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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
05/12/2008 |
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Data da última atualização: |
24/05/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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Autoria: |
ABREU, A. de F. B.; DEL PELOS, M. J.; RAMALHO, M. A. P.; CARNEIRO, J. E. de S.; PAULA JUNIOR, T. J. de; PEREIRA, H. S.; MELO, L. C.; FARIA, L. C. de; COSTA, J. G. C. da; MARTINS, M.; PEREIRA FILHO, I. A.; SANTOS, J. B. dos; FARIA, J. C. de; BARROS, E. G. de; MOREIRA, M. A. |
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Afiliação: |
Ângela de Fátima Barbosa Abreu, CNPAF; Maria José Del Peloso, CNPAF; Magno Antonio Patto Ramalho, Universidade Federal de Lavras; José Eustáquio de Souza Carneiro, Universidade Federal de Viçosa MG; Trazilbo José de Paula Júnior, Epamig; Helton Santos Pereira, CNPAF; Leonardo Cunha Melo, CNPAF; Luis Cláudio de Faria, CNPAF; Joaquim Geraldo Cáprio da Costa, CNPAF; Maurício Martins, Universidade Federal de Uberlândia; ISRAEL ALEXANDRE PEREIRA FILHO, CNPMS; João Bosco dos Santos, Universidade Federal de Lavras; Josias Corrêa de Faria, CNPAF; Everaldo Gonçalves de Barros, Universidade Federal de Viçosa MG; Maurílio Alves Moreira, Universidade Federal de Viçosa MG. |
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Título: |
BRS 7762 Supremo: cultivar de feijão comum de grão preto e porte ereto para o Estado de Minas Gerais. |
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Ano de publicação: |
2008 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO NACIONAL DE PESQUISA DE FEIJÃO, 9., 2008, Campinas. Ciência e tecnologia na cadeia produtiva do feijão. Campinas: Instituto Agronômico, 2008. p. 588-590. |
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Idioma: |
Português |
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Thesagro: |
Feijão; Variedade. |
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Thesaurus Nal: |
Varieties. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/55887/1/brs-7762.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
07/12/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
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Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
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Thesaurus NAL: |
Genome; linkage disequilibrium. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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700 1 $aGARCIA, J. F.
700 1 $aFONSECA, R. da
700 1 $aSILVA, M. V. G. B.
773 $tBMC Genomics$gv. 17, article 705, 2016.
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Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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