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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Unidades Centrais. |
Data corrente: |
31/08/2015 |
Data da última atualização: |
25/05/2017 |
Autoria: |
PEREIRA, G. da S.; CAZÉ, A. L. R.; SILVA, M. G. da; ALMEIDA, V. C.; MAGALHAES, F. O. da C.; SILVA FILHO, J. L. da; BARROSO, P. A. V.; HOFFMANN, L. V. |
Afiliação: |
GULHERME DA SILVA PEREIRA, Universidade Estadual da Paraíba; ANA LUÍZA RAMOS CAZÉ, Universidade Estadual da Paraíba; MICHELLE GARCIA DA SILVA, Universidade Estadual da Paraíba; VANESSA CAVALCANTE ALMEIDA, Universidade Estadual da Paraíba; FERNANDA OLIVEIRA DA C MAGALHAES, CNPA; JOAO LUIS DA SILVA FILHO, CNPA; PAULO AUGUSTO VIANNA BARROSO, CNPA; LUCIA VIEIRA HOFFMANN, CNPA. |
Título: |
Optimal use of SSR markers for varietal identification of upland cotton. |
Ano de publicação: |
2015 |
Fonte/Imprenta: |
Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 50, n. 7, p. 571-581, jul. 2015. |
Idioma: |
Inglês |
Notas: |
Título em português: Uso otimizado de marcadores SSR para identificação varietal de algodoeiro herbáceo. |
Conteúdo: |
The objective of this work was to identify polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers for varietal identification of cotton and evaluation of the genetic distance among the varieties. Initially, 92 SSR markers were genotyped in 20 Brazilian cotton cultivars. Of this total, 38 loci were polymorphic, two of which were amplified by one primer pair; the mean number of alleles per locus was 2.2. The values of polymorphic information content (PIC) and discrimination power (DP) were, on average, 0.374 and 0.433, respectively. The mean genetic distance was 0.397 (minimum of 0.092 and maximum of 0.641). A panel of 96 varieties originating from different regions of the world was assessed by 21 polymorphic loci derived from 17 selected primer pairs. Among these varieties, the mean genetic distance was 0.387 (minimum of 0 and maximum of 0.786). The dendrograms generated by the unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) did not reflect the regions of Brazil (20 genotypes) or around the world (96 genotypes), where the varieties or lines were selected. Bootstrap resampling shows that genotype identification is viable with 19 loci. The polymorphic markers evaluated are useful to perform varietal identification in a large panel of cotton varieties and may be applied in studies of the species diversity. |
Palavras-Chave: |
Cultivar discrimination; Intraspecific polymorhism; Microsatellite; Microssatélite; Polimorfismo intraespecífico. |
Thesagro: |
Gossypium Hirsutum. |
Thesaurus Nal: |
Microsatellite repeats. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/128830/1/Optimal-use-of-SSR-markers.pdf
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Marc: |
LEADER 02344naa a2200301 a 4500 001 2022939 005 2017-05-25 008 2015 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aPEREIRA, G. da S. 245 $aOptimal use of SSR markers for varietal identification of upland cotton. 260 $c2015 500 $aTítulo em português: Uso otimizado de marcadores SSR para identificação varietal de algodoeiro herbáceo. 520 $aThe objective of this work was to identify polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers for varietal identification of cotton and evaluation of the genetic distance among the varieties. Initially, 92 SSR markers were genotyped in 20 Brazilian cotton cultivars. Of this total, 38 loci were polymorphic, two of which were amplified by one primer pair; the mean number of alleles per locus was 2.2. The values of polymorphic information content (PIC) and discrimination power (DP) were, on average, 0.374 and 0.433, respectively. The mean genetic distance was 0.397 (minimum of 0.092 and maximum of 0.641). A panel of 96 varieties originating from different regions of the world was assessed by 21 polymorphic loci derived from 17 selected primer pairs. Among these varieties, the mean genetic distance was 0.387 (minimum of 0 and maximum of 0.786). The dendrograms generated by the unweighted pair group method with arithmetic average (UPGMA) did not reflect the regions of Brazil (20 genotypes) or around the world (96 genotypes), where the varieties or lines were selected. Bootstrap resampling shows that genotype identification is viable with 19 loci. The polymorphic markers evaluated are useful to perform varietal identification in a large panel of cotton varieties and may be applied in studies of the species diversity. 650 $aMicrosatellite repeats 650 $aGossypium Hirsutum 653 $aCultivar discrimination 653 $aIntraspecific polymorhism 653 $aMicrosatellite 653 $aMicrossatélite 653 $aPolimorfismo intraespecífico 700 1 $aCAZÉ, A. L. R. 700 1 $aSILVA, M. G. da 700 1 $aALMEIDA, V. C. 700 1 $aMAGALHAES, F. O. da C. 700 1 $aSILVA FILHO, J. L. da 700 1 $aBARROSO, P. A. V. 700 1 $aHOFFMANN, L. V. 773 $tPesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF$gv. 50, n. 7, p. 571-581, jul. 2015.
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Registro original: |
Embrapa Unidades Centrais (AI-SEDE) |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
Data corrente: |
27/12/2005 |
Data da última atualização: |
27/12/2005 |
Autoria: |
VINECKY, F.; BRITO, K. M. de; SILVA, F. R. da; ANDRADE, A. C. |
Título: |
Análise in silico de genes potencialmente envolvidos na resposta aos estresses abióticos, presentes na base de dados do genoma café. |
Ano de publicação: |
2005 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília: Embrapa Café, 2005. |
Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Núcleo: Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café, p. 1. |
Palavras-Chave: |
Bioinformática; Estresses abióticos; Melhoramento genético; Tolerância a seca; Transcriptoma. |
Thesagro: |
Biotecnologia. |
Thesaurus NAL: |
Coffea. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 00862nam a2200241 a 4500 001 1186642 005 2005-12-27 008 2005 bl uuuu u01u1 u #d 100 1 $aVINECKY, F. 245 $aAnálise in silico de genes potencialmente envolvidos na resposta aos estresses abióticos, presentes na base de dados do genoma café. 260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 4., 2005, Londrina. Anais... Brasília: Embrapa Café$c2005 300 $c1 CD-ROM. 500 $aNúcleo: Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café, p. 1. 650 $aCoffea 650 $aBiotecnologia 653 $aBioinformática 653 $aEstresses abióticos 653 $aMelhoramento genético 653 $aTolerância a seca 653 $aTranscriptoma 700 1 $aBRITO, K. M. de 700 1 $aSILVA, F. R. da 700 1 $aANDRADE, A. C.
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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