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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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Data corrente: |
06/03/2023 |
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Data da última atualização: |
01/09/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CASTRO, G. S.; SOUZA, T. F.; SILVA, G. F. da; PEDROSO, R. C. N.; MENEZES, K. S.; SOARES, M. A.; DIAS, G. M.; SANTOS, A. O.; YAMAGISHI, M. E. B.; FARIA, J. V.; JANUÁRIO, A. H.; KOOLEN, H. H. F. |
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Afiliação: |
GLEUCINEI S. CASTRO, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; THIAGO F. SOUSA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO AMAZONAS; GILVAN FERREIRA DA SILVA, CPAA; RITA C. N. PEDROSO, UNIVERSIDADE DE FRANCA; KELLY S. MENEZES, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; MARCOS A. SOARES, UNIVERSIDADE FEDERAL DE MATO GROSSO; GUSTAVO M. DIAS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ABC; ALINE O. SANTOS, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; JÉSSICA V. FARIA, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS; ANA H. JANUÁRIO, UNIVERSIDADE DE FRANCA; HECTOR H. F. KOOLEN, UNIVERSIDADE DO ESTADO DO AMAZONAS. |
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Título: |
Characterization of peptaibols produced by a marine strain of the fungus Trichoderma endophyticum via Mass Spectrometry, genome mining and phylogeny-based prediction. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Metabolites, v. 13, n. 2, 221, Feb. 2023. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3390/metabo13020221 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Abstract. Trichoderma is recognized as a prolific producer of nonribosomal peptides (NRPs) known as peptaibols, which have remarkable biological properties, such as antimicrobial and anticancer activities, as well as the ability to promote systemic resistance in plants against pathogens. In this study, the sequencing of 11-, 14- and 15-res peptaibols produced by a marine strain of Trichoderma isolated from the ascidian Botrylloides giganteus was performed via liquid chromatography coupled to high-resolution tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Identification, based on multilocus phylogeny, revealed that our isolate belongs to the species T. endophyticum, which has never been reported in marine environments. Through genome sequencing and genome mining, 53 biosynthetic gene clusters (BGCs) were identified as being related to bioactive natural products, including two NRP-synthetases: one responsible for the biosynthesis of 11- and 14-res peptaibols, and another for the biosynthesis of 15-res. Substrate prediction, based on phylogeny of the adenylation domains in combination with molecular networking, permitted extensive annotation of the mass spectra related to two new series of 15-res peptaibols, which are referred to herein as "endophytins". The analyses of synteny revealed that the origin of the 15-module peptaibol synthetase is related to 18, 19 and 20-module peptaibol synthetases, and suggests that the loss of modules may be a mechanism used by Trichoderma species for peptaibol diversification. This study demonstrates the importance of combining genome mining techniques, mass spectrometry analysis and molecular networks for the discovery of new natural products. MenosAbstract. Trichoderma is recognized as a prolific producer of nonribosomal peptides (NRPs) known as peptaibols, which have remarkable biological properties, such as antimicrobial and anticancer activities, as well as the ability to promote systemic resistance in plants against pathogens. In this study, the sequencing of 11-, 14- and 15-res peptaibols produced by a marine strain of Trichoderma isolated from the ascidian Botrylloides giganteus was performed via liquid chromatography coupled to high-resolution tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Identification, based on multilocus phylogeny, revealed that our isolate belongs to the species T. endophyticum, which has never been reported in marine environments. Through genome sequencing and genome mining, 53 biosynthetic gene clusters (BGCs) were identified as being related to bioactive natural products, including two NRP-synthetases: one responsible for the biosynthesis of 11- and 14-res peptaibols, and another for the biosynthesis of 15-res. Substrate prediction, based on phylogeny of the adenylation domains in combination with molecular networking, permitted extensive annotation of the mass spectra related to two new series of 15-res peptaibols, which are referred to herein as "endophytins". The analyses of synteny revealed that the origin of the 15-module peptaibol synthetase is related to 18, 19 and 20-module peptaibol synthetases, and suggests that the loss of modules may be a mechanism used by Trichoderma species for pept... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
De novo sequencing; Fungo marinho; Marine fungus; Molecular networking; Nonribosomal peptides; Peptídeos não ribossomais; Rede molecular; Synteny analysis; Tricoderma. |
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Thesagro: |
Peptídeo. |
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Thesaurus Nal: |
Hypocreaceae. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1152102/1/metabolites-13-00221-v2.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Amazônia Ocidental (CPAA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente; Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
29/10/1998 |
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Data da última atualização: |
30/10/1998 |
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Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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Autoria: |
MACHADO, P. L. O. de; FABRICIO, A. C.; PRIMAVESI, A. C.; ROSSO, C. de; FERREIRA, C. J. A.; PRATES, H. T.; FERRAZ, M. R.; ARMELIN, M. J. A.; MIYAZAWA, M.; PRIMAVESI, O.; MENDES, P. J.; FERRACINI, V. L. |
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Afiliação: |
EMBRAPA-CNPMA. |
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Título: |
Agua. |
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Ano de publicação: |
1998 |
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Fonte/Imprenta: |
In: NOGUEIRA, A.R. de A.; MACHADO, P.L.O. de A.; SANTANA do CARMO, C.A.F. de; FERREIRA, J.R., ed. Manual de laboratorio: solo, agua, nutricao vegetal, nutricao animal e alimentos. Sao Carlos: EMBRAPA-CCPSE, 1998. |
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Páginas: |
p.24-31 |
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ISBN: |
85-86764-01-9 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo de amostragem e coletar um volume de agua pequeno o bastante para ser transportado convenientemente e manuseado no laboratorio e que represente, o mais acuradamente possivel, o material coletado. Implica que as proporcoes relativas ou as concentracoes de todos os componentes na amostra correspondam aquelas no material sendo amostrado, e que a amostra seja manuseada de tal forma que nenhuma mudanca significativa em composicao ocorra antes de as determinacoes serem realizadas. Desse modo, deve-se procurar sempre transportar as amostras do local de coleta para o laboratorio em recipientes (caixas de isopor, caixas tecnicas) que protejam as amostras da luz e do aumento de temperatura. Se o tempo necessario para a coleta e o transporte superar algumas horas, o uso de gelo pode ser uma alternativa. Entende-se por material sendo amostrado a agua de abastecimento domestico e industrial, rios lagoas, represas, estuarios, chuva, agua subterranea, solucao de solo (extratores, piezometros), agua de escoamento superficial, agua de irrigacao, agua de refrigeracao, agua de caldeiras ou de alimentacao das mesmas, efluentes de estacoes de tratamento de esgoto domestico e efluentes industriais e de atividades extrativas minerais. Algumas determinacoes devem ser realizadas no campo, como: pH, odor, salinidade, temperatura e oxigenio dissolvido, se medido por potenciometria. Quando isto nao for possivel, procurar executar as determinacaoes imediatamente apos chegar ao laboratorio, com excecao dos dois ultimos parametros. Etiquetar as amostras fornecendo o numero, coletor, data, hora e local de amostragem. Utilizar etiquetas e marcadores resistentes a agua, ao manuseio e a estocagem. Registrar tambem o tipo de amostra, amostrador utilizado e condicoes climatologicas. A quantidade de amostra e funcao das variaveis que serao analisadas, mas o volume de 1,0 L pode ser suficiente para a maioria das determinacoes. Utilizar frascos separados para determinacoes microbiologicas, de pesticidas, de oxigenio dissolvido, fisicas e quimicas. Dentro do grupo das analises quimicas usar frascos plasticos e de vidro quando as variaveis a serem medidas exigirem tal separacao. MenosO objetivo de amostragem e coletar um volume de agua pequeno o bastante para ser transportado convenientemente e manuseado no laboratorio e que represente, o mais acuradamente possivel, o material coletado. Implica que as proporcoes relativas ou as concentracoes de todos os componentes na amostra correspondam aquelas no material sendo amostrado, e que a amostra seja manuseada de tal forma que nenhuma mudanca significativa em composicao ocorra antes de as determinacoes serem realizadas. Desse modo, deve-se procurar sempre transportar as amostras do local de coleta para o laboratorio em recipientes (caixas de isopor, caixas tecnicas) que protejam as amostras da luz e do aumento de temperatura. Se o tempo necessario para a coleta e o transporte superar algumas horas, o uso de gelo pode ser uma alternativa. Entende-se por material sendo amostrado a agua de abastecimento domestico e industrial, rios lagoas, represas, estuarios, chuva, agua subterranea, solucao de solo (extratores, piezometros), agua de escoamento superficial, agua de irrigacao, agua de refrigeracao, agua de caldeiras ou de alimentacao das mesmas, efluentes de estacoes de tratamento de esgoto domestico e efluentes industriais e de atividades extrativas minerais. Algumas determinacoes devem ser realizadas no campo, como: pH, odor, salinidade, temperatura e oxigenio dissolvido, se medido por potenciometria. Quando isto nao for possivel, procurar executar as determinacaoes imediatamente apos chegar ao laboratorio, co... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Amostras; Coleta; Determinacao; Preservacao; Procedimentos; Qualidade de agua. |
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Thesagro: |
Acondicionamento; Água; Amostragem; Análise; Contaminação. |
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Thesaurus NAL: |
sampling; water. |
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Categoria do assunto: |
--
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/46926/1/agua.pdf
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Marc: |
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520 $aO objetivo de amostragem e coletar um volume de agua pequeno o bastante para ser transportado convenientemente e manuseado no laboratorio e que represente, o mais acuradamente possivel, o material coletado. Implica que as proporcoes relativas ou as concentracoes de todos os componentes na amostra correspondam aquelas no material sendo amostrado, e que a amostra seja manuseada de tal forma que nenhuma mudanca significativa em composicao ocorra antes de as determinacoes serem realizadas. Desse modo, deve-se procurar sempre transportar as amostras do local de coleta para o laboratorio em recipientes (caixas de isopor, caixas tecnicas) que protejam as amostras da luz e do aumento de temperatura. Se o tempo necessario para a coleta e o transporte superar algumas horas, o uso de gelo pode ser uma alternativa. Entende-se por material sendo amostrado a agua de abastecimento domestico e industrial, rios lagoas, represas, estuarios, chuva, agua subterranea, solucao de solo (extratores, piezometros), agua de escoamento superficial, agua de irrigacao, agua de refrigeracao, agua de caldeiras ou de alimentacao das mesmas, efluentes de estacoes de tratamento de esgoto domestico e efluentes industriais e de atividades extrativas minerais. Algumas determinacoes devem ser realizadas no campo, como: pH, odor, salinidade, temperatura e oxigenio dissolvido, se medido por potenciometria. Quando isto nao for possivel, procurar executar as determinacaoes imediatamente apos chegar ao laboratorio, com excecao dos dois ultimos parametros. Etiquetar as amostras fornecendo o numero, coletor, data, hora e local de amostragem. Utilizar etiquetas e marcadores resistentes a agua, ao manuseio e a estocagem. Registrar tambem o tipo de amostra, amostrador utilizado e condicoes climatologicas. A quantidade de amostra e funcao das variaveis que serao analisadas, mas o volume de 1,0 L pode ser suficiente para a maioria das determinacoes. Utilizar frascos separados para determinacoes microbiologicas, de pesticidas, de oxigenio dissolvido, fisicas e quimicas. Dentro do grupo das analises quimicas usar frascos plasticos e de vidro quando as variaveis a serem medidas exigirem tal separacao.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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