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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
21/12/2017 |
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Data da última atualização: |
26/12/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
IVAMOTO, S. T.; REIS JÚNIOR, O.; DOMINGUES, D. S.; SANTOS, T. B. dos; OLIVEIRA, F. F. de; POT, D.; LEROY, T.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
Suzana Tiemi Ivamoto, Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular/Centro de Ciências Bioloógicas/Universidade Estadual de Londrina - UEL; Osvaldo Reis Júnior, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Douglas Silva Domingues, Departamento de Botânica/Instituto de Biociências de Rio Claro, Universidade Estadual Paulista - UNESP; Tiago Benedito dos Santos, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; Fernanda Freitas de Oliveira, Laboratório de Biotecnologia Vegetal/Instituto Agronômico do Paraná -IAPAR; David Pot, CIRAD/UMR AGAP; Thierry Leroy, CIRAD/UMR AGAP; Luiz Gonzaga Esteves Vieira, Programa de Pós Graduação em Agronomia/Universidade do Oeste Paulista - UNOESTE; Marcelo Falsarella Carazzolle, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Laboratório de Genômica e Expressão/Departamento de Genética/Evolução e Bioagentes/Instituto de Biologia/Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Transcriptome Analysis of Leaves, Flowers and Fruits Perisperm of Coffea arabica L. Reveals the Differential Expression of Genes Involved in Raffinose Biosynthesis. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
PLOS ONE, January 2017. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Coffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the starting point for enhancing our knowledge about the coffee genes that are transcribed during the flowering and initial fruit development stages. MenosCoffea arabica L. is an important crop in several developing countries. Despite its economic importance, minimal transcriptome data are available for fruit tissues, especially during fruit development where several compounds related to coffee quality are produced. To understand the molecular aspects related to coffee fruit and grain development, we report a largescale transcriptome analysis of leaf, flower and perisperm fruit tissue development. Illumina sequencing yielded 41,881,572 high-quality filtered reads. De novo assembly generated 65,364 unigenes with an average length of 1,264 bp. A total of 24,548 unigenes were annotated as protein coding genes, including 12,560 full-length sequences. In the annotation process, we identified nine candidate genes related to the biosynthesis of raffinose family oligossacarides (RFOs). These sugars confer osmoprotection and are accumulated during initial fruit development. Four genes from this pathway had their transcriptional pattern validated by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (qRT-PCR). Furthermore, we identified ~24,000 putative target sites for microRNAs (miRNAs) and 134 putative transcriptionally active transposable elements (TE) sequences in our dataset. This C. arabica transcriptomic atlas provides an important step for identifying candidate genes related to several coffee metabolic pathways, especially those related to fruit chemical composition and therefore beverage quality. Our results are the ... Mostrar Tudo |
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Thesagro: |
Coffea Arábica. |
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Thesaurus Nal: |
Biosynthesis; Knowledge; Raffinose. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/169661/1/Transcriptome-analysis-of-leaves-flowers.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
27/01/2014 |
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Data da última atualização: |
18/03/2015 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
LANDAU, E. C.; SANTOS, G. M. dos; NETTO, D. A. M. |
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Afiliação: |
ELENA CHARLOTTE LANDAU, CNPMS; GABRIELA MURTA DOS SANTOS, BOLSISTA; DEA ALECIA MARTINS NETTO, CNPMS. |
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Título: |
Aumento potencial do plantio de sorgo granífero no Brasil considerando o zoneamento de risco climático. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2013. |
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Páginas: |
32 p. |
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Descrição Física: |
il |
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Série: |
(Embrapa Milho e Sorgo. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 76). |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A cultura de sorgo granífero representa uma alternativa importante, principalmente para a alimentação animal, mas também para a alimentação humana. Por ser tolerante a condições de estresse hídrico, permite período maior de cultivo e demanda investimentos relativamente menores que outras culturas, representando uma opção de renda para agricultores situados em diversas regiões do país. O zoneamento de risco climático para a cultura é um programa governamental por meio do qual são indicadas as épocas de plantio com menor risco de perda de safra nos municípios brasileiros edafoclimaticamente aptos para o plantio. O objetivo deste trabalho foi identificar áreas agrícolas com potencial climático para o plantio de sorgo granífero em que não ocorrem plantios da cultura, representando áreas com potencial para expansão desse cereal. As áreas foram estimadas a partir da integração espacial entre mapas dos municípios com aptidão climática para o plantio de sorgo granífero e das áreas municipais plantadas com sorgo granífero, soja e milho no Brasil em 2010. Foi identificado um potencial climático para expansão em 13,5 milhões de hectares. A maior parte dessas áreas concentrou-se nas Regiões Centro-Oeste e oeste dos Estados do Paraná, Minas Gerais e São Paulo, estando 82% dessas áreas adicionais localizadas em municípios em que já foi plantado sorgo nos últimos anos, e a maioria dos 18% restantes, em municípios situados geograficamente próximos aos anteriores. A época com menor risco climático para plantio de sorgo em mais do que 80% dessas áreas adicionais estende-se entre o início de janeiro e o primeiro decêndio de fevereiro. A expansão futura da cultura provavelmente dependerá de incentivos econômicos, solução de gargalos técnicos e logísticos nas áreas identificadas. MenosA cultura de sorgo granífero representa uma alternativa importante, principalmente para a alimentação animal, mas também para a alimentação humana. Por ser tolerante a condições de estresse hídrico, permite período maior de cultivo e demanda investimentos relativamente menores que outras culturas, representando uma opção de renda para agricultores situados em diversas regiões do país. O zoneamento de risco climático para a cultura é um programa governamental por meio do qual são indicadas as épocas de plantio com menor risco de perda de safra nos municípios brasileiros edafoclimaticamente aptos para o plantio. O objetivo deste trabalho foi identificar áreas agrícolas com potencial climático para o plantio de sorgo granífero em que não ocorrem plantios da cultura, representando áreas com potencial para expansão desse cereal. As áreas foram estimadas a partir da integração espacial entre mapas dos municípios com aptidão climática para o plantio de sorgo granífero e das áreas municipais plantadas com sorgo granífero, soja e milho no Brasil em 2010. Foi identificado um potencial climático para expansão em 13,5 milhões de hectares. A maior parte dessas áreas concentrou-se nas Regiões Centro-Oeste e oeste dos Estados do Paraná, Minas Gerais e São Paulo, estando 82% dessas áreas adicionais localizadas em municípios em que já foi plantado sorgo nos últimos anos, e a maioria dos 18% restantes, em municípios situados geograficamente próximos aos anteriores. A época com menor risco cli... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Geoprocessamento. |
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Thesagro: |
Aptidão climática; Época de plantio; Sorghum bicolor. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/95879/1/bol-76.pdf
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Marc: |
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520 $aA cultura de sorgo granífero representa uma alternativa importante, principalmente para a alimentação animal, mas também para a alimentação humana. Por ser tolerante a condições de estresse hídrico, permite período maior de cultivo e demanda investimentos relativamente menores que outras culturas, representando uma opção de renda para agricultores situados em diversas regiões do país. O zoneamento de risco climático para a cultura é um programa governamental por meio do qual são indicadas as épocas de plantio com menor risco de perda de safra nos municípios brasileiros edafoclimaticamente aptos para o plantio. O objetivo deste trabalho foi identificar áreas agrícolas com potencial climático para o plantio de sorgo granífero em que não ocorrem plantios da cultura, representando áreas com potencial para expansão desse cereal. As áreas foram estimadas a partir da integração espacial entre mapas dos municípios com aptidão climática para o plantio de sorgo granífero e das áreas municipais plantadas com sorgo granífero, soja e milho no Brasil em 2010. Foi identificado um potencial climático para expansão em 13,5 milhões de hectares. A maior parte dessas áreas concentrou-se nas Regiões Centro-Oeste e oeste dos Estados do Paraná, Minas Gerais e São Paulo, estando 82% dessas áreas adicionais localizadas em municípios em que já foi plantado sorgo nos últimos anos, e a maioria dos 18% restantes, em municípios situados geograficamente próximos aos anteriores. A época com menor risco climático para plantio de sorgo em mais do que 80% dessas áreas adicionais estende-se entre o início de janeiro e o primeiro decêndio de fevereiro. A expansão futura da cultura provavelmente dependerá de incentivos econômicos, solução de gargalos técnicos e logísticos nas áreas identificadas.
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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