembro de 2006 a maio de 2007. Foram utilizadas mudas de acerolaira da variedade Rubra, obtidas por miniestaquia, plantadas em vasos contendo solo e areia esterilizados na proporção, em volume, de 1:1. A inoculação com Meloidogyne sp. foi feita quando as plantas apresentaram, em média, 22 folhas e altura de 33cm, sendo inoculados 800 indivíduos (J2) por vaso, exceto na parcela testemunha. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, com cinco tratamentos e sete repetições: T1- testemunha absoluta (sem inóculo e sem a aplicação de resíduos); T2- testemunha relativa (sem aplicação de resíduo e com inóculo); T3- aplicação de 6g de farelo de mamona; T4- aplicação de 6g do resíduo triturado da parte aérea da mamona; T5- aplicação de 3g de farelo de mamona + 3g do resíduo triturado da parte aérea da mamona. Os resíduos de mamona foram aplicados em cobertura mensalmente. O efeito nematicida da mamona não ficou evidente. Não houve diferença significativa entre os tratamentos para a massa fresca e seca da raiz, comprimento total e do maior volume da raiz, número de galhas e massa de ovos. Para os parâmetros vegetativos como altura, número de folhas, massa aérea fresca e seca das plantas tratadas com farelo de mamona, houve diferença significativa devido a seu efeito fertilizante.
650 $aAcerola
650 $aFruta Tropical
653 $aFitossanidade
653 $aMalpighia sp
653 $aManejo orgânico
700 1 $aRITZINGER, R.
700 1 $aRITZINGER, C. H. S. P.
773 $tIn: SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 4., 2007, Cruz das Almas. [Resumos...]. Cruz das Almas: Embrapa Mandioca e Fruticultura Tropical: Fapesb, 2007. p. 33.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
|
|
Nenhum exemplar cadastrado para este documento. |
Fechar
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
