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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
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Data corrente: |
12/12/2018 |
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Data da última atualização: |
12/12/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PERIPOLLI, E.; METZGER, J.; LEMOS, M. V. A. de; STAFUZZA, N. B.; KLUSKA, S.; OLIVIERI, B. F.; FEITOSA, F. L. B.; BERTON, M. P.; LOPES, F. B.; MUNARI, D. P.; LOBO, R. B.; MAGNABOSCO, C. de U.; DI CROCE, F.; OSTERSTOCK, J.; DENISE, S.; PEREIRA, A. S. C.; BALDI, F. |
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Afiliação: |
ELISA PERIPOLLI, UNESP; JULIA METZGER, University of Veterinary Medicine Hannover; MARCOS VINICIUS ANTUNES DE LEMOS, UNESP; NEDENIA BONVINOSTAFUZZA, UNESP; SABRINA KLUSKA, UNESP; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOUISE BRAGA FEITOSA, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; FERNANDO BRITO LOPES, UNESP; DANISIO PRADO MUNARI, UNESP; RAYSILDO BARBOSA LOBO, Associação Nacional de Criadores e Pesquisadores; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; FERNANDO DI CROCE, Zoetis; JASON OSTERSTOCK, Zoetis; SUE DENISE, Zoetis; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; FERNANDO BALDI, UNESP. |
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Título: |
Autozygosity islands and ROH patterns in Nellore lineages: evidence of selection for functionally important traits. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 19, 680, 2018. |
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DOI: |
https://dx.doi.org/10.1186%2Fs12864-018-5060-8 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pregnancy-associated glycoproteins genes (GO:0030163), and organism growth (GO:0040014) were described within the autozygotic islands. Conclusions Low FPED-FROH correlation estimates indicate that FPED is not the most suitable method for capturing ancient inbreeding when the pedigree does not extend back many generations and FROH should be used instead. Enriched terms (p < 0.01) suggest a strong selection for immune response. Non-overlapping islands within the lineages greatly explain the mechanism underlying selection for functionally important traits in Nellore cattle. MenosAbstract Background The aim of this study was to assess genome-wide autozygosity in a Nellore cattle population and to characterize ROH patterns and autozygosity islands that may have occurred due to selection within its lineages. It attempts also to compare estimates of inbreeding calculated from ROH (FROH), genomic relationship matrix (FGRM), and pedigree-based coefficient (FPED). Results The average number of ROH per animal was 55.15 ± 13.01 with an average size of 3.24 Mb. The Nellore genome is composed mostly by a high number of shorter segments accounting for 78% of all ROH, although the proportion of the genome covered by them was relatively small. The genome autozygosity proportion indicates moderate to high inbreeding levels for classical standards, with an average value of 7.15% (178.70 Mb). The average of FPED and FROH, and their correlations (− 0.05 to 0.26) were low. Estimates of correlation between FGRM-FPED was zero, while the correlation (− 0.01 to − 0.07) between FGRM-FROH decreased as a function of ROH length, except for FROH > 8Mb (− 0.03). Overall, inbreeding coefficients were not high for the genotyped animals. Autozygosity islands were evident across the genome (n = 62) and their genomic location did not largely differ within lineages. Enriched terms (p < 0.01) associated with defense response to bacteria (GO:0042742), immune complex reaction (GO:0045647), pr... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Padroes ROH. |
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Thesagro: |
Endogamia; Gado Nelore; Genética Animal; Genoma. |
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Thesaurus Nal: |
Homozygosity. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/188276/1/12864-2018-Article-5060-APAGAR.pdf
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Marc: |
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005 2018-12-12
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| Registros recuperados : 20 | |
| 2. |  | OLIVEIRA, S. O. D.; ALLAM, T. D.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. Avaliação de formulações do fungo Beauveria bassiana para controle do pulgão Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae) em algodoeiro. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 250). ID 571.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 3. | | MELLO, S. C. M.; FRAZÃO, H. S.; SILVA, J. B. T. Capacidade germinativa e infectiva de isolados de Dicyma pulvinata antagônicos a Microcyclus ulei mantidos em coleção de cultura. Agrociencia, Montevideo, v. 9, n. 1-2, p. 421-426, 2005. Apresentado no: SIMPOSIO DE RECURSOS GENÉTICOS PARA AMÉRICA LATINA Y EL CARIBE, SIRGEALC, 5., 2005, Montevideo, Uruguay.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 4. | | MOREIRA, M. A.; MAGALHAES, B. P.; VICENTINI, S.; BARRETO, M. F. P.; FRAZAO, H. S. Efeito do fungo Metarhizium flavoviride sobre Stiphra robusta (Orthoptera: Proscopiidae) em condicoes de campo. In: SIMPOSIO DE CONTROLE BIOLOGICO, 5., 1996, Foz do Iguacu, PR. Anais: sessao de posters. Londrina: EMBRAPA-CNPSO, 1996. p.265.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | SOUZA, J. F.; MARTINS, I.; FRAZÃO, H. S.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TIGANO, M. S. Isolamento de fungos entomopatogênicos em culturas infectadas por nematóides das galhas no Distrito Federal. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 144.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 6. | | SOUZA, J. F.; MARTINS, I.; FRAZÃO, H. S.; CARNEIRO, R. M. D. G.; TIGANO, M. S. Fungos entomopatogênicos isolados a partir de culturas infectadas por nematóides das galhas no Distrito Federal. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 250).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 7. | | ALLAM, T. D.; OLIVEIRA, S. O. D.; SOUZA, J. R. P.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. Eficiência de isolados de Beauveria bassiana no controle de Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae) em pepino. In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 250). ID 572.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 9. | | OLIVEIRA, S. O. D.; ALLAM, T. D.; SOUZA, R. E. T.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; SUJII, E. R.; FARIA, M. R.; SCHIMIDT, F. G. V. Atividade inseticida de óleo vegetal emulsionável sobre Aphis gossypii (Hemiptera: aphididae). In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 104.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 10. | | CASTRO, C. S. P. de; SANTANA, E. F.; CHAVES, F. M. S.; FRAZÃO, H. S.; LIMA, L. H. C.; BRITO, M. A. V. P.; COUTINHO, M. V. Diagnósticos de coleções microbianas de trabalho da Embrapa com relação a modelo de gestão. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 11. | | CASTRO, C. S. P. de; SANTANA, E. F.; CHAVES, F. M. S.; FRAZÃO, H. S.; SILVA, K. M.; LIMA, L. H. C.; COUTINHO, M. V. Diagnósticos de núcleos de conservação animal da Embrapa com relação a requisitos de qualidade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS, 4., 2016, Curitiba. Recursos genéticos no Brasil: a base para o desenvolvimento sustentável: anais. Brasília, DF: Sociedade Brasileira de Recursos Genéticos, 2016.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 12. | | FRAZÃO, H. S.; CASTRO, C. S. P.; BOTELHO, L. P.; COUTINHO, M. V.; AMARAL, Z. P. S.; MARTINS, N. F.; SANTANA, E. F.; DIAS, J. M. C. S. Evolução da implantação das normas BPL e NBR ISO/IEC 17.025 na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENCONTRO NACIONAL DE MÉTODOS DE LABORATÓRIOS, 12., 2007, Porto Velho. Metodologias, ensaios e tecnologias para a agricultura tropical do futuro: anais. Rio Branco: Embrapa Acre, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 13. | | BOTELHO, L. P.; FRAZÃO, H. S.; CASTRO, C. S. P.; COUTINHO, M. V.; AMARAL, Z. P. S.; MARTINS, N. F.; SANTANA, E. F.; DIAS, J. M. C. S. Evolução do programa 5S como ferramenta para implantação do sistema da qualidade da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENCONTRO NACIONAL DE MÉTODOS DE LABORATÓRIOS, 12., 2007, Porto Velho. Metodologias, ensaios e tecnologias para a agricultura tropical do futuro: anais. Rio Branco: Embrapa Acre, 2007.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 14. | | GALIZA, V. S.; CASTRO, C. S. P.; COUTINHO, M. V.; FRAZÃO, H. S.; MARTINS, N. F.; SANTANA, E. F.; AMARAL, Z. P. S. Evolução das atividades de apoio no sistema de qualidade na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In : ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 12., 2007, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. p. 238.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 15. | | GALIZA, V. S.; CASTRO, C. S. P.; COUTINHO, M. V.; FRAZÃO, H. S.; MARQUES, A. S. A.; SANTANA, E. F.; AMARAL, Z. P. S. O estagiário e a implantação do sistema de qualidade na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 249.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 16. | | FRAZÃO, H. S.; COUTINHO, M. V.; AMARAL, Z. P. S.; CASTRO, C. S. P.; MARQUES, A. S. A.; SANTANA, E. F. Manual da qualidade da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia: elaboração, verificação e aprovação. In: ENCONTRO NACIONAL SOBRE METODOLOGIAS DE LABORATÓRIO, 11., 2006, Concórdia, SC. Anais... Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2006. 67 p. (Embrapa Suínos e Aves. Documentos, 112). p. 44-45.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 17. | | ALLAM, T. D.; OLIVEIRA, S. O. D.; SOUZA, J. R. P.; SOUZA, J. F.; SOUSA, F. R. S.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. Influência da planta hospedeira na virulência do fungo Beauveria bassiana ao pulgão Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae). In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 250). ID 573.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 18. | | SOUZA, J. F.; SOUZA, J. R. P.; SOUSA, F. R.; SANTOS, G. S.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. Patogenicidade do fungo Beauveria bassiana ao pulgão Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 149.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 19. | | SOUZA, J. R. P.; SOUZA, J. F.; SOUSA, F. R.; SANTOS, P. H. R.; ALLAM, T. D.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. SUJII, E. R. Eficiência de isolados de Beauveria bassiana no controle de Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 11., 2006, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2006. p. 138.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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| 20. | | ALLAM, T. D.; OLIVEIRA, S. O. D.; SOUZA, J. R. P.; SOUZA, J. F.; TORRES, J. B.; SOUSA, F. R.; FRAZÃO, H. S.; MICHEREFF FILHO, M.; FARIA, M. R. Virulência do fungo Beauveria bassiana ao pulgão Aphis gossypii (Hemiptera: Aphididae). In: SIMPÓSIO DE CONTROLE BIOLÓGICO, 10., 2007, Brasília, DF. Inovar para preservar a vida. Resumos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. (Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Documentos, 250). ID 570.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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