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| Registros recuperados : 132 | |
| 81. |  | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 82. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Detection of copy number variations in nelore beef cattle with high-density SNP genotyping data. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 22., 2014, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2014. Não paginado. P553.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 83. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 84. | | VILLELA, L. C. V.; ALVES, A.; VARELA, E. S.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; SILVA, N. M. A. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Sequenciamento, montagem de novo e anotação do mitogenoma de Pseudoplatystoma reticulatum (Eigenmman & Eigenmman). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016. p. 104.| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 87. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. de A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília. Anais... Brasília: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 88. | | GIACHETTO, P. F.; HERAI, R. H.; NICIURA, S. C. M.; DODE, M. A. N.; REGITANO, L. C. A.; YAMAGISHI, M. E. B. Transcritos quiméricos em bovinos. In: SIMPÓSIO SOBRE INOVAÇÃO E CRIATIVIDADE CIENTÍFICA NA EMBRAPA, 2., 2010, Brasília, DF. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2010. Não paginado. Pôster 77.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 89. | | SOUZA, M. I. F.; VISOLI, M. C.; TORRES, T. Z.; OSAWA, C. C.; SILVA, A. R. da; GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; FALCAO, P. R. K. Catalogação de datasets ômicos no Repositório de Dados de Pesquisa da Embrapa. Revista Brasileira de Biblioteconomia e Documentação, v. 18, p. 1-28, 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 90. | | DITA, M.; HERAI, R.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, G. F. da; SOUZA JUNIOR, M. T.; GIACHETTO, P. F.; WAALWIJK, C.; KEMA, G. Comparative transcriptome analyses of Fusarium oysporum f. sp. cubense. Phytopathology, v. 101, n. 6, Supplement, p. S43, 2011. Trabalhos apresentados no: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, Hawaii, August 6–10, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 92. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G. B.; SOUZA, M.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analyses and genome assembly of fusarium oxysporum f. sp. cubense. Acta Horticulturae, n. 986, p. 165-168, 2013. 4p. Trabalho apresentado no ISHS - ProMusa Symposium on Bananas and Plantains: Towards Sustainable Global Production and Improved Uses.| Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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| 93. | | RODRIGUEZ, M. A. D.; HERAI, R.; WAALWIJK, C.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.; FERREIRA, G.; SOUZA JUNIOR, M. T.; KEMA, G. H. J. Comparative transcriptome analysis and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. In: ISHS / PROMUSA SYMPOSIUM, 2011, Salvador, BH. Bananas and plantains: toward sustainable global production and improved uses: program and abstracts. Leuven: ISHS, 2011. p. 58| Biblioteca(s): Embrapa Agroenergia. |
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| 94. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Applications of bioinformatics in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (ed.). Digital agriculture: research, development and innovation in production chains. Brasília, DF: Embrapa, 2023. cap. 10, p. 179-194.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 95. | | ZERLOTINI NETO, A.; NHANI JÚNIOR, A.; VIEIRA, F. D.; CINTRA, L. C.; MUDADU, M. de A.; FALCÃO, P. R. K.; GIACHETTO, P. F. Aplicações da bioinformática na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; OLIVEIRA, S. R. de M.; MEIRA, C. A. A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; BOLFE, E. L. (Ed.). Agricultura digital: pesquisa, desenvolvimento e inovação nas cadeias produtivas. Brasília, DF: Embrapa, 2020. cap. 10, p. 234-257.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 96. | | DABBAS, K. M.; LAIA, M. L. de; JOVINO, D. F. R.; GIACHETTO, P. F.; MORAES, F. E. de; FERRO, J. A.; FERRO, M. I. T. Avaliação do perfil de expressão gênica em cana-de-açúcar após inoculação com Xanthomonas albilineans utilizando a técnica de macroarranjos de cDNA. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas. Resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2009. Não paginado. CBM 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 97. | | BAMBINI, M. D.; OSAWA, C. C.; SANTOS, A. D. dos; BARBEDO, J. G. A.; VAZ, G. J.; GIACHETTO, P. F.; SPERANZA, E. A.; TELLES, G. A. de S. Contribuição da Embrapa Informática Agropecuária para um Brasil Inovador e competitivo: proteção da propriedade intelectual dos resultados de pesquisa e geração de inovações. In: CONGRESSO DA ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DAS INSTITUIÇÕES DE PESQUISA TECNOLÓGICA E INOVAÇÃO, 7., 2012, Brasília, DF. Tecnologia para um Brasil inovador e competitvo: trabalhos selecionados para apresentação no congresso. Brasília, DF: ABIPTI, 2012. p. 168-178. 1 CD-ROM. ABIPTI 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 98. | | SILVA, M. V. G. B.; OLIVEIRA JUNIOR, G.; REY, F. S. B.; GIACHETTO, P. F.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; FERRAZ, J. B. S. Descriptive analysis of copy number variation regions in a population of dairy Gyr cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Leite. |
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| 99. | | GIACHETTO, P. F.; NHANI JUNIOR, A.; CASTRO, G. M. de; RODRIGUES, V. da S.; GARCIA, M. V.; BARROS, J. C.; ANDREOTTI, R. Differential gene expression in the cattle tick Rhipicephalus microplus fed on resistant and susceptible cattle. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Jacqueline Cavalcanti Barros, Renato Andreotti. PAG 2019. PE0246.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 100. | | GERHARDT, I. R.; GIACHETTO, P. F.; YAMAGISHI, M. E. B.; LOBO, F.; PENCHEL, R. M.; MISSIAGGIA, A. A.; ZERLOTINI, A.; SILVA, F. R. da. RNA-seq analysis of Eucalyptus genotypes that differ in carbon allocation. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2012. Não paginado. 1 Poster. ISMB 2012. Poster G19. Também publicado em: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY, 21.; EUROPEAN CONFERENCE ON COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12., 2013, Berlin. Posters... Berlin: ISCB, 2013. Não paginado....| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| Registros recuperados : 132 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Café. |
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Data corrente: |
22/06/2021 |
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Data da última atualização: |
23/06/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
GUIMARÃES, P. S.; SCHENK, J. C. M.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; SILVAROLLA, M. B.; PADILHA, L.; MALUF, M. P. |
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Afiliação: |
PAULA SOUZA GUIMARÃES, IAC; JULIANA CAMARGO MARTINATI SCHENK, IAC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; MARIA BERNADETE SILVAROLLA, IAC; LILIAN PADILHA, CNPCa; MIRIAN PEREZ MALUF, CNPCa. |
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Título: |
Large-scale prospection of genes on caffeine-free Coffea arabica plants - discovery of novel markers associated with development and secondary metabolism. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Gene, v. 27, p. 1-9, Sept. 2021. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.plgene.2021.100314 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 100314. |
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Conteúdo: |
Abstract. Differential gene expression profiles and metabolic networks are valuable tools for the genetic characterization of agronomic traits. In this study, we used large-scale expression analyses to identify modified biological processes in caffeine-free coffee plants. The first step was the large-scale sequencing of RNA from young and developing tissues of caffeine-free plants (AC1) and plants with normal concentrations of the compound (MN). The resulting 65,000 sequences were analyzed in silico for identification of 171 genes with differential expression between treatments, and establishment of metabolic networks associated with levels of caffeine. Few genes were mapped onto metabolic pathways, indicating that low caffeine has no major effects on physiological processes. The differential expression observed in silico was validated for 12 selected genes in field experiments using qPCR. The expression profile of 5 genes differed on the analyses, and the rest confirmed the in silico profile. Among the validated genes two of them, FIG and LSM-l, may control other agronomic traits associated with low caffeine content in coffee tissues. These genes are potential markers for use in association with other current markers for assisted selection of low-caffeine coffee. Therefore, they may improve the efficiency and effectiveness of coffee breeding programs. |
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Palavras-Chave: |
Assisted-selection; Caffeine-free plants; Coffee; Differential expression; Expressão gênica; RNAseq; Seleção assistida. |
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Thesagro: |
Café Descafeinado; Cafeína; Coffea Arábica. |
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Thesaurus NAL: |
Caffeine; Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
LEADER 02480naa a2200361 a 4500
001 2132519
005 2021-06-23
008 2021 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.plgene.2021.100314$2DOI
100 1 $aGUIMARÃES, P. S.
245 $aLarge-scale prospection of genes on caffeine-free Coffea arabica plants - discovery of novel markers associated with development and secondary metabolism.$h[electronic resource]
260 $c2021
500 $aArticle 100314.
520 $aAbstract. Differential gene expression profiles and metabolic networks are valuable tools for the genetic characterization of agronomic traits. In this study, we used large-scale expression analyses to identify modified biological processes in caffeine-free coffee plants. The first step was the large-scale sequencing of RNA from young and developing tissues of caffeine-free plants (AC1) and plants with normal concentrations of the compound (MN). The resulting 65,000 sequences were analyzed in silico for identification of 171 genes with differential expression between treatments, and establishment of metabolic networks associated with levels of caffeine. Few genes were mapped onto metabolic pathways, indicating that low caffeine has no major effects on physiological processes. The differential expression observed in silico was validated for 12 selected genes in field experiments using qPCR. The expression profile of 5 genes differed on the analyses, and the rest confirmed the in silico profile. Among the validated genes two of them, FIG and LSM-l, may control other agronomic traits associated with low caffeine content in coffee tissues. These genes are potential markers for use in association with other current markers for assisted selection of low-caffeine coffee. Therefore, they may improve the efficiency and effectiveness of coffee breeding programs.
650 $aCaffeine
650 $aGene expression
650 $aCafé Descafeinado
650 $aCafeína
650 $aCoffea Arábica
653 $aAssisted-selection
653 $aCaffeine-free plants
653 $aCoffee
653 $aDifferential expression
653 $aExpressão gênica
653 $aRNAseq
653 $aSeleção assistida
700 1 $aSCHENK, J. C. M.
700 1 $aCINTRA, L. C.
700 1 $aGIACHETTO, P. F.
700 1 $aSILVAROLLA, M. B.
700 1 $aPADILHA, L.
700 1 $aMALUF, M. P.
773 $tPlant Gene$gv. 27, p. 1-9, Sept. 2021.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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