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1.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C. Instruções para uso do Open Grid Engine no Laboratório Multiusuário de Bioinformática. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2016. 26 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 154).

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2.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C. Computational investigations in eukaryotes genome de novo assembly using short reads. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING 2011.

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3.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C. Sistemas de arquivos distribuídos em apoio ao processamento científico. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2017. 45 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 151).

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4.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C. Uma proposta para a virtualização de servidores utilizando Xen. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. 7 p. il. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado técnico, 111).

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5.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C. Virtualização com o Xen: instalando e configurando o ambiente. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010. 8 p. (Embrapa Informática Agropecuária. Comunicado Técnico, 102).

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6.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; CINTRA, L. C. Análise de dados de RNA-Seq utilizando o Galaxy. Campinas: Embrapa informática Agropecuária, 2016. 36 p. il. (Embrapa informática Agropecuária. Documentos, 149).

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7.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; GONZALEZ, C. A. L. Uso de nuvem pública para computação de alto desempenho. Campinas: Embrapa Agricultura Digital, 2022. 14 p. il. color. (Embrapa Agricultura Digital. Documentos, 188).

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8.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; HONGO, J. A.; LOBO, F. P. Development of a computational pipeline to detect positive selection. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 20., 2012, San Diego. Abstracts... Jersey City: Scherago International, 2012. 1 pôster. PAG 2012. P1007.

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9.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L. Methods, procedures and techniques used in constructing AgroICT. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 15, p. 287-294.

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10.Imagem marcado/desmarcadoCINTRA, L. C.; NAKAI, A. M.; CORREA, J. L. Métodos, procedimentos e técnicas utilizadas na construção de AgroTIC. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 15. p. 293-301.

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11.Imagem marcado/desmarcadoVAZ, G. J.; CORREA, J. L.; CINTRA, L. C.; FERREIRA, D. M.; PIEROZZI JUNIOR, I. Agropedia brasilis. Versão 1.0. Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. 1 CD-ROM.

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12.Imagem marcado/desmarcadoHONGO, J. A.; CASTRO, G. M. de; CINTRA, L. C.; ZERLOTINI, A.; LOBO, F. P. POTION: an end-to-end pipeline for positive Darwinian selection detection in genome-scale data through phylogenetic comparison of protein-coding genes. BMC Genomics, London, v. 16, n. 1, 567, Aug. 2015.

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13.Imagem marcado/desmarcadoNAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A. Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012. Não paginado. X-MEETING 2012.

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14.Imagem marcado/desmarcadoFELTRIM, D.; GUPTA, B.; GUNDIMEDA, S.; KIYOTA, E.; DOMINGUES JÚNIOR, A. P.; CINTRA, L. C.; MAZZAFERA, P. Exposure of Eucalyptus to varied temperature and CO2 has a profound effect on the physiology and expression of genes related to cell wall formation and remodeling. Tree Genetics & Genomes v. 18, n. 1, 3, Feb. 2022.

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15.Imagem marcado/desmarcadoPAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; CAETANO, A. R.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; O'SULLIVAN, F. L. A. Phylogenomic and expression analysis of Colossoma macropomum cyp19a1a and cyp19a1b and their non-classical role in tambaqui sex differentiation. Gene, v. 843, art. 146795, Nov. 2022.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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16.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.

Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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17.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s. n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.

Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura.

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18.Imagem marcado/desmarcadoLOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; VARELA, E. S.; ALVES, A. L.; SILVA, N. M. A. da; IANELLA, P.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R. Genome Sequencing and de novo assembly of the South American Tiger Catfish (Pseudoplatystoma punctifer). In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 24., 2016, San Diego, CA. [Abstracts...]. San Diego: [s.n.], 2016. Não paginado. PAG 2016. Pôster P0481.

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19.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PO0249

Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura.

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20.Imagem marcado/desmarcadoZERLOTINI NETO, A.; LOBO, F. P.; CINTRA, L. C.; YAMAGISHI, M. E. B.; VARELA, E. S.; PAIVA, S. R.; IANELLA, P.; CAETANO, A. R. Genome sequencing and de novo assembly of the South American tiger catfish (Pseudoplatystoma Punctifer) using 10X sequencing data. In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. Na publicação: Adhemar Zerlotini. PAG 2019. PO0249.

Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.

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Registro Completo

Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  28/01/2013
Data da última atualização:  23/01/2020
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  NAGAI, L. A. E.; SILVA, F. R.; CINTRA, L. C.; GIACHETTO, P. F.; ZERLOTINI NETO, A.
Afiliação:  LUÍS AUGUSTO EIJY NAGAI, Estagiário do CNPTIA; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA.
Título:  Using Galaxy to facilitate RNA-Seq analysis.
Ano de publicação:  2012
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 8., 2012, Campinas. Abstract book... Ribeirão Preto: AB3C, 2012.
Páginas:  Não paginado.
Idioma:  Inglês
Notas:  X-MEETING 2012.
Conteúdo:  In this experiment, two RNA-Seq datasets were analyzed in order to evaluate both, the Galaxy platform and the RNA-Seq analysis suite. We were able to observe that such combination of softwares is really effective on allowing two biologists researchers to perform the whole transcriptome analysis through a intuitive web interface.
Palavras-Chave:  Bioinformática; Plataforma Galaxy; Sequenciamento de RNA.
Thesaurus NAL:  Bioinformatics; Computer software; Sequence analysis.
Categoria do assunto:  --
URL:  https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/75401/1/galaxy.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA17150 - 1UPCRA - DD
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