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| Registros recuperados : 168 | |
| 81. |  | CORDEIRO, T. F.; GALVÃO, P. G.; GUEDES, H.; MENESES, C. H. G.; VIDAL, M. S.; ARAÚJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I. Avaliação da expressão gênica em Gluconacetobacter diazotrophicus durante a interação com cana-de-açúcar. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DOBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009. 6| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 83. | | CARVALHO, P. A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. An eglA-like gene mutant of Gluconaceto bacter diazotrophicus PAL5 is defective in rice roots surfae attachment. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SlV. 14| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 84. | | PASSOS, S. R.; CORREIA, M. E. F.; SOARES, L. H. de B.; ARAUJO, J. L. S. de; RUMJANEK, N. G.; XAVIER, G. R. Exploração do potencial biotecnológico da microbiota associada ao trato intestinal de Trigoniulus corallinus (Diplopoda). In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 85. | | SILVA, H. A. P da; GALISA, P. de S.; OLIVEIRA, R. S. da S.; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. Expressão gênica induzida por estresses abióticos em nódulos de feijão-caupi. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 47, n. 6, p. 797-807, jun. 2012. Titulo em inglês: Gene expression induced by abiotic stress in cowpea nodules.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 86. | | SILVA, H. A. P. DA.; GALISA, P. DE S.; OLIVEIRA, R. S. DA; VIDAL, M. S.; ARAUJO, J. L. S. de. Expressão gênica induzida por estresses abióticos em nódulos de feijão-caupi. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 47, n. 6, p. 797-807, abr./jun., 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 87. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., FERTBIO 2016. Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais. Goiânia: UFG, 2016.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Cocais. |
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| 88. | | SOUSA, A. M. B. de; ARAUJO, J. L. S. de; LIMA, M. A. de; FREITAS, A. C. R. de; URQUIAGA, S. S.; ALVES, B. J. R. Efeito do nitrogênio na população de metanogênicas e emissões de metano, em diferentes cultivares de arroz irrigado. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 32.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 16.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 14.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 11., 2016, Goiânia. Rumo aos novos desafios: anais... Goiânia: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2016. p. 1045-1046.| Biblioteca(s): Embrapa Meio Ambiente. |
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| 90. | | FERREIRA, E. P. de B.; MERCANTE, F. M.; HUNGRIA, M.; MENDES, I. de C.; ARAÚJO, J. L. S. de; FERNANDES JUNIOR, P. I.; ARAÚJO, A. P. Contribuições para melhoria da eficiência da fixação biológica de nitrogênio no feijoeiro comum no Brasil. Tópicos em Ciência do Solo, v. 8, p. 251-323, 2013.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 91. | | FERREIRA, E. P. de B.; MERCANTE, F. M.; HUNGRIA, M.; MENDES, I. de C.; ARAÚJO, J. L. S. de; FERNANDES JUNIOR, P. I.; ARAÚJO, A. P. Contribuições para melhoria da eficiência da fixação biológica de nitrogênio no feijoeiro comum no Brasil. In: ARAÚJO, A. P.; ALVES, B. J. R. (Ed.). Tópicos em ciência do solo. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2013. v. 8. p. 251-323.| Biblioteca(s): Embrapa Agropecuária Oeste; Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Soja. |
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| 92. | | FERREIRA, E. P. de B.; MERCANTE, F. M.; HUNGRIA, M.; MENDES, I. de C.; ARAÚJO, J. L. S. de; FERNANDES JUNIOR, P. I.; ARAÚJO, A. P. Contribuições para melhoria da eficiência da fixação biológica de nitrogênio no feijoeiro comum no Brasil. In: ARAÚJO, A. P.; ALVES, B. J. R. (Ed.). Tópicos em ciência do solo. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2013. v. 8. p. 251-323.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 93. | | GALVÃO, P. Q.; RODRIGUES, E. P.; ROUWS, L. F. M.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Analysis of Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5 nitB mutant. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOLOGICAL NITROGEN WITH NON-LEGUMES, 12.; INTERNATIONAL INCT SYMPOSIUM ON NITROGEN BIOLOGICAL FIXATION, 2., 03 a 8 de outubro, 2010, Búzios, RJ. Book of abstracts... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010. SI 13| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 94. | | SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. Designing and validation of specifc primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. Brazilian Journal of Microbiology, v. 54, p. 2627–2640, 2023.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 95. | | SILVA, C. G. N. da; MONTEIRO, E. de C.; DINIZ, P. P.; TERRA, L. A.; SCHWAB, S.; REIS, V. M.; ARAUJO, J. L. S. de; URQUIAGA, S. Designing and validation of specific primers for the quantitative detection of bacteria in sugarcane inoculant. Brazilian Journal of Microbiology,, Published: 16 October 2023| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 96. | | VILLA, J. C.; ZOFFOLI, B. C.; PITARD, R. M.; ARAUJO, J. L. S. de; SOUZA FILHO, B. F.; ARAUJO, A. P.; STRALIOTTO, R. Caracterização de isolados indígenas de rizóbio visando a seleção de estirpes eficientes e adaptados a área de cultivo tradicional de feijoeiro no Estado do Rio de Janeiro. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 31.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 15.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 13.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 10., 2014, Araxá. Fertilidade e biologia do solo: integração e tecnologias para todos: anais. Araxá: Núcleo Regional Leste da Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2014. FertBio 2014.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 97. | | FERREIRA, V. de L.; GALISA, P. de S.; SCHWAB, S.; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I.; ARAUJO, J. L. S. de. Caracterização da função de MatE em Gluconacetobacter diazotrophicus. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 10., 18 a 24 de outubro de 2010, Seropédica. Ciência para o Desenvolvimento Sustentável: anais... Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 98. | | CARVALHO, P. de A.; MENESES, C. H. S. G.; ROUWS, L. F. M.; ARAÚJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; BALDANI, J. I. Caracterização funcional de uma provável B-1,4-endoglucanase de Gluconacetobacter diazotrophicus PAL5T. In: SEMANA CIENTÍFICA JOHANNA DÖBEREINER, 9., 19 a 23 de outubro de 2009, Seropédica. Ciência no Brasil: desafios, avanços e aplicações: caderno de resumos. Seropédica: Embrapa Agrobiologia, 2009. p.43| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 99. | | VIDEIRA, S. S.; OLIVEIRA, D. M. de; BARROS, D. R.; BALDANI, J. I.; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, V. L. D. Diversidade morfológica de bactérias diazotróficas oriundas de plantas de capim-elefante no Estado do rio de Janeiro. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 25., 2009, Porto de Galinhas, PE. Anais... [São Paulo]: Sociedade Bras. de Microbiologia, 2009.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| 100. | | SILVA, P. R. A.; ARAUJO, J. L. S. de; VIDAL, M. S.; CRUZ, L. M.; SOUZA, E. M. de; BALDANI, J. I. Draft genome sequence of Paraburkholderia tropica Ppe8 strain, a sugarcane endophytic diazotrophic bacterium. Brazilian Journal of Microbiology, v. 49, n. 2, p. 2010-2011, Apr./Jun. 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia. |
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| Registros recuperados : 168 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agrobiologia. Para informações adicionais entre em contato com cnpab.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
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Data corrente: |
27/12/2017 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 2 |
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Autoria: |
POLESE, V.; SOARES, C. de P.; SILVA, P. R. A. da; ARAUJO, J. L. S. de; BALDANI, J. I.; VIDAL, M. S. |
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Afiliação: |
VALÉRIA POLESE, UFRRJ; LEITON DE PAULA SOARES, UFRRJ; PAULA RENATA ALVES DA SILVA, UFRRJ; JEAN LUIZ SIMOES DE ARAUJO, CNPAB; JOSE IVO BALDANI, CNPAB; MARCIA SOARES VIDAL, CNPAB. |
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Título: |
Selection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
Antonie van Leeuwenhoekv, 110, n. 12, p. 1555-1568, 2017. |
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ISSN: |
1572-9699 |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Together the results suggest that dnaG and gyrA genes are suitable as reference genes for RT-qPCR analysis of strain HCC103 and that juice from different sugarcane varieties modulates the expression of key genes involved in carbon metabolism. MenosQuantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Toget... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Internal normalizing; Organic acids; Relative expression; Sugar transport. |
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Thesaurus NAL: |
nitrogen fixation. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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Marc: |
LEADER 02682naa a2200265 a 4500
001 2083708
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024 7 $ahttps://doi.org/10.1007/s10482-017-0906-7$2DOI
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245 $aSelection and validation of reference genes for RT-qPCR indicates that juice of sugarcane varieties modulate the expression of C metabolism genes in the endophytic diazotrophic Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103.$h[electronic resource]
260 $c2017
520 $aQuantitative reverse transcription PCR (RT-qPCR) is an important tool for evaluating gene expression. However, this technique requires that specific internal normalizing genes be identified for different experimental conditions. To date, no internal normalizing genes are available for validation of data analyses for Herbaspirillum rubrisubalbicans strain HCC103, an endophyte that is part of the sugarcane consortium inoculant. This work seeks to identify and evaluate suitable reference genes for gene expression studies in HCC103 grown until middle log phase in sugarcane juice obtained from four sugarcane varieties or media with three different carbon sources. The mRNA levels of five candidate genes (rpoA, gyrA, dnaG, recA and gmK) and seven target genes involved in carbon metabolism (acnA, fbp, galE, suhB, wcaA, ORF_0127.0101 and _0127.0123) were quantified by RT-qPCR. Analysis of expression stability of these genes was carried out using geNorm and Normfinder software. The results indicated that the HCC103 dnaG and gyrA genes are the most stable and showed adequate relative expression level changes among the different sugarcane juices. The highest expression level was seen for ORF_0127.0101, which encodes a sugar transporter, in juice from sugarcane variety RB867515 and glucose as the carbon source. The suhB gene, encoding SuhB inositol monophosphatase, had a higher relative expression level on 0.5% glucose, 100% sugarcane juice from variety RB867515 and 0.5% aconitate. Together the results suggest that dnaG and gyrA genes are suitable as reference genes for RT-qPCR analysis of strain HCC103 and that juice from different sugarcane varieties modulates the expression of key genes involved in carbon metabolism.
650 $anitrogen fixation
653 $aInternal normalizing
653 $aOrganic acids
653 $aRelative expression
653 $aSugar transport
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700 1 $aSILVA, P. R. A. da
700 1 $aARAUJO, J. L. S. de
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700 1 $aVIDAL, M. S.
773 $tAntonie van Leeuwenhoekv, 110$gn. 12, p. 1555-1568, 2017.
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