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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
Data corrente: |
29/01/2019 |
Data da última atualização: |
29/01/2019 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
CARVALHO, J. C. de; COSTA, L. S. A. S.; CHIARAMONTE, J. B.; ROSSMANN, M.; MENDES, R. |
Afiliação: |
JULIANA CARNEIRO DE CARVALHO, IB-UNICAMP; LILIAN SIMARA ABREU SOARES COSTA, UFLA; JOSIANE BARROS CHIARAMONTE, UEM; MIKE ROSSMANN, UFV; RODRIGO MENDES, CNPMA. |
Título: |
Impacto da domesticação do trigo em sua interação com bactérias benéficas da rizosfera. |
Ano de publicação: |
2018 |
Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 12., 2018, Campinas. Anais... Campinas: Instituto Agronômico, 2018. Nº 18407. |
Páginas: |
p. 1-12. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Resumo: O processo de domesticação do trigo, como outras espécies cultivadas, está relacionado à formação de civilizações sedentárias. A domesticação consiste na seleção de caracteres fenotípicos úteis para uso humano. A transição do ambiente natural para sistemas de produção modernos geram diversas mudanças no ambiente que podem acarretar em impactos na microbiota do solo cultivado. As plantas vivem em associação com microrganismos que auxiliam em funções como defesa, saúde e crescimento da planta, e esta associação deve-se a um longo processo de coevolução. Assumindo que existe a dependência dessa microbiota, acredita-se que cultivares modernos perderam algumas características para recrutar microrganismos específicos do hospedeiro durante o processo de domesticação. Trabalhos anteriores indicaram que os genótipos crioulos recrutam um microbioma diferente e mais complexo dos que os cultivares modernos. O objetivo deste trabalho foi acessar membros bacterianos do microbioma de quatro genótipos de trigo, dois ancestrais e dois modernos através da abordagem dependente de cultivo e identificar características benéficas nos isolados de bactéria através de testes. A ideia é que através deste trabalho, em conjunto com outros, seja possível obter informações sobre a diversidade microbiana e a descoberta de organismos benéficos que no futuro poderão ser utilizados como probióticos para o crescimento de plantas. Abstract: Wheat?s domestication process, like other cultivated species, is related to the formation of sedentary civilizations. Domestication consists in the selection of useful phenotypic characters for human use. The transition from the natural environment to modern production systems generate s several changes in the environment that can lead to impacts on the microbiota that lives in the cultivated soil. Plants live in association with microorganisms that aid in functions such as defense, health and plant growth, and this association is due to years of coevolution. Assuming that there is dependence between plants and microbiota, it is believed that modern cultivars have lost some traits to recruit host - specific microorganisms during domestication process. Previous work has indicated that wild genotypes recruit a different and more complex microbiome than modern cultivars. The objective of this work was to access bacterial members of the microbiome of four wheat genotypes, two ancestors and two modern through the culture dependent approach and to identify beneficial characteristics in the bacterial isolates through tests. The idea is that through this work, together with others, it will be possible to obtain information on the microbial diversity and the discovery of beneficial organisms that in the future could be used as probiotics for the growth of plants. MenosResumo: O processo de domesticação do trigo, como outras espécies cultivadas, está relacionado à formação de civilizações sedentárias. A domesticação consiste na seleção de caracteres fenotípicos úteis para uso humano. A transição do ambiente natural para sistemas de produção modernos geram diversas mudanças no ambiente que podem acarretar em impactos na microbiota do solo cultivado. As plantas vivem em associação com microrganismos que auxiliam em funções como defesa, saúde e crescimento da planta, e esta associação deve-se a um longo processo de coevolução. Assumindo que existe a dependência dessa microbiota, acredita-se que cultivares modernos perderam algumas características para recrutar microrganismos específicos do hospedeiro durante o processo de domesticação. Trabalhos anteriores indicaram que os genótipos crioulos recrutam um microbioma diferente e mais complexo dos que os cultivares modernos. O objetivo deste trabalho foi acessar membros bacterianos do microbioma de quatro genótipos de trigo, dois ancestrais e dois modernos através da abordagem dependente de cultivo e identificar características benéficas nos isolados de bactéria através de testes. A ideia é que através deste trabalho, em conjunto com outros, seja possível obter informações sobre a diversidade microbiana e a descoberta de organismos benéficos que no futuro poderão ser utilizados como probióticos para o crescimento de plantas. Abstract: Wheat?s domestication process, like other cultivated species, ... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Domesticação de plantas; Interação planta-microbioma; Microbioma da rizosfera. |
Thesagro: |
Rizosfera; Trigo. |
Thesaurus Nal: |
Domestication; Microbiome; Soil-plant interactions; Wheat. |
Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/191530/1/2018AA41.pdf
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Marc: |
LEADER 03781nam a2200277 a 4500 001 2105014 005 2019-01-29 008 2018 bl uuuu u00u1 u #d 100 1 $aCARVALHO, J. C. de 245 $aImpacto da domesticação do trigo em sua interação com bactérias benéficas da rizosfera.$h[electronic resource] 260 $aIn: CONGRESSO INTERINSTITUCIONAL DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 12., 2018, Campinas. Anais... Campinas: Instituto Agronômico, 2018. Nº 18407.$c2018 300 $ap. 1-12. 520 $aResumo: O processo de domesticação do trigo, como outras espécies cultivadas, está relacionado à formação de civilizações sedentárias. A domesticação consiste na seleção de caracteres fenotípicos úteis para uso humano. A transição do ambiente natural para sistemas de produção modernos geram diversas mudanças no ambiente que podem acarretar em impactos na microbiota do solo cultivado. As plantas vivem em associação com microrganismos que auxiliam em funções como defesa, saúde e crescimento da planta, e esta associação deve-se a um longo processo de coevolução. Assumindo que existe a dependência dessa microbiota, acredita-se que cultivares modernos perderam algumas características para recrutar microrganismos específicos do hospedeiro durante o processo de domesticação. Trabalhos anteriores indicaram que os genótipos crioulos recrutam um microbioma diferente e mais complexo dos que os cultivares modernos. O objetivo deste trabalho foi acessar membros bacterianos do microbioma de quatro genótipos de trigo, dois ancestrais e dois modernos através da abordagem dependente de cultivo e identificar características benéficas nos isolados de bactéria através de testes. A ideia é que através deste trabalho, em conjunto com outros, seja possível obter informações sobre a diversidade microbiana e a descoberta de organismos benéficos que no futuro poderão ser utilizados como probióticos para o crescimento de plantas. Abstract: Wheat?s domestication process, like other cultivated species, is related to the formation of sedentary civilizations. Domestication consists in the selection of useful phenotypic characters for human use. The transition from the natural environment to modern production systems generate s several changes in the environment that can lead to impacts on the microbiota that lives in the cultivated soil. Plants live in association with microorganisms that aid in functions such as defense, health and plant growth, and this association is due to years of coevolution. Assuming that there is dependence between plants and microbiota, it is believed that modern cultivars have lost some traits to recruit host - specific microorganisms during domestication process. Previous work has indicated that wild genotypes recruit a different and more complex microbiome than modern cultivars. The objective of this work was to access bacterial members of the microbiome of four wheat genotypes, two ancestors and two modern through the culture dependent approach and to identify beneficial characteristics in the bacterial isolates through tests. The idea is that through this work, together with others, it will be possible to obtain information on the microbial diversity and the discovery of beneficial organisms that in the future could be used as probiotics for the growth of plants. 650 $aDomestication 650 $aMicrobiome 650 $aSoil-plant interactions 650 $aWheat 650 $aRizosfera 650 $aTrigo 653 $aDomesticação de plantas 653 $aInteração planta-microbioma 653 $aMicrobioma da rizosfera 700 1 $aCOSTA, L. S. A. S. 700 1 $aCHIARAMONTE, J. B. 700 1 $aROSSMANN, M. 700 1 $aMENDES, R.
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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Biblioteca |
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Cutter |
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Status |
URL |
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Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
Data corrente: |
31/08/2022 |
Data da última atualização: |
17/11/2022 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
A - 1 |
Autoria: |
VIGNATO, B. S.; CESAR, A. S. M.; AFONSO, J.; MOREIRA, G. C. M.; POLETI, M. D.; PETRINI, J.; GARCIA, I. S.; CLEMENTE, L. G.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
Afiliação: |
BÁRBARA SILVA VIGNATO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ALINE SILVA MELLO CESAR, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA AFONSO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; GABRIEL COSTA MONTEIRO MOREIRA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; MIRELE DAIANA POLETI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JULIANA PETRINI, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; INGRID SOARES GARCIA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUAN GASPAR CLEMENTE, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO. |
Título: |
Integrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness. |
Ano de publicação: |
2022 |
Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 13, 935238, aug. 2022. |
Páginas: |
15 p. |
DOI: |
10.3389/fgene.2022.935238 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
Understanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle. MenosUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
Backfat thickness; Carcass and meat quality; Expression quantitative trait loci; Intramuscular fat content; Nellore cattle; RNA Seq; SNP. |
Thesaurus NAL: |
Nellore. |
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1145918/1/IntegrativeAnalysisGenome.pdf
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Marc: |
LEADER 02780naa a2200361 a 4500 001 2145918 005 2022-11-17 008 2022 bl uuuu u00u1 u #d 024 7 $a10.3389/fgene.2022.935238$2DOI 100 1 $aVIGNATO, B. S. 245 $aIntegrative analysis between genome-wide association study and expression quantitative trait Loci reveals bovine muscle gene expression regulatory polymorphisms associated with intramuscular fat and backfat thickness.$h[electronic resource] 260 $c2022 300 $a15 p. 520 $aUnderstanding the architecture of gene expression is fundamental to unravel the molecular mechanisms regulating complex traits in bovine, such as intramuscular fat content (IMF) and backfat thickness (BFT). These traits are economically important for the beef industry since they affect carcass and meat quality. Our main goal was to identify gene expression regulatory polymorphisms within genomic regions (QTL) associated with IMF and BFT in Nellore cattle. For that, we used RNA-Seq data from 193 Nellore steers to perform SNP calling analysis. Then, we combined the RNA-Seq SNP and a high-density SNP panel to obtain a new dataset for further genome-wide association analysis (GWAS), totaling 534,928 SNPs. GWAS was performed using the Bayes B model. Twenty-one relevant QTL were associated with our target traits. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis was performed using Matrix eQTL with the complete SNP dataset and 12,991 genes, revealing a total of 71,033 cis and 36,497 trans-eQTL (FDR < 0.05). Intersecting with QTL for IMF, we found 231 eQTL regulating the expression levels of 117 genes. Within those eQTL, three predicted deleterious SNPs were identified. We also identified 109 eQTL associated with BFT and affecting the expression of 54 genes. This study revealed genomic regions and regulatory SNPs associated with fat deposition in Nellore cattle. We highlight the transcription factors FOXP4, FOXO3, ZSCAN2, and EBF4, involved in lipid metabolism-related pathways. These results helped us to improve our knowledge about the genetic architecture behind important traits in cattle. 650 $aNellore 653 $aBackfat thickness 653 $aCarcass and meat quality 653 $aExpression quantitative trait loci 653 $aIntramuscular fat content 653 $aNellore cattle 653 $aRNA Seq 653 $aSNP 700 1 $aCESAR, A. S. M. 700 1 $aAFONSO, J. 700 1 $aMOREIRA, G. C. M. 700 1 $aPOLETI, M. D. 700 1 $aPETRINI, J. 700 1 $aGARCIA, I. S. 700 1 $aCLEMENTE, L. G. 700 1 $aMOURÃO, G. B. 700 1 $aREGITANO, L. C. de A. 700 1 $aCOUTINHO, L. L. 773 $tFrontiers in Genetics$gv. 13, 935238, aug. 2022.
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