BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente:  25/02/2014
Data da última atualização:  20/05/2014
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; PEREIRA, J. G. C.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G.
Afiliação:  FÁBIO R. DE MORAES, IB/Unicamp, CNPTIA; IZABELLA A. P. NESHICH, IB/Unicamp, CNPTIA; IVAN MAZONI, IB/Unicamp, CNPTIA; INÁCIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; JOSÉ G. C. PEREIRA, IB/Unicamp, CNPTIA; JOSÉ A. SALIM, Unicamp; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA.
Título:  Improving predictions of protein-protein interfaces by combining amino acid-specific classifiers based on structural and physicochemical descriptors with their weighted neighbor averages.
Ano de publicação:  2014
Fonte/Imprenta:  Plos One, San Francisco, v. 9, n. 1, p. 1-15, Jan. 2014.
ISBN:  10.1371/journal.pone.0087107
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Protein-protein interactions are involved in nearly all regulatory processes in the cell and are considered one of the most important issues in molecular biology and pharmaceutical sciences but are still not fully understood. Structural and computational biology contributed greatly to the elucidation of the mechanism of protein interactions. In this paper, we present a collection of the physicochemical and structural characteristics that distinguish interface-forming residues (IFR) from free surface residues (FSR). We formulated a linear discriminative analysis (LDA) classifier to assess whether chosen descriptors from the BlueStar STING database (http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/) are suitable for such a task. Receiver operating characteristic (ROC) analysis indicates that the particular physicochemical and structural descriptors used for building the linear classifier perform much better than a random classifier and in fact, successfully outperform some of the previously published procedures, whose performance indicators were recently compared by other research groups. The results presented here show that the selected set of descriptors can be utilized to predict IFRs, even when homologue proteins are missing (particularly important for orphan proteins where no homologue is available for comparative analysis/indication) or, when certain conformational changes accompany interface formation. The development of amino acid type specific classifiers is shown to increase IFR... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Interações proteína-proteína.
Thesagro:  Biologia.
Thesaurus Nal:  Biological sciences; Proteins.
Categoria do assunto:  S Ciências Biológicas
URL:  https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/981215/1/journal.pone.0087107.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPTIA17825 - 1UPCAP - DD
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61.Imagem marcado/desmarcadoROCHA, M. de Q.; XAVIER, J. J. B. N.; BARRETO, J. F.; DIAS, M. C. Avaliação da velocidade de deterioração pós-colheita em mandioca do teste avançado de produtividade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 11., 2005, Campo Grande. Ciência e tecnologia para a raiz do Brasil: anais. Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste, 2005. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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62.Imagem marcado/desmarcadoROCHA, M. de Q.; XAVIER, J. J. B. N.; BARRETO, J. F.; DIAS, M. C. Avaliação da velocidade de deterioração pós-colheita em mandioca do teste avançado de produtividade. In: REUNIÃO REGIONAL DA SBPC, 2005, Manaus. Meu ambiente amazônico: educação para ciência, tecnologia e inovação. Manaus: Universidade Federal do Amazonas, 2005. p. 21-22. Pôster 07.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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63.Imagem marcado/desmarcadoSTEPHAN, M. P.; DIAS, M. C.; ALBERTO, G.; BENASSI, V. T.; ALMEIDA, D. L. Aproveitamento das ramas de cenoura para fortificação de biscoitos: analise da produção, composição mineral e proteica. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE CIENCIA E TECNOLOGIA DE ALIMENTOS, 15., 1996, Poços de Caldas, MG. Resumos... Poços de Caldas: SBCTA, 1996. p.49, ref. 143.
Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos.
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64.Imagem marcado/desmarcadoCOSTA, N. P. da; FRANCA NETO, J. de B.; TURKIEWICZ, L.; DIAS, M. C. de L. Antecipacao da colheita atraves do uso de dessecantes. In: EMBRAPA. Centro Nacional de Pesquisa de Soja (Londrina, PR). Resultados de pesquisa de soja 1979/80. Londrina, 1980. p.56-59.
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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65.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; OLIVEIRA, I. J. de; PAMPLONA, A. M. S. R. Avaliação da produção e da incidência da podridão radicular em genótipos de mandioca (Manihot esculenta Crantz) cultivados em dois sistemas de preparo de solo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 15., 2013, Salvador. Inovação e sustentabilidade: da raiz ao amido: trabalhos apresentados. Salvador: SBM: Embrapa, 2013. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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66.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; PAMPLONA, A. M. S. R.; GUIMARAES, R. dos R. Avaliação e seleção de clones de mandioca em propriedade familiar no município de Manacapuru, AM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 13., 2009, Botucatu. Inovações e desafios: compêndio dos anais... Revista Raízes e Amidos Tropicais, v. 5, p. 241-245, jul. 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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67.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; XAVIER, J. J. B. N. Avaliação e seleção de cultivares de macaxeira para tempo de cozimento e padrão de massa cozida, em Manaus-AM. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 12., 2007, Paranavaí. Mandioca: bioenergia, alimento e renda. Paranavaí: Prefeitura: Sociedade Brasileira de Mandioca: IAPAR: CETEM, 2007. 1 CD-ROM.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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68.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; PAMPLONA, A. M. S. R. Avaliação e seleção de variedades e híbridos de mandioca no Estado do Amazonas. In: REUNIÃO TÉCNICA DE PESQUISA E DESENVOLVIMENTO DA EMBRAPA AMAZÔNIA OCIDENTAL, 4., 2009, Manaus. Anais... Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2009. p. 108-109. (Embrapa Amazônia Ocidental. Documentos, 73).
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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69.Imagem marcado/desmarcadoMARTINS, G. C.; BARRETO, J. F.; DIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N. Avaliação de cultivares/linhagens de arroz de sequeiro no Estado do Amazonas. Manaus: EMBRAPA-CPAA, 1998. 6 p. (EMBRAPA-CPAA. Pesquisa em Andamento, 40).
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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70.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; XAVIER, J. J. B. N. Agricultura familiar no Amazonas: cultivo de feijão caupi em várzea: cultivar BR 8-Caldeirão. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2002. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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71.Imagem marcado/desmarcadoXAVIER, J. J. B. N.; DIAS, M. C.; BARRETO, J. F. Agricultura familiar no Amazonas: cultivo de mandioca. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2002. 2 folders.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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72.Imagem marcado/desmarcadoBARRETO, J. F.; DIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N. Agricultura familiar no Amazonas: cultivo de milho em várzea. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2002. 1 folder.
Tipo: Folder/Folheto/Cartilha
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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73.Imagem marcado/desmarcadoSOUSA, S. B. de; SOUSA, N. R.; DIAS, M. C.; SILVA, G. F. da. Análise e caracterização da proteína hidroxinitrila liase (HNL) relacionada a cianogenese em mandioca (Manihot esculenta Crantz). In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MANDIOCA, 13., 2009, Botucatu. Inovações e desafios: compêndio dos anais... Revista Raízes e Amidos Tropicais, v. 5, p. 746-750, jul. 2009.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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74.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N.; BARRETO, J. F. Aspectos da qualidade e produtividade do setor mandioqueiro no Amazonas. In: APOSTILA culturas alimentares. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2003. Não paginada. Documento 3.
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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75.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; XAVIER, J. J. B. N. Recomendação técnica para juta. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2008. 4 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Comunicado Técnico, 65).
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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76.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; XAVIER, J. J. B. N. Recomendação técnica para malva. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2008. 4 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Comunicado Técnico, 66).
Tipo: Comunicado Técnico/Recomendações Técnicas
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental.
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77.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, I. J. de; FONTES, J. R. A.; DIAS, M. C.; BARRETO, J. F. Recomendações técnicas para o cultivo de feijão-caupi no Estado do Amazonas. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2019. 30 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Circular técnica, 71). ODS.
Tipo: Circular Técnica
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78.Imagem marcado/desmarcadoDIAS, M. C.; XAVIER, J. J. B. N.; BARRETO, J. F.; PAMPLONA, A. M. S. R. Recomendações técnicas do cultivo de mandioca para o Amazonas. Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 2004. 24 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Circular Técnica, 23).
Tipo: Circular Técnica
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79.Imagem marcado/desmarcadoTAVARES, A. M.; DIAS, M. C.; BARRETO, J. F.; AGUILAR, J. A. D.; PEREIRA, L. S. Resistência de acessos do banco ativo de germoplasma de mandioca à broca das hastes Coelosternus granicollis (Pierce, 1916) (Coleoptera: Curculionidae). Manaus: Embrapa Amazônia Ocidental, 1999. 4 p. (Embrapa Amazônia Ocidental. Instruções Técnicas, 7).
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80.Imagem marcado/desmarcadoOLIVEIRA, I. J. de; DIAS, M. C.; PAMPLONA, A. M. S. R. Seleção de genótipos de feijão-caupi para adaptabilidade e estabilidade produtiva no Estado do Amazonas. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 7., 2013, Uberlândia. Variedade melhorada: a força da nossa agricultura: anais. Viçosa, MG: SBMP, 2013. p. 1853-1856.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
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