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BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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1.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F.; COUTINHO, T. Using genomic signature to detect cases of coevolution in viral/host systems - the Poxviridae family. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster D15.

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2.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F.; HONGO, J. KOMODO2 - Large-scale genomic inference. In: INTERNATIONAL SOCIETY FOR COMPUTATIONAL BIOLOGY LATIN AMERICA X-MEETING ON BIOINFORMATICS, 3., THE BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS; SOIBIO, 2014, Belo Horizonte. Program... [S.l.]: International Society for Computational Biology, 2014. Não paginado. ISCB-Latin America 2014. Pôster D16.

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3.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, R.; LOBO, F. P. Use of an enrichment analysis strategy to detect potential new drug targets in fungal genomes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING 2011.

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4.Imagem marcado/desmarcadoCASTRO, G. M. de; LOBO, F. P. Busca computacional por grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em Alphaherpesvirinae. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 8., 2012, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 167-170.

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5.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; LOBO, F. P. Desenvolvimento de software para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 7., 2011, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. p. 28-31.

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6.Imagem marcado/desmarcadoVELLOZO, A.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. A new BLAST-based Gbrowse plugin. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.

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7.Imagem marcado/desmarcadoSANTOS, E. M. dos; LOBO, F. P. Montagem do genoma de Spathaspora arborariae, uma levedura fermentadora de xilose, para a produção de biocombustíveis. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 8., 2012, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 171-174.

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8.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; LOBO, F. P. POTION: um software paralelizado para a detecção de grupos de genes homólogos sob evidência de seleção positiva em escala genômica. In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 8., 2012, Campinas. Resumos... Brasília, DF: Embrapa, 2012. p. 163-166.

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9.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; LOBO, F. P. POTION. Versão 1.0.1. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2014. 1 CD-ROM.

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10.Imagem marcado/desmarcadoYAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F. P.; VELLOZO, A. F. Blast.pm. Versão 0.01. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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11.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P. Development of a computational pipeline to detect positive selection. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. 1 pôster. PAG 2012. P1007.

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12.Imagem marcado/desmarcadoAGUIRRE, A. de A. R.; LOBO, F. P.; ANDREOTTI, R. Design of the ATAQ peptide and its evaluation as an immunogen to develop a Rhipicephalus vaccine. Veterinary Parasitology, v. 221, p. 30-38, 2016

Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte.

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13.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. P.; RODRIGUES, M. R.; FRANCO, G. M. Expanding enrichment analysis to the evolutionary space: development and validation of Kegg Orthology enrichMent - Online DetectiOn (KOMODO) to detect biased distribution of enzymatic activities in monophyletic taxa. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. 1 pôster. PAG 2012. P0992.

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14.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; ZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P. Detecção e análise bioinformática de genes sob evidência de seleção positiva em genomas de parasitos. In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. p. 1-10. CIIC 2012. No 12612.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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15.Imagem marcado/desmarcadoCASTRO, G. M. de; HONGO, J. A.; LOBO, F. P. Positive selection in homologous genes of Alphaherpesviruses. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital.

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16.Imagem marcado/desmarcadoBONNET, B. R. P.; FERREIRA, L. G.; LOBO, F. C. Relações entre qualidade da água e uso do solo em Goiás: uma análise à escala da bacia hidrográfica. Revista Árvore, Viçosa, v. 32, n. 2, p. 311-322, mar./abr. 2008.

Biblioteca(s): Embrapa Florestas.

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17.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. de A.; ORTÍZ, C. E. R.; LUCENA, I. C. de; ARDUIN, M. Efeito da irrigação e da ontogenia sobre a estimativa da área foliar de Hancornia speciosa Gómez (Mangabeira). Revista Brasileira de Fruticultura, Jaboticabal, v. 32, n. 3, p. 754-762, set. 2010. Também disponível em:.

Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.

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18.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. A.; OLIVA, M. A.; RESENDE, M.; LOPES, N. F.; MAESTRI, M. Infrared thermometry to schedule irrigation of common bean. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 39, n. 2, p. 113-121, fev. 2004.

Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Unidades Centrais.

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19.Imagem marcado/desmarcadoSILVA, F. R. da; NODA, R. W.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.; CARNEIRO, N. P. Counting RNAseq reads: which way is better? In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado. Pôster N101.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Milho e Sorgo.

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20.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; CASTRO, G. de; CINTRA, L.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 11.; BRAZILIAN SYMPOSIUM OF BIOINFORMATICS, 2015, São Paulo. Proceedings... [S.l.]: AB3C, 2015. p. 177. X-meeting 2015.

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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  04/11/2015
Data da última atualização:  22/05/2024
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Circulação/Nível:  A - 1
Autoria:  HONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P.
Afiliação:  JORGE A. HONGO; GIOVANNI M. DE CASTRO; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA.
Título:  POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes.
Ano de publicação:  2015
Fonte/Imprenta:  BMC Genomics, London, v. 16, n. 1, 567, Aug. 2015.
DOI:  10.1186/s12864-015-1765-0
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Abstract: Background: Detection of genes evolving under positive Darwinian evolution in genome-scale data is nowadays a prevailing strategy in comparative genomics studies to identify genes potentially involved in adaptation processes. Despite the large number of studies aiming to detect and contextualize such gene sets, there is virtually no software available to perform this task in a general, automatic, large-scale and reliable manner. This certainly occurs due to the computational challenges involved in this task, such as the appropriate modeling of data under analysis, the computation time to perform several of the required steps when dealing with genome-scale data and the highly error-prone nature of the sequence and alignment data structures needed for genome-wide positive selection detection.
Palavras-Chave:  Comparative genomics; Evolução Darwiniana; Positive selection; Potion.
Thesagro:  Fenótipo; Gene; Pesquisa.
Thesaurus NAL:  Genes; Genome; Genomics; Phylogeny.
Categoria do assunto:  X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/132445/1/POTION.PDF
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
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