|
|
Registros recuperados : 12 | |
1. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; VAZ, R. I.; PIRES, M. P.; ONO, R. K.; FONSECA, R. da. Desenvolvimento de um software-livre para simulação em melhoramento genético animal. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DE ZOOTECNIA, 7.; CONGRESSO NACIONAL DE ZOOTECNIA, 10.; REUNIÃO NACIONAL DE ENSINO DE ZOOTECNIA, 11.; FÓRUM DE ENTIDADES DE ZOOTECNIA, 28.; FÓRUM DE COORDENADORES DE CURSOS DE ZOOTECNIA DAS UNIVERSIDADES BRASILEIRAS, 1., 2005, Campo Grande, MS. Zootec 2005: produção animal e responsabilidade. Campo Grande, MS: ABZ: UEMS: UFMS: CPAP: MAPA, 2005. 1 CD ROM. Biblioteca(s): Embrapa Caprinos e Ovinos. |
| |
3. | | FONSECA, R. da S.; SANTOS, L. G. dos; SOBREIRA, R. R.; MELLO, B. L. B. de; CASTRO, T. F. de; SILVA, W. C. da. Análise da participação e percepção do público em relação ao sistema de Integração Lavoura-Pecuária-Floresta (ILPF) em um evento de capacitação técnica. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE BOVINOCULTURA LEITEIRA, 9., 2023, Viçosa, MG. Anais... Viçosa, MG: Universidade Federal de Viçosa, 2023. p. 531-533. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
4. | | FARAH, M. M.; FORTES, M. R. S.; KELLY, M.; POTO-NETO, L. R.; MEIRA, C. T.; CARREÑO, L. O. D.; FONSECA, R. da; MOORE, S. S. Accuracy of genomic selection predictions for hip height in Brahman cattle using different relationship matrices. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 6, p. 717-726, June, 2018. Título em português: Acurácia da predição genômica para altura do quadril em bovinos Brahman com uso de diferentes matrizes de parentesco. Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
5. | | CAVANI, L.; SILVA, R. M. de O.; CARREÑO, L. O. D.; ONO, R. K.; BERTIPAGLIA, T. S.; FARAH, M. M.; MILLEN, D. D.; FONSECA, R. da. Genetic diversity of Brazilian Brahman cattle by pedigree analysis. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 53, n. 1, p. 74-79, jan. 2018. Título em inglês: Diversidade genética de bovinos Brahman no Brasil por meio da análise de pedigree. Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
6. | | FREITAS, A. W. de P.; ROCHA, F. C.; ZONTA, A.; FAGUNDES, J. L.; FONSECA, R. da; ZONTA, M. C. de M.; MACEDO, F. L. Consumo de nutrientes e desempenho de ovinos alimentados com dietas à base de cana-de-açúcar hidrolisada. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 43, n. 11, p. 1569-1574, nov. 2008. Título em inglês: Nutrient consumption and performance by sheep fed with diets based on hydrolyzed sugarcane. Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
7. | | FONSECA, R. da S.; RODRIGUES, J. A.; SANTOS, L. G. dos; RAIMUNDO, E. G.; PRAVATO, L. G. M.; BRIGHENTI, A. M. Supressão da braquiária em sistema de Integração Lavoura-Pecuária (ILP) com diferentes doses de herbicidas. In: ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 27; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE PÓS GRADUAÇÃO, 23; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA JÚNIOR, 17.; ENCONTRO LATINO AMERICANO DE EXTENSÃO UNIVERSITÁRIA, 3., ENCONTRO LATINO AMERICANO DE INICIAÇÃO A LIVRE DOCÊNCIA, 13., 2023, São José dos Campos. A era digital digital e suas implicações digitais: desafios e contribuições: anais. São José dos Campos: Universidade do Vale do Paraíba, 2023. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
8. | | MACHADO, M. A.; UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; FONSECA, R. da; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; VERNEQUE, R. da S.; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Association Study for Calving Interval in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
9. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A. dos; UTSUNOMIYA, Y. T.; MACHADO, M. A.; VERNEQUE, R. da S.; SÖLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Genome Wide Scan for Age at First Calving in Gyr Dairy Cattle. In: WORLD CONGRESS OF GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver. Proceedings... Champaign: American Society of Animal Science, 2014. 3 p. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
10. | | FONSECA, R. da S.; SANTOS, L. G. dos; MULLER, M. D.; SOBREIRA, R. R.; BARROS, I. de; CASTRO, T. F. de; MELLO, B. L. B. de; MARION, W. H. S. Potencial de neutralização de metano entérico em sistema de Integração Pecuária-Floresta no sul do Espírito Santo. In: SIMPÓSIO MATO-GROSSENSE DE BOVINOCULTURA DE CORTE, 6., 2023, Cuiabá. Sustentabilidade na produção de carne bovina: anais. Cuiabá: Universidade Federal de Mato Grosso, 2023. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
11. | | TOBIAS, R. J.; FORATTO, I. A.; VALLE, J. R. do; DOMINGUES, M. S.; FIDELIS, D. dos S.; HEINRICHS, R.; FIGUEIREDO, P. A. M. de; FONSECA, R. da; LUPATINI, G. C.; OLIVEIRA, P. P. A. Produtividade de forragem na fase de estabelecimento. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 42., 2005, Goiânia. A Produção animal e o foco no agronegócio: anais. Goiânia: SBZ, 2005. 1 CD-ROM. Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
| |
12. | | UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
Registros recuperados : 12 | |
|
|
| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
Data corrente: |
07/12/2016 |
Data da última atualização: |
06/02/2024 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
UTSUNOMIYA, A. T. H.; SANTOS, D. J. A.; BOISON, S. A.; UTSUNOMIYA, Y. T.; MILANESI, M.; BICKHART, D. M.; AJMONE-MARSAN, P.; SOLKNER, J.; GARCIA, J. F.; FONSECA, R. da; SILVA, M. V. G. B. |
Afiliação: |
Adam T. H. Utsunomiya, UNESP; Daniel J. A. Santos, UNESP; Solomon A. Boison, Nofima, Ås, Norway; Yuri T. Utsunomiya, UNESP; Marco Milanesi, UNESP; Derek M. Bickhart, ARS, USDA, Beltsville; Paolo Ajmone-Marsan, Università Cattolica del Sacro Cuore, Piacenza, Italy; Johann Sölkner, BOKU - University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; José F. Garcia, UNESP / IAEA; Ricardo da Fonseca, UNESP; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
Título: |
Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. |
Ano de publicação: |
2016 |
Fonte/Imprenta: |
BMC Genomics, v. 17, article 705, 2016. |
DOI: |
https://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Background- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. |
Palavras-Chave: |
GWAS; Imputation; Misassembly. |
Thesagro: |
Bos Indicus; Bos Taurus. |
Thesaurus NAL: |
Genome; linkage disequilibrium. |
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
Marc: |
LEADER 02353naa a2200337 a 4500 001 2058210 005 2024-02-06 008 2016 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1186/s12864-016-3049-8$2DOI 100 1 $aUTSUNOMIYA, A. T. H. 245 $aRevealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan.$h[electronic resource] 260 $c2016 520 $aBackground- Misassembly signatures, created by shuffling the order of sequences while assembling a genome, can be detected by the unexpected behavior of marker linkage disequilibrium (LD) decay. We developed a heuristic process to identify misassembly signatures, applied it to the bovine reference genome assembly (UMDv3.1) and presented the consequences of misassemblies in two case studies. Results -We identified 2,906 single nucleotide polymorphism (SNP) markers presenting unexpected LD decay behavior in 626 putative misassembled contigs, which comprised less than 1 % of the whole genome. Although this represents a small fraction of the reference sequence, these poorly assembled segments can lead to severe implications to local genome context. For instance, we showed that one of the misassembled regions mapped to the POLL locus, which affected the annotation of positional candidate genes in a GWAS case study for polledness in Nellore (Bos indicus beef cattle). Additionally, we found that poorly performing markers in imputation mapped to putative misassembled regions, and that correction of marker positions based on LD was capable to recover imputation accuracy. Conclusions - This heuristic approach can be useful to cross validate reference assemblies and to filter out markers located at low confidence genomic regions before conducting downstream analyses. 650 $aGenome 650 $alinkage disequilibrium 650 $aBos Indicus 650 $aBos Taurus 653 $aGWAS 653 $aImputation 653 $aMisassembly 700 1 $aSANTOS, D. J. A. 700 1 $aBOISON, S. A. 700 1 $aUTSUNOMIYA, Y. T. 700 1 $aMILANESI, M. 700 1 $aBICKHART, D. M. 700 1 $aAJMONE-MARSAN, P. 700 1 $aSOLKNER, J. 700 1 $aGARCIA, J. F. 700 1 $aFONSECA, R. da 700 1 $aSILVA, M. V. G. B. 773 $tBMC Genomics$gv. 17, article 705, 2016.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|