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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
19/02/2013 |
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Data da última atualização: |
06/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
PETROLI, C. D.; SANSALONI, C. P; CARLING, J.; STEANE, D. A.; VAILLANCOURT, R. E.; MYBURG, A. M.; SILVA JUNIOR, O. B. da; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KILIAN, A.; GRATTAPAGLIA, D. |
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Afiliação: |
CESAR D. PETROLI, UnB; CAROLINA P. SANSALONI, UnB; JASON CARLING, Diversity Arrays Technology Pty Ltd., Yarralumla, Australia; DOROTHY A. STEANE, University of Tasmania, Hobart, Tasmania, Australia; RENE E. VAILLANCOURT, University of Tasmania, Hobart, Tasmania, Australia; ALEXANDER A. MYBURG, University of Pretoria, Pretoria, South Africa; ORZENIL BONFIM DA SILVA JUNIOR, CENARGEN; GEORGIOS JOANNIS PAPPAS JUNIOR, CENARGEN; ANDRZEJ KILIAN, Diversity Arrays Technology Pty Ltd., Yarralumla, Australia; DARIO GRATTAPAGLIA, CENARGEN. |
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Título: |
Genomic characterization of DArT markers based on high-density linkage analysis and physical mapping to the Eucalyptus genome. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 7, n. 9, set. 2012. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Diversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, cost-effective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with improved support for ordering, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 main Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. These comprehensive linkage-to-physical mapping analyses provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in plant genomes in general and for Eucalyptus in particular. DArT markers preferentially target the gene space and display a largely homogeneous distribution across the genome, thereby providing superb coverage for mapping and genome-wide applications in breeding and diversity studies. Data reported on these ubiquitous properties of DArT markers will be particularly valuable to researchers working on less-studied crop species who already count on DArT genotyping arrays but for which no reference genome is yet available to allow such detailed characterization. MenosDiversity Arrays Technology (DArT) provides a robust, high throughput, cost-effective method to query thousands of sequence polymorphisms in a single assay. Despite the extensive use of this genotyping platform for numerous plant species, little is known regarding the sequence attributes and genome-wide distribution of DArT markers. We investigated the genomic properties of the 7,680 DArT marker probes of a Eucalyptus array, by sequencing them, constructing a high density linkage map and carrying out detailed physical mapping analyses to the Eucalyptus grandis reference genome. A consensus linkage map with 2,274 DArT markers anchored to 210 microsatellites and a framework map, with improved support for ordering, displayed extensive collinearity with the genome sequence. Only 1.4 Mbp of the 75 Mbp of still unplaced scaffold sequence was captured by 45 linkage mapped but physically unaligned markers to the 11 main Eucalyptus pseudochromosomes, providing compelling evidence for the quality and completeness of the current Eucalyptus genome assembly. A highly significant correspondence was found between the locations of DArT markers and predicted gene models, while most of the 89 DArT probes unaligned to the genome correspond to sequences likely absent in E. grandis, consistent with the pan-genomic feature of this multi-Eucalyptus species DArT array. These comprehensive linkage-to-physical mapping analyses provide novel data regarding the genomic attributes of DArT markers in pla... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Caracterização genómica; Dart genotyping; Genoma do Eucalipto; Microsatellite genotyping. |
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Thesagro: |
Genoma. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
07/10/2011 |
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Data da última atualização: |
07/10/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BRAGANÇA, S. M.; CARVALHO, C. H. S. de; FONSECA, A. F. A. da; FERRÃO, R. G. |
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Afiliação: |
EMCAPER; CARLOS HENRIQUE S DE CARVALHO, SAPC; AYMBIRE FRANCISCO A DA FONSECA, SAPC; EMCAPER. |
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Título: |
Primeiras variedades clonais de café conilon (Coffea canephora Pierre ex Froehner) para o Estado do Espírito Santo. |
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Ano de publicação: |
2000 |
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Fonte/Imprenta: |
IN: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 1., 2000, Poços de Caldas. Resumos Expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café/MINASPLAN, 2000. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O objetivo deste trabalho foi selecionar e multiplicar clones de café Conilon (Coffea canephora Pierre ex Froehner) para obtenção de variedades clonais. Foram selecionadas 267 plantas matrizes cujos parâmetros de selecão foram: produtividade, incidência de ferrugem (Hemileia vastatrix Berk et Br.) e mancha manteigosa (Colletotrichum sp.), arquitetura e vigor das plantas, tamanho e época de maturação dos frutos. Os clones selecionados foram avaliados em quatro experimentos, na fazenda experimental de Marilândia, pertencente a EMCAPA, situada no município de Marilândia/ES. O ensaio foi instalado sobre Latossolo Vermelho Amarelo, no espaçamento de 3,.5 m entre linhas e 1.5 m entre covas. Utilizou-se o delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições e seis plantas por parcela. Dos clones selecionados, numa primeira fase, foram lançadas as primeiras variedades clonais de café Conilon, para o Espírito Santo, denominadas EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 e, EMCAPA 8131, de ciclo de maturação precoce, médio e tardio, respectivamente, e com produtividades médias de quatro colheitas oscilando entre 58 à 60 sc. benef./ha, superando em até 33 % a produtividade da testemunha. |
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Palavras-Chave: |
Café conilon; Variedade clonal. |
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Thesagro: |
Clone; Coffea Canephora; Estaca; Melhoramento Vegetal; Propagação Vegetativa. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/43013/1/Primeiras-variedades-clonais.pdf
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Marc: |
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245 $aPrimeiras variedades clonais de café conilon (Coffea canephora Pierre ex Froehner) para o Estado do Espírito Santo.$h[electronic resource]
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520 $aO objetivo deste trabalho foi selecionar e multiplicar clones de café Conilon (Coffea canephora Pierre ex Froehner) para obtenção de variedades clonais. Foram selecionadas 267 plantas matrizes cujos parâmetros de selecão foram: produtividade, incidência de ferrugem (Hemileia vastatrix Berk et Br.) e mancha manteigosa (Colletotrichum sp.), arquitetura e vigor das plantas, tamanho e época de maturação dos frutos. Os clones selecionados foram avaliados em quatro experimentos, na fazenda experimental de Marilândia, pertencente a EMCAPA, situada no município de Marilândia/ES. O ensaio foi instalado sobre Latossolo Vermelho Amarelo, no espaçamento de 3,.5 m entre linhas e 1.5 m entre covas. Utilizou-se o delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições e seis plantas por parcela. Dos clones selecionados, numa primeira fase, foram lançadas as primeiras variedades clonais de café Conilon, para o Espírito Santo, denominadas EMCAPA 8111, EMCAPA 8121 e, EMCAPA 8131, de ciclo de maturação precoce, médio e tardio, respectivamente, e com produtividades médias de quatro colheitas oscilando entre 58 à 60 sc. benef./ha, superando em até 33 % a produtividade da testemunha.
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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