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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
23/05/2007 |
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Data da última atualização: |
24/05/2007 |
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Autoria: |
BARBOSA, S. R. C.; GOMES, E.; BRESEGHELO, L.; MOURA, A. L. D.; ALVES, E. B.; KNOB, A.; ALMEIDA, A. M. R.; LOBO JUNIOR, M.; PETROFEZA, S. |
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Título: |
Análise parcial do transcriptoma de Sclerotinia sclerotiorum durante a interação patogênica com feijão comum (Phaseolus vulgaris L.). |
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Ano de publicação: |
2006 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52.; CONGRESO DE LA ASOCIACIÓN LATINOAMERICANA DE GENÉTICA, 12., 2006, Foz do Iguaçu. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Área Microorganismos - pdf 898. |
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Conteúdo: |
No Brasil, perdas na produção de diversas culturas causadas por Sclerotinia sclerotiorum vêm chamando a atenção de produtores e pesquisadores, como em lavouras de feijão e soja, irrigadas por pivô central em diversas regiões do país. Dentre as culturas comerciais afetadas, a do feijoeiro é a que mais sofre perdas na produção, sendo o número de sementes por planta e seu peso os componentes de rendimento mais afetados trazendo enorme prejuízo. O interesse em genes de fungos diferencialmente expressos durante a interação com a planta hospedeira é nutrido pela idéia que tais genes podem desempenhar um papel crucial durante o desenvolvimento da patologia. Neste sentido este trabalho objetivou a identificação e a análise de genes de S. sclerotiorum que são expressos preferentemente durante sua interação com a planta de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L) o pode permitir a detecção de genes que são potencialmente importantes para o processo de patogênese em cada uma das fases consideradas. Os bancos de cDNA foram construídos no vetor uni-direcional e de expressão ?ZAP a partir de S. sclerotiorum crescido em meio BDA (condição normal) e de S. sclerotiorum durante a infecção em plântulas de feijoeiro Os cDNAs clonados nestes fagos foram isolados e amplificados por PCR, sendo o produto submetido direto ao seqüenciamento da região 5'.Os eletroferogramas foram analisadas pelo programa PHRED e as seqüências correspondentes aos vetores foram mascaradas através do programa CrossMatch. Somente as seqüências que apresentaram um tamanho acima de 200 nucleotídeos, com índice PHRED maior do que 20 foram selecionadas. As ESTs foram agrupadas utilizando o programa CAP3 sendo que as seqüências similares formaram um contig, que era representado por uma única seqüência consenso, e os singlets, seqüências unitárias que não apresentaram similaridade com nenhuma outra seqüência.Um total de 1860 ESTs foram geradas, sendo 940 da condição Normal e 920 seqüências da interação sclerotinia-feijoeiro. Destas foram consideradas apenas seqüências de ESTs que apresentaram um E value < 10-5, correspondendo a 58,51% e 46,74% do total de ESTs seqüenciadas da condição normal e interação, respectivamente. A subtração eletrônica de ESTs foi feita utilizando as seqüências da condição normal e seqüências da interação de S. sclerotiorum-feijoeiro. Os genes diferencialmente expressos foram obtidos considerando-se os contigs formados exclusivamente por normal ou interação. As seqüências consenso dos contigs e os singlets, foram comparadas com seqüências de outros organismos, utilizando o BLASTx e os bancos de dados GenBank nr; COG (Cluster of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) e MIPs (Munich Information Center for Proteins Sequences). As seqüências foram categorizadas e suas possíveis funções inferidas por analogia com outras depositadas nos bancos de dados. MenosNo Brasil, perdas na produção de diversas culturas causadas por Sclerotinia sclerotiorum vêm chamando a atenção de produtores e pesquisadores, como em lavouras de feijão e soja, irrigadas por pivô central em diversas regiões do país. Dentre as culturas comerciais afetadas, a do feijoeiro é a que mais sofre perdas na produção, sendo o número de sementes por planta e seu peso os componentes de rendimento mais afetados trazendo enorme prejuízo. O interesse em genes de fungos diferencialmente expressos durante a interação com a planta hospedeira é nutrido pela idéia que tais genes podem desempenhar um papel crucial durante o desenvolvimento da patologia. Neste sentido este trabalho objetivou a identificação e a análise de genes de S. sclerotiorum que são expressos preferentemente durante sua interação com a planta de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L) o pode permitir a detecção de genes que são potencialmente importantes para o processo de patogênese em cada uma das fases consideradas. Os bancos de cDNA foram construídos no vetor uni-direcional e de expressão ?ZAP a partir de S. sclerotiorum crescido em meio BDA (condição normal) e de S. sclerotiorum durante a infecção em plântulas de feijoeiro Os cDNAs clonados nestes fagos foram isolados e amplificados por PCR, sendo o produto submetido direto ao seqüenciamento da região 5'.Os eletroferogramas foram analisadas pelo programa PHRED e as seqüências correspondentes aos vetores foram mascaradas através do programa CrossMatch. Somente... Mostrar Tudo |
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520 $aNo Brasil, perdas na produção de diversas culturas causadas por Sclerotinia sclerotiorum vêm chamando a atenção de produtores e pesquisadores, como em lavouras de feijão e soja, irrigadas por pivô central em diversas regiões do país. Dentre as culturas comerciais afetadas, a do feijoeiro é a que mais sofre perdas na produção, sendo o número de sementes por planta e seu peso os componentes de rendimento mais afetados trazendo enorme prejuízo. O interesse em genes de fungos diferencialmente expressos durante a interação com a planta hospedeira é nutrido pela idéia que tais genes podem desempenhar um papel crucial durante o desenvolvimento da patologia. Neste sentido este trabalho objetivou a identificação e a análise de genes de S. sclerotiorum que são expressos preferentemente durante sua interação com a planta de feijoeiro (Phaseolus vulgaris L) o pode permitir a detecção de genes que são potencialmente importantes para o processo de patogênese em cada uma das fases consideradas. Os bancos de cDNA foram construídos no vetor uni-direcional e de expressão ?ZAP a partir de S. sclerotiorum crescido em meio BDA (condição normal) e de S. sclerotiorum durante a infecção em plântulas de feijoeiro Os cDNAs clonados nestes fagos foram isolados e amplificados por PCR, sendo o produto submetido direto ao seqüenciamento da região 5'.Os eletroferogramas foram analisadas pelo programa PHRED e as seqüências correspondentes aos vetores foram mascaradas através do programa CrossMatch. Somente as seqüências que apresentaram um tamanho acima de 200 nucleotídeos, com índice PHRED maior do que 20 foram selecionadas. As ESTs foram agrupadas utilizando o programa CAP3 sendo que as seqüências similares formaram um contig, que era representado por uma única seqüência consenso, e os singlets, seqüências unitárias que não apresentaram similaridade com nenhuma outra seqüência.Um total de 1860 ESTs foram geradas, sendo 940 da condição Normal e 920 seqüências da interação sclerotinia-feijoeiro. Destas foram consideradas apenas seqüências de ESTs que apresentaram um E value < 10-5, correspondendo a 58,51% e 46,74% do total de ESTs seqüenciadas da condição normal e interação, respectivamente. A subtração eletrônica de ESTs foi feita utilizando as seqüências da condição normal e seqüências da interação de S. sclerotiorum-feijoeiro. Os genes diferencialmente expressos foram obtidos considerando-se os contigs formados exclusivamente por normal ou interação. As seqüências consenso dos contigs e os singlets, foram comparadas com seqüências de outros organismos, utilizando o BLASTx e os bancos de dados GenBank nr; COG (Cluster of Orthologous Groups), GO (Gene Ontology) e MIPs (Munich Information Center for Proteins Sequences). As seqüências foram categorizadas e suas possíveis funções inferidas por analogia com outras depositadas nos bancos de dados.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Para informações adicionais entre em contato com cenargen.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
16/12/2022 |
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Data da última atualização: |
24/11/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
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Autoria: |
ANJOS, L. M. dos. |
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Título: |
Diversidade genética de Plasmopara viticola e mapeamento de QTLs de resistência ao míldio em videira (Vitis spp.). |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
2013. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Tese (Doutorado em Fitopatologia) - Universidade de Brasília, DF. Orientador: Márcio Elias Ferreira, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Conteúdo: |
A videira (Vitis vinifera L.) destaca-se entre as mais importantes espécies frutíferas cultivadas mundialmente. O míldio, causado pelo oomyceto Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni é uma das principais doenças da videira no mundo, causando sérios prejuízos à vitivinicultura. Este trabalho envolveu um conjunto de experimentos visando gerar informações para estudos genéticos do gênero Plasmopara, infectando videiras no Brasil. O Capítulo 1 teve como objetivo estudar a diversidade genética e a estrutura populacional de isolados de Plasmopara viticola que infectam vinhedos em diferentes regiões brasileiras. Para isto, 34 novos marcadores microssatélites de P. viticola foram desenvolvidos através de sequenciamento NGS (Next Generation Sequencing) seguido de montagem parcial de novo do genoma do fungo. Testes dos novos marcadores juntamente com dez controles possibilitaram a seleção de uma bateria mista de 15 marcadores que foram usados para genotipar 92 isolados de P. viticola coletados em regiões produtoras de uva no Brasil. A amostra de 92 isolados apresentou estruturação, tendo sido dividida em três subpopulações, denominadas PvG1(Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). Foi observado um grande efeito no uso de pequenas baterias de marcadores moleculares na análise genética de populações do patógeno, afetando a interpretação dos resultados de substruturação populacional. A classificação geográfica dos isolados apresenta associação com a classificação subpopulacional do patógeno. Os isolados oriundos dos Estados de São Paulo e Minas Gerais apresentam maior diversidade de subpopulações do que isolados de outras regiões tradicionais xviii no cultivo de uva no Brasil, como o Rio Grande do Sul. O emprego de ferramentas moleculares como sequenciamento NGS e marcadores moleculares contribui para uma melhor compreensão das variáveis que afetam as populações de P. viticola. O Capítulo 2 teve por objetivo construir mapas genéticos para os genitores da progênie F1 do cruzamento CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 e mapear regiões do genoma de videira que conferem resistência ao patógeno. O mapa do genitor feminino CNPUV 733-34 cobriu 1.104 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 6,69 cM. O mapa do genitor masculino CNPUV 1103-88 cobriu 958 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 7,48 cM. O fenótipo da interação patógeno-hospedeiro foi mensurado em bioensaios em ambiente controlado e infecção natural no campo. Três QTLs foram detectados por mapeamento de Intervalo Simples e Intervalo Composto no mapa genético do genitor feminino CNPUV 733-34. Um dos QTLs está localizado no GL 5, no intervalo entre os marcadores UDV041-UDV042 (LOD= 3,9) e explica 6% da variação fenotípica para resistência a P. viticola. Dois outros QTLs (C18-1 e C18-2), apresentam efeito moderado de resistência a P. viticola, foram detectados no GL 18, e explicam até 22,3% da variação fenotípica. O intervalo do QTL C18-1 (LOD= 7,6) é flanqueado pelos marcadores VMC7F2 e VVIN16, que estão separados por 5 cM. O intervalo do QTL C18-2 (LOD= 6,3) é flanqueado pelos marcadores VVIU04 e VVIN83, separados por 22 cM. O mapeamento genético de QTLs de resistência ao míldio utilizando diferentes fontes de resistência nos programas de melhoramento genético de videira é um passo importante para o aumento da eficiência de desenvolvimento de variedades resistentes ao patógeno. MenosA videira (Vitis vinifera L.) destaca-se entre as mais importantes espécies frutíferas cultivadas mundialmente. O míldio, causado pelo oomyceto Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni é uma das principais doenças da videira no mundo, causando sérios prejuízos à vitivinicultura. Este trabalho envolveu um conjunto de experimentos visando gerar informações para estudos genéticos do gênero Plasmopara, infectando videiras no Brasil. O Capítulo 1 teve como objetivo estudar a diversidade genética e a estrutura populacional de isolados de Plasmopara viticola que infectam vinhedos em diferentes regiões brasileiras. Para isto, 34 novos marcadores microssatélites de P. viticola foram desenvolvidos através de sequenciamento NGS (Next Generation Sequencing) seguido de montagem parcial de novo do genoma do fungo. Testes dos novos marcadores juntamente com dez controles possibilitaram a seleção de uma bateria mista de 15 marcadores que foram usados para genotipar 92 isolados de P. viticola coletados em regiões produtoras de uva no Brasil. A amostra de 92 isolados apresentou estruturação, tendo sido dividida em três subpopulações, denominadas PvG1(Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). Foi observado um grande efeito no uso de pequenas baterias de marcadores moleculares na análise genética de populações do patógeno, afetando a interpretação dos resultados de substruturação populacional. A classificação geográfica dos isolados apresenta associação com a classificação subpo... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Diversidade; Diversity; Estrutura genética de populações; Genetic mapping; Grapevine; Mapeamento genético; Marcadores microssatélites; Microsatellite markers; Population genetic structure; Sequenciamento; Sequencing. |
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Thesagro: |
Míldio; Uva. |
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Thesaurus NAL: |
Downy mildew; Plasmopara viticola. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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520 $aA videira (Vitis vinifera L.) destaca-se entre as mais importantes espécies frutíferas cultivadas mundialmente. O míldio, causado pelo oomyceto Plasmopara viticola (Berk & Curtis.) Berl. & de Toni é uma das principais doenças da videira no mundo, causando sérios prejuízos à vitivinicultura. Este trabalho envolveu um conjunto de experimentos visando gerar informações para estudos genéticos do gênero Plasmopara, infectando videiras no Brasil. O Capítulo 1 teve como objetivo estudar a diversidade genética e a estrutura populacional de isolados de Plasmopara viticola que infectam vinhedos em diferentes regiões brasileiras. Para isto, 34 novos marcadores microssatélites de P. viticola foram desenvolvidos através de sequenciamento NGS (Next Generation Sequencing) seguido de montagem parcial de novo do genoma do fungo. Testes dos novos marcadores juntamente com dez controles possibilitaram a seleção de uma bateria mista de 15 marcadores que foram usados para genotipar 92 isolados de P. viticola coletados em regiões produtoras de uva no Brasil. A amostra de 92 isolados apresentou estruturação, tendo sido dividida em três subpopulações, denominadas PvG1(Fst=0,56), PvG2 (Fst=0,25) e PvG3 (Fst=0,24). Foi observado um grande efeito no uso de pequenas baterias de marcadores moleculares na análise genética de populações do patógeno, afetando a interpretação dos resultados de substruturação populacional. A classificação geográfica dos isolados apresenta associação com a classificação subpopulacional do patógeno. Os isolados oriundos dos Estados de São Paulo e Minas Gerais apresentam maior diversidade de subpopulações do que isolados de outras regiões tradicionais xviii no cultivo de uva no Brasil, como o Rio Grande do Sul. O emprego de ferramentas moleculares como sequenciamento NGS e marcadores moleculares contribui para uma melhor compreensão das variáveis que afetam as populações de P. viticola. O Capítulo 2 teve por objetivo construir mapas genéticos para os genitores da progênie F1 do cruzamento CNPUV 733-34 x CNPUV 1103-88 e mapear regiões do genoma de videira que conferem resistência ao patógeno. O mapa do genitor feminino CNPUV 733-34 cobriu 1.104 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 6,69 cM. O mapa do genitor masculino CNPUV 1103-88 cobriu 958 cM do genoma de videira, com distância média entre marcadores de 7,48 cM. O fenótipo da interação patógeno-hospedeiro foi mensurado em bioensaios em ambiente controlado e infecção natural no campo. Três QTLs foram detectados por mapeamento de Intervalo Simples e Intervalo Composto no mapa genético do genitor feminino CNPUV 733-34. Um dos QTLs está localizado no GL 5, no intervalo entre os marcadores UDV041-UDV042 (LOD= 3,9) e explica 6% da variação fenotípica para resistência a P. viticola. Dois outros QTLs (C18-1 e C18-2), apresentam efeito moderado de resistência a P. viticola, foram detectados no GL 18, e explicam até 22,3% da variação fenotípica. O intervalo do QTL C18-1 (LOD= 7,6) é flanqueado pelos marcadores VMC7F2 e VVIN16, que estão separados por 5 cM. O intervalo do QTL C18-2 (LOD= 6,3) é flanqueado pelos marcadores VVIU04 e VVIN83, separados por 22 cM. O mapeamento genético de QTLs de resistência ao míldio utilizando diferentes fontes de resistência nos programas de melhoramento genético de videira é um passo importante para o aumento da eficiência de desenvolvimento de variedades resistentes ao patógeno.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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