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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
09/11/2021 |
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Data da última atualização: |
09/11/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SOARES, I. C.; PACHECO, R. S.; SILVA, C. G. N. da; SANTOS, R. S.; BALDANI, J. I.; URQUIAGA, S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. |
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Afiliação: |
ISIS CAPELLA SOARES, UFRRJ; RAFAEL SANCHES PACHECO, UFRRJ; CLEUDISON GABRIEL NASCIMENTO DA SILVA, UFLA; RAFAEL SALAZAR SANTOS, UFRRJ; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; SEGUNDO SACRAMENTO U CABALLERO, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB. |
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Título: |
Real-time PCR method to quantify Sp245 strain of Azospirillum baldaniorum on Brachiaria grasses under field conditions. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant and Soil, 06 September 2021 |
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ISSN: |
0032-079X |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11104-021-05137-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Bacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find potential application in field experiments. MenosBacterial quantification by qPCR is considered the gold standard for microbial molecular diagnosis. However, a fundamental pre-requisite in this methodology is the designing of specific primers for the bacterium of interest. With the increase in bacterial genome sequencing data in the recent years, it has become possible to design specific primers that can be used to quantify different strains of the same bacterial species. Methods: To develop a real-time PCR (qPCR) protocol for the specific quantification of Azospirillum baldaniorum Sp245 strain (old Azospirillum brasilense), the Sp245 genome sequence was fragmented into small contigs with 500 base pairs each, and analyzed for similarity against the NCBI non-redundant database. A. baldaniorum-specific contigs were used to design the primers. The best pair of primers was used to quantify these bacteria after inoculation in different cultivars of Brachiaria, grown under field conditions. Results: Our results showed that the primer pair Sp245p10 was highly specific for the Sp245 strain in the Brachiaria root and shoot field under different conditions. The qPCR assay using these primers showed differences among cultivars in the number of bacteria detected in plants after inoculation. Additionally, the number of bacteria observed in the roots was higher than that in the shoots. Conclusion: The qPCR methodology using a Sp245 strain-specific primer may be used to monitor A. baldaniorum inoculated into other plants and may find pot... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Azospirillum baldanioru; Plant growth promoting bacteria; Quantification; Signal grass. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
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Data corrente: |
16/11/2016 |
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Data da última atualização: |
15/02/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SOUZA, F. de F.; NASCIMENTO, T. L. DO; FREITAS, S. T. de; DEON, M. D.; CASTRO, J. M. da C. e. |
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Afiliação: |
FLAVIO DE FRANCA SOUZA, CPATSA; TIAGO L. DO NASCIMENTO; SERGIO TONETTO DE FREITAS, CPATSA; MAGNUS DALLIGNA DEON, CPATSA; JOSE MAURO DA CUNHA E CASTRO, CPATSA. |
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Título: |
Seleção de clones de aceroleira por meio de técnicas multivariadas aplicadas a características físico-químicas de frutos. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 24., 2016, São Luis. Fruticultura: fruteiras nativas e sustentabilidade. São Luis: SBF, 2016. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A aceroleira (Malpighia emarginata DC.) é uma das principais espécies frutíferas cultivadas 9 no Submédio do Vale do São Francisco e representa uma atividade estratégica para pequenos e médios produtores familiares, uma vez que sua produção é bem distribuída ao longo do ano, permitindo até oito colheitas anuais. Desse modo, compreende-se que essa cultura tem destacado valor para o desenvolvimento social, considerando a sua capacidade de geração de empregos e renda. Estima-se que a área plantada com aceroleiras na região ocupe cerca de 1000 ha (SOUZA et al., 2013). As acerolas são excelentes fontes naturais de vitamina C, com teores de ácido ascórbico que podem alcançar mais de 4000 mg.100g-1 de polpa, nos frutos imaturos. Para efeito de comparação, registra-se que, em laranjas, o teor médio de vitamina C é de 60 mg.100g-1 (USDA, 2015). Além disso, a acerola é uma excelente fonte de vitamina A e outras substâncias antioxidantes importantes na prevenção de doenças relacionadas a processos degenerativos. Desde 2012, a Embrapa Semiárido mantém uma coleção de acessos de germoplasma de aceroleira oriundos de diferentes regiões do Brasil e desenvolve um programa de melhoramento, que tem como um de seus alvos a obtenção de clones que produzam acerolas com características organolépticas mais adequadas ao consumo in natura (SOUZA et al., 2013). Neste contexto, a avaliação dos genótipos disponíveis quanto à qualidade dos frutos é fundamental para a seleção de clones promissores. O presente trabalho objetivou selecionar genótipos de aceroleira, utilizando a técnica de agrupamento por variáveis canônicas, baseado em caracteres físico-químicos dos frutos. MenosA aceroleira (Malpighia emarginata DC.) é uma das principais espécies frutíferas cultivadas 9 no Submédio do Vale do São Francisco e representa uma atividade estratégica para pequenos e médios produtores familiares, uma vez que sua produção é bem distribuída ao longo do ano, permitindo até oito colheitas anuais. Desse modo, compreende-se que essa cultura tem destacado valor para o desenvolvimento social, considerando a sua capacidade de geração de empregos e renda. Estima-se que a área plantada com aceroleiras na região ocupe cerca de 1000 ha (SOUZA et al., 2013). As acerolas são excelentes fontes naturais de vitamina C, com teores de ácido ascórbico que podem alcançar mais de 4000 mg.100g-1 de polpa, nos frutos imaturos. Para efeito de comparação, registra-se que, em laranjas, o teor médio de vitamina C é de 60 mg.100g-1 (USDA, 2015). Além disso, a acerola é uma excelente fonte de vitamina A e outras substâncias antioxidantes importantes na prevenção de doenças relacionadas a processos degenerativos. Desde 2012, a Embrapa Semiárido mantém uma coleção de acessos de germoplasma de aceroleira oriundos de diferentes regiões do Brasil e desenvolve um programa de melhoramento, que tem como um de seus alvos a obtenção de clones que produzam acerolas com características organolépticas mais adequadas ao consumo in natura (SOUZA et al., 2013). Neste contexto, a avaliação dos genótipos disponíveis quanto à qualidade dos frutos é fundamental para a seleção de clones promissores. O pres... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Aceroleira; Cultivar; Malpighia emarginata DC; Melhoramento genético. |
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Thesagro: |
Acerola; Variedade. |
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Thesaurus NAL: |
Malpighia. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/150020/1/Flavio.trabalho-1851.pdf
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Marc: |
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260 $aIn: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 24., 2016, São Luis. Fruticultura: fruteiras nativas e sustentabilidade. São Luis: SBF$c2016
520 $aA aceroleira (Malpighia emarginata DC.) é uma das principais espécies frutíferas cultivadas 9 no Submédio do Vale do São Francisco e representa uma atividade estratégica para pequenos e médios produtores familiares, uma vez que sua produção é bem distribuída ao longo do ano, permitindo até oito colheitas anuais. Desse modo, compreende-se que essa cultura tem destacado valor para o desenvolvimento social, considerando a sua capacidade de geração de empregos e renda. Estima-se que a área plantada com aceroleiras na região ocupe cerca de 1000 ha (SOUZA et al., 2013). As acerolas são excelentes fontes naturais de vitamina C, com teores de ácido ascórbico que podem alcançar mais de 4000 mg.100g-1 de polpa, nos frutos imaturos. Para efeito de comparação, registra-se que, em laranjas, o teor médio de vitamina C é de 60 mg.100g-1 (USDA, 2015). Além disso, a acerola é uma excelente fonte de vitamina A e outras substâncias antioxidantes importantes na prevenção de doenças relacionadas a processos degenerativos. Desde 2012, a Embrapa Semiárido mantém uma coleção de acessos de germoplasma de aceroleira oriundos de diferentes regiões do Brasil e desenvolve um programa de melhoramento, que tem como um de seus alvos a obtenção de clones que produzam acerolas com características organolépticas mais adequadas ao consumo in natura (SOUZA et al., 2013). Neste contexto, a avaliação dos genótipos disponíveis quanto à qualidade dos frutos é fundamental para a seleção de clones promissores. O presente trabalho objetivou selecionar genótipos de aceroleira, utilizando a técnica de agrupamento por variáveis canônicas, baseado em caracteres físico-químicos dos frutos.
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653 $aCultivar
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700 1 $aFREITAS, S. T. de
700 1 $aDEON, M. D.
700 1 $aCASTRO, J. M. da C. e
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Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
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