|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
Data corrente: |
24/01/2008 |
Data da última atualização: |
28/01/2009 |
Tipo da produção científica: |
Monitoramento/Zoneamento |
Autoria: |
HERMES, L. C.; PINTO, N. de O.; COSTA, I. C. da; GORGONIO, K. P.; COSTA, C. B. |
Afiliação: |
Luiz Carlos Hermes, Embrapa Meio Ambiente; Nayara de Oliveira Pinto, Embrapa Meio Ambiente (Bolsista); Isnaldo Cândido da Costa, Agência Executiva de Gestão das Águas do Estado da Paraiba; Kalina Pantoja Gorgônio, Departamento de Recursos Hídricos/Coordenadoria de Desenvolvimento Rural; Cláudio Brandão Costa, Departamento de Recursos Hídricos/Coordenadoria de Desenvolvimento Rural. |
Título: |
Zoneamento sócio-ambiental de comunidades e recursos hídricos: avaliação de fatores de risco - Comunidade Sítio Pedra D'Água - Município Caturité - Paraíba. |
Ano de publicação: |
2007 |
Fonte/Imprenta: |
Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2007. |
Páginas: |
20p. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
São apresentados neste Zoneamento Sócio-Ambiental, os resultados obtidos com relação à caracterização dos usuários das águas, seus aspectos socioeconômicos e a situação de risco de seus domicílios, como elementos de apoio para a construção de mecanismos de gestão sustentável do uso da água dessalinizada, na comunidade Sítio Pedra D?água, do município Caturité do estado da Paraíba. |
Palavras-Chave: |
Zoneamento. |
Thesagro: |
Dessalinização; Qualidade da Água. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 01055nam a2200205 a 4500 001 1015957 005 2009-01-28 008 2007 bl uuuu t 00u1 u #d 100 1 $aHERMES, L. C. 245 $aZoneamento sócio-ambiental de comunidades e recursos hídricos$bavaliação de fatores de risco - Comunidade Sítio Pedra D'Água - Município Caturité - Paraíba. 260 $aJaguariúna: Embrapa Meio Ambiente$c2007 300 $a20p. 520 $aSão apresentados neste Zoneamento Sócio-Ambiental, os resultados obtidos com relação à caracterização dos usuários das águas, seus aspectos socioeconômicos e a situação de risco de seus domicílios, como elementos de apoio para a construção de mecanismos de gestão sustentável do uso da água dessalinizada, na comunidade Sítio Pedra D?água, do município Caturité do estado da Paraíba. 650 $aDessalinização 650 $aQualidade da Água 653 $aZoneamento 700 1 $aPINTO, N. de O. 700 1 $aCOSTA, I. C. da 700 1 $aGORGONIO, K. P. 700 1 $aCOSTA, C. B.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
| Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
04/11/2022 |
Data da última atualização: |
07/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
Thesagro: |
Gado. |
Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
Categoria do assunto: |
-- G Melhoramento Genético |
Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500 001 2148053 005 2022-11-07 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886$2DOI 100 1 $aBRUSCADIN, J. J. 245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource] 260 $c2022 520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. 650 $aCattle 650 $aEpigenetics 650 $aGenomics 650 $aSingle nucleotide polymorphism 650 $aGado 653 $aCis-regulação 653 $aCis-regulation 653 $aData integration 653 $aEpigenética 653 $aExpressão gênica 653 $aGenômica 653 $aIntegração de dados 653 $aPolimorfismos de nucleotídeo único 700 1 $aCARDOSO, T. F. 700 1 $aDINIZ, W. J. da S. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aSOUZA, M. M. de 700 1 $aPETRINI, J. 700 1 $aANDRADE, B. G. N. 700 1 $aSILVA, V. H. da 700 1 $aFERRAZ, J. B. S. 700 1 $aZERLOTINI NETO, A. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|