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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/02/2014 |
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Data da última atualização: |
20/05/2014 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
FÁBIO R. DE MORAES, IB/Unicamp, CNPTIA; IZABELLA A. P. NESHICH, IB/Unicamp, CNPTIA; IVAN MAZONI, IB/Unicamp, CNPTIA; INÁCIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; JOSÉ G. C. PEREIRA, IB/Unicamp, CNPTIA; JOSÉ A. SALIM, Unicamp; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014. |
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ISBN: |
10.1371/journal.pone.0087107 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC) analysis indicates that the particular physicochemical and structural descriptors used for building the linear classifier perform much better than a random classifier and in fact, successfully outperform some of the previously published procedures, whose performance indicators were recently compared by other research groups. The results presented here show that the selected set of descriptors can be utilized to predict IFRs, even when homologue proteins are missing (particularly important for orphan proteins where no homologue is available for comparative analysis/indication) or, when certain conformational changes accompany interface formation. The development of amino acid type specific classifiers is shown to increase IFR classification performance. Also, we found that the addition of an amino acid conservation attribute did not improve the classification prediction. This result indicates that the increase in predictive power associated with amino acid conservation is exhausted by adequate use of an extensive list of independent physicochemical and structural parameters that, by themselves, fully describe the nano-environment at protein-protein interfaces. The IFR classifier developed in this study is now integrated into the BlueStar STING suite of programs. Consequently, the prediction of protein-protein interfaces for all proteins available in the PDB is possible through STING_interfaces module, accessible at the following website: (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/predictions/index.html). MenosProtein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC) analysis indicates that the particular physicochemical and structural descriptors used for building the linear classifier perform much better than a random classifier and in fact, successfully outperform some of the previously published procedures, whose performance indicators were recently compared by other research groups. The results presented here show that the selected set of descriptors can be utilized to predict IFRs, even when homologue proteins are missing (particularly important for orphan proteins where no homologue is available for comparative analysis/indication) or, when certain conformational changes accompany interface formation. The development of amino acid type specific classifiers is shown to increase IFR... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Interações proteína-proteína. |
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Thesagro: |
Biologia. |
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Thesaurus Nal: |
Biological sciences; Proteins. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/98207/1/journal.pone.0087107.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
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Data corrente: |
17/11/2010 |
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Data da última atualização: |
12/05/2017 |
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Autoria: |
REIFSCHNEIDER, F. J. B.; HENZ, G. P.; RAGASSI, C. F.; ANJOS, U. G. dos; FERRAZ, R. M. |
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Afiliação: |
FRANCISCO JOSE BECKER REIFSCHNEIDER, DE-PR; GILMAR PAULO HENZ, CNPH; CARLOS FRANCISCO RAGASSI, CNPH. |
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Título: |
Novos ângulos da história da agricultura no Brasil. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica, 2010. |
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Páginas: |
112 p. |
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Descrição Física: |
il. color. |
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ISBN: |
978-85-7383-491-8 |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Coleção Eliseu Alves: Biblioteca da Embrapa Sede. |
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Conteúdo: |
Prefácio - E eu com isso? Part I - Primórdios e pioneiros. A agricultura fora dos ciclos no Brasil ? uma introdução ao livro. Deméter e Ceres, deusas da Agricultura; Um início da agricultura ? sítios arqueológicos no Brasil e as pinturas rupestres no Planalto Central. Luzia, a primeira mulher brasileira – ancestralidade africana e não asiática; Tecnologia na Amazônia pré-histórica ? a Terra Preta do Índio. Coivaras ? a agricultura ecológica dos ameríndios?; Indígenas e plantas pré-cabralinas. Paleoíndios e a diversidade da Amazônia. O pão dos trópicos; Um grande brasilianista ? Gabriel Soares de Sousa. Brasilianista – o Brasil visto de fora por outra gente. Pau-brasil financia descobertas. Introdução do coqueiro no Brasil. Bovinos chegam ao Brasil. Fuga para o Planalto Central; Jardins botânicos e hortos (novas plantas, novos hábitos) ? o Horto d’El Rey de Olinda. A Quinta do Tanque; Um grande empreendedor e um mau administrador ? Maurício de Nassau. Zoobiblion – Livro de Animais do Brasil; O mosaico dos alimentos e dos remédios caseiros ? escravos, índios e Brancos. Os pais da Medicina; Culturas do Brasil Império ? diversidade na agricultura; O Livro do Lavrador do Brasil República; A influência da madrinha ? eucaliptos no Brasil; Parte II - A explosão da agricultura tropical. Introdução. Hoehne ? um grande naturalista brasileiro. A Colônia Agrícola Nacional de Goiás – Ceres. Floresta Amazônica 1 x 0 Henry Ford. Pesquisa e ensino ? as dores do crescimento; Melhorando a organização rural – extensão rural e as cooperativas. Números do cooperativismo no Brasil. Cooperativas – um relato de 1931; Soja ? o ouro-verde brasileiro. Comendo um Big Mac© em Manaus. Polo Juazeiro–Petrolina – frutas para o Brasil e para o mundo; Desenvolvimento só com devastação? – Amazônia e Cerrados. O grande “thesoiro”. Goyaz desfructa a felicidade dos esquecidos; A “marvada” pinga ? álcool, Proálcool e Canavialis. “Marvada pinga”, interpretação de Inezita Barroso, composição de Ochelsis Laureano. Precisão na agricultura ? alta tecnologia para produzir e preservar o meio Ambiente. GPS, satélite, sensores, zoneamento e políticas públicas; Da lei do mínimo à sustentabilidade. Sustentabilidade – velho tema ainda em voga. Destruir para construir? – O solo como recurso natural perpétuo. O novo retrato do Brasil – da roça à cidade?; Posfácio - Uma nova visão? MenosPrefácio - E eu com isso? Part I - Primórdios e pioneiros. A agricultura fora dos ciclos no Brasil ? uma introdução ao livro. Deméter e Ceres, deusas da Agricultura; Um início da agricultura ? sítios arqueológicos no Brasil e as pinturas rupestres no Planalto Central. Luzia, a primeira mulher brasileira – ancestralidade africana e não asiática; Tecnologia na Amazônia pré-histórica ? a Terra Preta do Índio. Coivaras ? a agricultura ecológica dos ameríndios?; Indígenas e plantas pré-cabralinas. Paleoíndios e a diversidade da Amazônia. O pão dos trópicos; Um grande brasilianista ? Gabriel Soares de Sousa. Brasilianista – o Brasil visto de fora por outra gente. Pau-brasil financia descobertas. Introdução do coqueiro no Brasil. Bovinos chegam ao Brasil. Fuga para o Planalto Central; Jardins botânicos e hortos (novas plantas, novos hábitos) ? o Horto d’El Rey de Olinda. A Quinta do Tanque; Um grande empreendedor e um mau administrador ? Maurício de Nassau. Zoobiblion – Livro de Animais do Brasil; O mosaico dos alimentos e dos remédios caseiros ? escravos, índios e Brancos. Os pais da Medicina; Culturas do Brasil Império ? diversidade na agricultura; O Livro do Lavrador do Brasil República; A influência da madrinha ? eucaliptos no Brasil; Parte II - A explosão da agricultura tropical. Introdução. Hoehne ? um grande naturalista brasileiro. A Colônia Agrícola Nacional de Goiás – Ceres. Floresta Amazônica 1 x 0 Henry Ford. Pesquisa e ensino ? as dores do crescimento; Melhorando a org... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Agricultura - História - Brasil; Agricultura tropical; Agronegócio no Brasil; Brasil; Ciclo da borracha; Ciclo da cana-de-açucar; Ciclo da mineração; Ciclo da Soja; Ciclo do café; Ciclo do pau-brasil; História da agricultura; História da agricultura no Brasil; Polo Petrolina e Juazeiro. |
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Thesagro: |
Agricultura; Agricultura de Precisão; Agronegócio; Desenvolvimento agrícola; Desenvolvimento rural; História; Mulher Rural; Pesquisa. |
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Thesaurus NAL: |
agribusiness; agriculture; rural development. |
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Categoria do assunto: |
--
A Sistemas de Cultivo
E Economia e Indústria Agrícola
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/117040/1/NOVOS-ANGULOS-DA-HISTORIA-DA-AGRICULTURA-NO-BRASIL-Baixa.pdf
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Marc: |
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500 $aColeção Eliseu Alves: Biblioteca da Embrapa Sede.
520 $aPrefácio - E eu com isso? Part I - Primórdios e pioneiros. A agricultura fora dos ciclos no Brasil ? uma introdução ao livro. Deméter e Ceres, deusas da Agricultura; Um início da agricultura ? sítios arqueológicos no Brasil e as pinturas rupestres no Planalto Central. Luzia, a primeira mulher brasileira – ancestralidade africana e não asiática; Tecnologia na Amazônia pré-histórica ? a Terra Preta do Índio. Coivaras ? a agricultura ecológica dos ameríndios?; Indígenas e plantas pré-cabralinas. Paleoíndios e a diversidade da Amazônia. O pão dos trópicos; Um grande brasilianista ? Gabriel Soares de Sousa. Brasilianista – o Brasil visto de fora por outra gente. Pau-brasil financia descobertas. Introdução do coqueiro no Brasil. Bovinos chegam ao Brasil. Fuga para o Planalto Central; Jardins botânicos e hortos (novas plantas, novos hábitos) ? o Horto d’El Rey de Olinda. A Quinta do Tanque; Um grande empreendedor e um mau administrador ? Maurício de Nassau. Zoobiblion – Livro de Animais do Brasil; O mosaico dos alimentos e dos remédios caseiros ? escravos, índios e Brancos. Os pais da Medicina; Culturas do Brasil Império ? diversidade na agricultura; O Livro do Lavrador do Brasil República; A influência da madrinha ? eucaliptos no Brasil; Parte II - A explosão da agricultura tropical. Introdução. Hoehne ? um grande naturalista brasileiro. A Colônia Agrícola Nacional de Goiás – Ceres. Floresta Amazônica 1 x 0 Henry Ford. Pesquisa e ensino ? as dores do crescimento; Melhorando a organização rural – extensão rural e as cooperativas. Números do cooperativismo no Brasil. Cooperativas – um relato de 1931; Soja ? o ouro-verde brasileiro. Comendo um Big Mac© em Manaus. Polo Juazeiro–Petrolina – frutas para o Brasil e para o mundo; Desenvolvimento só com devastação? – Amazônia e Cerrados. O grande “thesoiro”. Goyaz desfructa a felicidade dos esquecidos; A “marvada” pinga ? álcool, Proálcool e Canavialis. “Marvada pinga”, interpretação de Inezita Barroso, composição de Ochelsis Laureano. Precisão na agricultura ? alta tecnologia para produzir e preservar o meio Ambiente. GPS, satélite, sensores, zoneamento e políticas públicas; Da lei do mínimo à sustentabilidade. Sustentabilidade – velho tema ainda em voga. Destruir para construir? – O solo como recurso natural perpétuo. O novo retrato do Brasil – da roça à cidade?; Posfácio - Uma nova visão?
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Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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