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| Registros recuperados : 27 | |
| 4. |  | MONTEIRO, P. C.; MAJOLO, C.; CHAVES, F. C. M.; CHAGAS, E. C. In vitro antimicrobial activity of ethanol extracts of Lippia sidoides, Ocimum gratissimum and Zingiber officinale against isolates of Aeromonas spp. Scientia Amazonia, v. 9, n. 4, CA25-CA34, 2020. Título em português: Atividade antimicrobiana in vitro de extratos etanólicos de Lippia sidoides, Ocimum gratissimum e Zingiber officinale contra isolados de Aeromonas spp.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 5. | | MAJOLO, C.; SILVA, A. M. S.; MONTEIRO, P. C.; BRANDÃO, F. R.; CHAVES, F. C. M.; CHAGAS, E. C. Atividade antibacteriana do óleo essencial e extratos de Lippia sidoides (Cham.) Verbenaceae e do timol frente à Aeromonas hydrophila. Biota Amazônia, v. 10, n. 2, p. 46-49, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 6. | | SILVA, A. M. S. da; MAJOLO, C.; CHAGAS, E. C.; MONTEIRO, P. C.; BRANDÃO, F. R.; FARIAS, C. F. S. Atividade antiparasitária de quimioterápicos sobre acantocéfalos. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 14., 2017, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2018. p. 173-183.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 7. | | MONTEIRO, P. C.; MAJOLO, C.; CHAVES, F. C. M.; BIZZO, H. R.; O'SULLIVAN, F. L. A.; CHAGAS, E. C. Antimicrobial activity of essential oils from Lippia sidoides, Ocimum gratissimum and Zingiber officinale against Aeromonas spp. Journal of Essential Oil Research, v. 33, n. 2, p. 152-161, 2021. Early access icon nov. 2020. Atualizado em 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 8. | | CHAGAS, E. C.; PEREIRA, S. L. A.; BENAVIDES, M. V.; BRANDÃO, F. R.; MONTEIRO, P. C.; MACIEL, P. O. Neoechinorhynchus buttnerae parasitic infection in tambaqui (Colossoma macropomum) on fish farms in the state of Amazonas. Boletim do Instituto de Pesca, v. 45, n. 2, e499, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Pecuária Sul; Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Roraima. |
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| 9. | | CHAGAS, E. C.; MACIEL, P. O.; PEREIRA, S. L. A.; BENAVIDES, M. V.; BRANDÃO, F. R.; MONTEIRO, P. C. Parasitismo por Neoechinorhynchus buttnerae em tambaqui (Colossoma macropomum) de três pisciculturas do Estado do Amazonas. In: ENCONTRO BRASILEIRO DE PATOLOGISTAS DE ORGANISMOS AQUÁTICOS, 15., 2018, Rio de Janeiro. Biodiversidade, meio ambiente e sanidade: anais. São Paulo: Abrapoa, 2018. XV ENBRAPOA.| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura; Embrapa Roraima. |
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| 11. | | FARIAS, C. F. S.; BRANDÃO, F. R.; MONTEIRO, P. C.; MAJOLO, C.; CHAVES, F. C. M.; CHAGAS, E. C. Respostas fisiológicas de tambaquis (Colossoma macropomum) submetidos ao transporte sob influência do óleo essencial de Lippia alba. In: JORNADA DE INICIAÇÃO CIENTIFICA DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 13., 2016, Manaus. Anais... Brasília, DF: Embrapa, 2017. p. 79-80.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 13. | | OLIVEIRA, M. I. B. de; MONTEIRO, P. C.; MATOS, L. V. de; SILVA, G. S. da; CHAGAS, E. C. Avaliação semiquantitiva dos danos histológicos no fígado do tambaqui Colossoma macropomum, após desafio bacteriano e tratamento com óleos essenciais. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 8., 2018, Natal. Resumos aprovados. [S.l.: Aquabio], 2018. AQUACIÊNCIA 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 16. | | FARIAS, C. F. S.; BRANDÃO, F. R.; SEBASTIÃO, F. de A.; SOUZA, D. C. de M.; MONTEIRO, P. C.; MAJOLO, C.; CHAGAS, E. C. Albendazole and praziquantel for the control of Neoechinorhynchus buttnerae in tambaqui (Colossoma macropomum). Aquaculture International, v. 29, p. 1495-1505, 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 17. | | MAJOLO, C.; MONTEIRO, P. C.; NASCIMENTO, A. V. P. do; CHAVES, F. C. M.; GAMA, P. E.; BIZZO, H. R.; CHAGAS, E. C. Essential oils from five Brazilian Piper species as antimicrobials against strains of Aeromonas hydrophila. Journal of Essential Oil Bearing Plants, v. 22, n. 3, p. 746-761, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 18. | | CHAGAS, E. C.; MAJOLO, C.; MONTEIRO, P. C.; OLIVEIRA, M. R. de; GAMA, P. E.; BIZZO, H. R.; CHAVES, F. C. M. Composition of essential oils of Mentha species and their antimicrobial activity against Aeromonas spp. Journal of Essential Oil Research, v. 32, n. 3, p. 209-215, 2020.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 19. | | MONTEIRO, P. C.; BRANDÃO, F. R.; FARIAS, C. F. S.; MAJOLO, C.; OLIVEIRA, M. R. de; CHAVES, F. C. M.; CHAGAS, E. C. Avaliação do óleo essencial Ocimum gratissimum sobre os parâmetros hematológicos e bioquímicos de Colossoma macropomum desafiados com Aeromonas hydrophila. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AQUICULTURA E BIOLOGIA AQUÁTICA, 8., 2018, Natal. Resumos aprovados. [S.l.: Aquabio], 2018. AQUACIÊNCIA 2018.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| 20. | | MONTEIRO, P. C.; BRANDÃO, F. R.; FARIAS, C. F. S.; SEBASTIÃO, F. de A.; MAJOLO, C.; DAIRIKI, J. K.; OLIVEIRA, M. R. de; CHAVES, F. C. M.; O'SULLIVAN, F. L. A.; MARTINS, M. L.; CHAGAS, E. C. Dietary supplementation with essential oils of Lippia sidoides, Ocimum gratissimum and Zingiber officinale on the growth and hemato-immunological parameters of Colossoma macropomum challenged with Aeromonas hydrophila. Aquaculture Reports, v. 19, Art. 100561, March 2021.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental. |
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| Registros recuperados : 27 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500
001 2148053
005 2022-11-07
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886$2DOI
100 1 $aBRUSCADIN, J. J.
245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits.
650 $aCattle
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700 1 $aCARDOSO, T. F.
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700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
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700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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