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| Registros recuperados : 305 | |
| 161. |  | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; GULIAS-GOMES, C. C.; HIGA, R. H.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Linkage disequilibrium and persistence of phase in Hereford and Braford cattle. In: ANNUAL MEETING BRAZILIAN SOCIETY OF ANIMAL SCIENCE, 50., 2013, Campinas. The integration of knowledge in animal production: abstracts. Campinas: SBZ, 2013. Não paginado. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 163. | | SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. Looking for the "missing" Nelore genotypes. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 51., 2014, Barras dos Coqueiros. A produção animal frente às mudanças climáticas e tecnológicas. Barra dos Coqueiros: Sociedade brasileira de Zootecnia, 2014. 1 p.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 164. | | PAIVA, D. S.; FONSECA, I.; PINTO, I. S. B.; IANELLA, P.; CAMPOS, T. A.; CAETANO, A. R.; PAIVA, S. R.; SILVA, M. V. G. B.; MARTINS, M. F. Incidence of bovine leukocyte adhesion deficiency, complex vertebral malformation, and deficiency of uridine-5-monophosphate synthase carriers in brazilian girolando cattle. Genetics and Molecular Research, v. 12, n. 3, p. 3186-3192, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 165. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2019. PE0274. PAG 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 166. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; PAIVA, S. R.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for parentage control and evaluation of genetic diversity of pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). In: PLANT AND ANIMAL GENOME CONFERENCE, 27., 2019, San Diego. Plant and animal genome abstracts. Livingston, NJ: Scherago, 2019. PE0274.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 167. | | SILVA, N. M. L.; IANELLA, P.; YAMAGISHI, M. E. B.; ROCHA, J. L.; TEIXEIRA, A. K.; FARIAS, F. G.; GUERRELHAS, A. C.; CAETANO, A. R. Development and validation of a low-density SNP panel for paternity and kinship analysis and evaluation of genetic variability and structure of commercial Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) populations from Brazil. Aquaculture, v. 560, 738540, Nov. 2022.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 168. | | CHIARATTI, M. R.; BRESSAN, F. F.; FERREIRA, C. R.; CAETANO, A. R.; SMITH, L. C.; VERCESI, A. E.; MEIRELLES, F. V. Embryo mitochondrial DNA depletion is reversed during early embryogenesis in cattle. Biology of Reproduction, v.82, p. 76-85, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 169. | | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GOMES, C. C. G.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 170. | | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GOMES, C. C. G.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. Não paginado.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 171. | | BIEGELMEYER, P.; OLIVEIRA, M. M.; CARDOSO, L. L.; GULIAS-GOMES, C. C.; HIGA, R. H.; DIONELLO, N. J. L.; CAETANO, A. R.; STEIBEL, J. P.; CARDOSO, F. F. Estimation of linkage disequilibrium, persistence of phase and effective population size of Brazilian Hereford and Braford breeds. In: WORLD CONGRESS ON GENETICS APPLIED TO LIVESTOCK PRODUCTION, 10., 2014, Vancouver, British Columbia, Canada. Proceedings... Champaign: ASAS, 2014. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 172. | | RIPAMONTE, P.; BACCAGLINI, M.; CESAR, A. S. M.; FIGUEIREDO, L. G. G.; BALIEIRO, J. C. C.; CAETANO, A. R.; MEIRELLES, F. V. Estimation of taurindicine hybridization of American Zebu cattle in Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 11, n. 1, p. 393-403, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 173. | | CAVANI, L.; CARDOSO, F. F.; GOMES, C. G.; CAETANO, A. R.; GIGLIOTI, R.; OLIVEIRA, M. C. D. S.; OLIVEIRA, H. N. Estimates of genetic parameter for tick count and infection level of Babesia Bovis traits in Braford and Hereford cattle. Journal of Animal Science, v. 95, n. suppl. 4, p. 101-102, 2017. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 174. | | CAVANI, L.; CARDOSO, F. F.; GULIAS GOMES, C. C.; CAETANO, A. R.; GIGLIOTI, R.; OLIVEIRA, M. C. D. S.; OLIVEIRA, H. N. Estimates of genetic parameter for tick count and infection level of Babesia Bovis traits in Braford and Hereford cattle. Journal of Animal Science, v. 95, p. 101-102, 2017. Supplement 4. Abstract of Breeding and Genetics Symposium, Baltimore, 2017.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| 175. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. New fromtiers in reproductive diversity in a changing environment: program and abstracts. [S.l.: s.n.], 2018. p. 40. ISRPF 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 176. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F. da; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 40.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 177. | | PAIXÃO, R. V.; SILVA, G. F.; LOBO, I.; YAMAGISHI, M. E. B.; CAETANO, A. R.; VARELA, E. S.; ALMEIDA, F. L. Estrogen receptors are sex-differentially expressed in tambaqui (Colossoma macropomum) during sex differentiation. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON REPRODUCTIVE PHYSIOLOGY OF FISH, 11., 2018, Manaus. p. 40.| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 178. | | ARAÚJO, R. O. de; CAETANO, A. R.; AZEVEDO, H. C.; LOBO, R. N. B.; SOUZA, C. J. H. de; PAIVA, S. R. Estrutura de blocos de haplótipos associados ao gene PRNP em raças de ovinos Brasileiras adaptadas localmente. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 49., 2012, Brasília. Anais... Brasília: Sociedade Brasileira de Zootecnia, 2012. 3 p.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia; Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 179. | | ALMEIDA, L. D.; MARIANTE, A. da S.; CAETANO, A. R.; ALBUQUERQUE, M. do S. M.; CARVALHO, G. M. C.; EGITO, A. A. do. Estrutura populacional e diversidade genética dos jumentos nordestinos. In: SIMPOSIO IBEROAMERICANO SOBRE CONSERVACIÓN Y UTILIZACIÓN DE RECURSOS ZOOGENÉTICOS, 11., 2010, João Pessoa. Memorias... João Pessoa: Ed. da UFPB: Instituto Nacional do Semiárido, 2010. p. 106-109.| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 180. | | COMIN, H. B.; SOLLERO, B. P.; JUNQUEIRA, V. S.; CARDOSO, L. L.; HIGA, R. H.; CAETANO, A. R.; YOKOO, M. J. I.; CARDOSO, F. F. Controle de qualidade de genótipos e amostras utilizados na seleção genômica das raças Braford e Hereford In: SEMINÁRIO INTERINSTITUCIONAL DE ENSINO, PESQUISA E EXTENSÃO, 18.; MOSTRA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 16,; MOSTRA DE EXTENSÃO, 11., 2013, Cruz Alta. Ciência, conhecimento e sociedade de risco: anais. Cruz Alta: Unicruz, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sul. |
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| Registros recuperados : 305 | |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Gado de Corte; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
26/11/2015 |
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Data da última atualização: |
29/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
SILVA, J. M. da; GIACHETTO, P. F.; SILVA, L. O. C. da; CINTRA, L. C.; PAIVA, S. R.; CAETANO, A. R.; YAMAGISHI, M. E. B. |
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Afiliação: |
JOAQUIM MANOEL DA SILVA, Faculdade de Ciências Agrárias, Biológicas e Sociais Aplicadas, Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT), Nova Xavantina, Mato Grosso, Bra; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA; LUIZ OTAVIO CAMPOS DA SILVA, CNPGC; LEANDRO CARRIJO CINTRA, CNPTIA; SAMUEL REZENDE PAIVA, SRI; ALEXANDRE RODRIGUES CAETANO, CENARGEN; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA. |
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Título: |
Genomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
PLoS ONE, v. 10, n. 8, p. 1-18, 2015 |
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Idioma: |
Inglês
Português |
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Conteúdo: |
High density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production. |
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Palavras-Chave: |
Genotypes; Nelore; Polimorfismo de nucleotídeo único; Sequenciamento de DNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus; Gado de corte. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Sequence analysis; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/134042/1/journal.pone.0136035.pdf
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/137040/1/Genomic-variants-Silva.pdf
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Marc: |
LEADER 02316naa a2200301 a 4500
001 2029638
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245 $aGenomic Variants Revealed by Invariably Missing Genotypes in Nelore Cattle.$h[electronic resource]
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520 $aHigh density genotyping panels have been used in a wide range of applications. From population genetics to genome-wide association studies, this technology still offers the lowest cost and the most consistent solution for generating SNP data. However, in spite of the application, part of the generated data is always discarded from final datasets based on quality control criteria used to remove unreliable markers. Some discarded data consists of markers that failed to generate genotypes, labeled as missing genotypes. A subset of missing genotypes that occur in the whole population under study may be caused by technical issues but can also be explained by the presence of genomic variations that are in the vicinity of the assayed SNP and that prevent genotyping probes from annealing. The latter case may contain relevant information because these missing genotypes might be used to identify population-specific genomic variants. In order to assess which case is more prevalent, we used Illumina HD Bovine chip genotypes from 1,709 Nelore (Bos indicus) samples. We found 3,200 missing genotypes among the whole population. NGS re-sequencing data from 8 sires were used to verify the presence of genomic variations within their flanking regions in 81.56% of these missing genotypes. Furthermore, we discovered 3,300 novel SNPs/Indels, 31% of which are located in genes that may affect traits of importance for the genetic improvement of cattle production.
650 $aCattle
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700 1 $aYAMAGISHI, M. E. B.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Corte (CNPGC) |
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