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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
Data corrente: |
06/09/2012 |
Data da última atualização: |
23/01/2020 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
PEREIRA, F. C. P.; MOKRY, F. B.; REGITANO, L. C. A.; GIACHETTO, P. F. |
Afiliação: |
FERNANDA C. P. PEREIRA, PUC Campinas, Bolsista PIBIC/CNPq; FABIANA B. MOKRY, UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; POLIANA FERNANDA GIACHETTO, CNPTIA. |
Título: |
Identificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim. |
Ano de publicação: |
2012 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL, 2012. |
Páginas: |
p. 1-10. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
CIIC 2012. No 12604. |
Conteúdo: |
A tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. MenosA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Genotipagem de marcadores SNP; Software. |
Thesaurus Nal: |
Bioinformatics. |
Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/65690/1/RE12604.pdf
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Marc: |
LEADER 02801nam a2200217 a 4500 001 1933185 005 2020-01-23 008 2012 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aPEREIRA, F. C. P. 245 $aIdentificação de variações no número de cópias de regiões do genoma (CNVs) em bovinos da raça canchim.$h[electronic resource] 260 $aIn: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 6., 2012, Jaguariúna. Anais... Jaguariúna: Embrapa; ITAL$c2012 300 $ap. 1-10. 500 $aCIIC 2012. No 12604. 520 $aA tecnologia de genotipagem de marcadores do tipo SNP, baseada no emprego de chips de DNA de alta densidade, tornou possível a detecção de variações no número de cópias (CNVs, do inglês Copy Number Variation) de regiões de um genoma. Essas alterações, resultantes de duplicações ou deleções de trechos do genoma, podem contribuir para a variação fenotípica observada entre indivíduos, incluindo humanos, animais e plantas. Em animais de produção, estudos recentes reportaram a associação de CNVs com níveis de proteína e gordura no leite, vida útil de rebanhos leiteiros e susceptibilidade a nematóides em bovinos Angus. Assim, com base nessa importância, este trabalho apresenta a construção de um pipeline de bioinformática para identificação e análise de CNVs a partir de dados de genotipagem utilizando chips de DNA de alta densidade. Para a execução do pipeline, que se baseia no uso da ferramenta PennCNV para a detecção de CNVs, e em programas e scripts in house, desenvolvidos nas linguagens Perl, Shell AWK e Split, foram utilizados dados da genotipagem de bovinos Canchim com o chip BovineHD BeadChip (Illumina®). Os programas foram desenvolvidos para realizar a conversão entre formatos de arquivos submetidos à análise, e também para a configuração, classificação e apresentação dos resultados gerados pelo pipeline. Nesta última etapa, as informações relacionadas aos CNVs identificados poderão ser visualizadas em uma planilha, além de gráficos e também em um navegador, na forma de um Genome Browser. Isso permite visualizar o locus genômico de cada CNV e sua relação com outros elementos genéticos, como genes, regiões regulatórias e micro RNAs, dentre outras. Os próximos passos do trabalho envolvem a integração do pipeline desenvolvido com uma plataforma Web de bioinformática, o Galaxy, para que a ferramenta seja amplamente disponibilizada para a comunidade científica, ampliando sua utilização e tornando possível seu aperfeiçoamento pelos usuários. 650 $aBioinformatics 653 $aBioinformática 653 $aGenotipagem de marcadores SNP 653 $aSoftware 700 1 $aMOKRY, F. B. 700 1 $aREGITANO, L. C. A. 700 1 $aGIACHETTO, P. F.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Agrobiologia. |
Data corrente: |
12/06/2023 |
Data da última atualização: |
11/07/2023 |
Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Autoria: |
GUERRA, J. G. M.; ESPINDOLA, J. A. A.; ARAUJO, E. da S.; LEAL, M. A. de A.; ABBOUD, A. C. de S.; ALMEIDA, D. L. de; POLLI, H. de; NEVES, M. C. P.; RIBEIRO, R. de L. D. |
Afiliação: |
JOSE GUILHERME MARINHO GUERRA, CNPAB; JOSE ANTONIO AZEVEDO ESPINDOLA, CNPAB; EDNALDO DA SILVA ARAUJO, CNPAB; MARCO ANTONIO DE ALMEIDA LEAL, CNPAB; ANTÔNIO CARLOS DE SOUZA ABBOUD, UFRRJ; DEJAIR LOPES DE ALMEIDA, CNPAB; HELVECIO DE POLLI, CNPAB; MARIA CRISTINA PRATA NEVES, CNPAB; RAUL DE LUCENA DUARTE RIBEIRO, UFRRJ. |
Título: |
Adubação verde no cultivo de hortaliças. |
Ano de publicação: |
2023 |
Fonte/Imprenta: |
In: LIMA FILHO, O. F. de; AMBROSANO, E. J. WUTKE, E. B.; ROSSI, F.; CARLOS, J. A. D. (ed.). Adubação verde e plantas de cobertura no Brasil: fundamentos e prática. 2. ed. rev. e atual. Brasília, DF: Embrapa, 2023. |
Volume: |
v. 2 |
Páginas: |
p. 265-291. |
ISBN: |
978-65-86056-62-4 v. 2 |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Os resultados discutidos neste capítulo referem-se a trabalhos de pesquisa de caráter tecnológico, que buscam oferecer opções técnicas para subsidiar agentes de desenvolvimento e agricultores na tomada de decisão sobre quando e como fazer uso da adubação verde. Para tanto, são abordadas distintas modalidades e estratégias de manejo de plantas de cobertura do solo, enfatizando-se arranjos populacionais, rotações e consórcios, faixas intercalares, coberturas mortas e compostagem. |
Thesagro: |
Adubo Verde; Batata Doce; Crotalária Juncea; Feijão de Porco; Guandu; Hortaliça; Leguminosa; Mucuna Preta; Produtividade. |
Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1154391/1/Adubacao-verde-no-cultivo-de-hortalica.pdf
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Marc: |
LEADER 01591naa a2200349 a 4500 001 2154391 005 2023-07-11 008 2023 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aGUERRA, J. G. M. 245 $aAdubação verde no cultivo de hortaliças.$h[electronic resource] 260 $c2023 300 $ap. 265-291. v. 2 490 $vv. 2 520 $aOs resultados discutidos neste capítulo referem-se a trabalhos de pesquisa de caráter tecnológico, que buscam oferecer opções técnicas para subsidiar agentes de desenvolvimento e agricultores na tomada de decisão sobre quando e como fazer uso da adubação verde. Para tanto, são abordadas distintas modalidades e estratégias de manejo de plantas de cobertura do solo, enfatizando-se arranjos populacionais, rotações e consórcios, faixas intercalares, coberturas mortas e compostagem. 650 $aAdubo Verde 650 $aBatata Doce 650 $aCrotalária Juncea 650 $aFeijão de Porco 650 $aGuandu 650 $aHortaliça 650 $aLeguminosa 650 $aMucuna Preta 650 $aProdutividade 700 1 $aESPINDOLA, J. A. A. 700 1 $aARAUJO, E. da S. 700 1 $aLEAL, M. A. de A. 700 1 $aABBOUD, A. C. de S. 700 1 $aALMEIDA, D. L. de 700 1 $aPOLLI, H. de 700 1 $aNEVES, M. C. P. 700 1 $aRIBEIRO, R. de L. D. 773 $tIn: LIMA FILHO, O. F. de; AMBROSANO, E. J. WUTKE, E. B.; ROSSI, F.; CARLOS, J. A. D. (ed.). Adubação verde e plantas de cobertura no Brasil: fundamentos e prática. 2. ed. rev. e atual. Brasília, DF: Embrapa, 2023.
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Embrapa Agrobiologia (CNPAB) |
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