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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
10/06/2015 |
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Data da última atualização: |
02/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VERARDO, L. L.; SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIAANSEN, J. W. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
UFV; UFV; Universidad de Zaragoza; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Wageningen University; UFV; UFV. |
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Título: |
Bayesian GWAS and network analysis revealed new candidate genes for number of teats in pigs. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 56, n. 1, p. 123-132, Feb. 2015. |
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DOI: |
10.1007/s13353-014-0240-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., development of prolactin receptor signaling, and cell proliferation), captured known regulation binding sites, and provided candidate genes for that trait (e.g., TINAGL1 and ICK). MenosThe genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., developme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Counting data; Inferência Bayesiana; SNP association; Teta de porco; Trato reprodutivo. |
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Thesagro: |
Gene; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
genes; reproductive traits. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| 161. |  | COSTA, S. G. M.; QUERINO, R. B.; RONCHI-TELES, B.; PENTEADO-DIAS, A.M.M.; ZUCCHI, R. A. Parasitoid diversity (Hymenoptera: Braconidae and Figitidae) on frugivorous larvae (Diptera: Tephritidae and Lonchaeidae) at Adolpho Ducke Forest Reserve, Central Amazon Region, Manaus, Brazil. Braz. J. Biol., v. 69, n.2, p. 363-370, 2009| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Roraima. |
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| 163. | | CARNEIRO, R. M. D. G.; COSTA, S. B.; SOUSA, F. R.; MOITA, A. W.; CARNEIRO, R. G. Partial results on integrated management of Meloidogyne paranaensis on coffee using crop rotation, biological control and genetic resistance. In: INTERNATIONAL CONGRESS OF TROPICAL NEMATOLOGY, 2., 2009, Maceió. Abstracts... Maceió: ONTA: SBN, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 164. | | COSTA, S. F.; NOGUEIRA, J. C.; ZANGERONIMO, M. G.; SOARES, B. A.; CHAVES, A. S.; MELO, L. Q. de. Morfologia e histoquímica das glândulas sexuais acessórias de Metachirus nudicaudatus, Didelphidae-Marsupialia. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 36, n. 9, p. 881-892, set. 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 165. | | COSTA, S. I.; CARVALHO, S. F. de; PICOLOTTO, L.; RUTZ, L, N.; FLORES CANTILLANO, R. F.; ANTUNES, L. E. C. Morangos da cultivar monterey armazenados sob refrigeração. In: ENCONTRO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO DA EMBRAPA CLIMA TEMPERADO, 4., 2012, Pelotas. Ciência e inovação para 2050: qual o futuro que queremos? Resumos e palestras... Pelotas: Embrapa Clima Temperado, 2012. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 166. | | CONCEIÇÃO, M. A. F.; SAVINI, T. C.; COSTA, S. M. da; SOUZA, R. T. de; NAVES, R. de L. Poda verde e suspensão da irrigação em videiras 'niágara rosada'. IN: INOVAGRI international Meeting, 3., 2015, Fortaleza. Anais... Fortaleza: INOVAGRI, p. 51-59, 2015.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Uva e Vinho. |
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| 169. | | FARIAS, A. X. de; COSTA, S. D. O. de; ROCHA, E. S. da; CÔRTES, M. V. C. B. de; NASCIMENTO, M. G. F. do; SILVA, F. T. Avaliação das condições higiênico-sanitárias de linha de processamento de leite pasteurizado. In: SIMPÓSIO INTERNACIONAL DE SEGURANÇA MICROBIOLÓGICA DOS ALIMENTOS e SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DE ALIMENTOS, 7., 2002, São Paulo, SP. Programa e resumos. São Paulo, 2002. p. 42.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
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| Biblioteca(s): Embrapa Clima Temperado. |
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| 171. | | BENTES-SOUSA, A. R.; MARTINS JUNIOR, H.; CORREA, R.; COSTA, S. M.; MONTEIRO, T. P. S.; REIS, F. S. S.; BARROS, I. B. A. Avaliação do implante de transponders internos em tambaquis para identificação e monitoramento de reprodutores. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE ENGENHARIA DE PESCA, 17., 2011, Belém, PA. Engenharia de pesca: construindo o desenvolvimento sustentável do setor pesqueiro nacional: [anais]. Belém, PA: AEP: FAEP, 2011.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 180. | | HUNGRIA, L. C. da; BRASIL, E. C.; DANTAS, R. C. R.; EL-HUSNY, J. C.; SILVA JUNIOR, M. L. da; COSTA, S. D. A. da. Ammonium and nitrate in yellow latosol in chronosequence of crops under no-tillage in the Eastern Amazon. In: WORLD CONGRESS OF SOIL SCIENCE, 21., 2018, Rio de Janeiro. Soil science: beyond food and fuel: proceedings. Rio de Janeiro: SBCS, 2018.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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