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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
07/12/2007 |
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Data da última atualização: |
11/05/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MELO, R. C.; RIBEIRO, C.; MURRAY, C. S.; VELOSO, C. J. M.; SILVEIRA, C. H. da; NESHICH, G.; MEIRA JUNIOR, W.; CARCERONI, R. L.; SANTORO, M. M. |
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Afiliação: |
UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; UFMG; GORAN NESHICH, CNPTIA; UFMG; UFMG; UFMG. |
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Título: |
Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 6, n. 4, p. 946-963, 2007. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
We propose a novel method for defining patterns of contacts present in protein-protein complexes. A new use of the traditional contact maps (more frequently used for representation of the intra-chain contacts) is presented for analysis of inter-chain contacts. Using an algorithm based on image processing techniques, we can compare protein-protein interaction maps and also obtain a dissimilarity score between them. The same algorithm used to compare the maps can align the contacts of all the complexes and be helpful in the determination of a pattern of conserved interactions at the interfaces. We present an example for the application of this method by analyzing the pattern of interaction of bovine pancreatic trypsin inhibitors and trypsins, chymotrypsins, a thrombin, a matriptase, and a kallikrein - all classified as serine proteases. We found 20 contacts conserved in trypsins and chymotrypsins and 3 specific ones are present in all the serine protease complexes studied. The method was able to identify important contacts for the protein family studied and the results are in agreement with the literature. |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Contact maps; Interação proteína-proteína; Mapas de contato; Serine proteases. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; protein-protein interactions; Serine proteinases. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/159705/1/AP-Finding-2007.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Registro |
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URL |
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| Registros recuperados : 14 | |
| 2. |  | COSTA, E. P.; VALE FILHO, V. R.; NOGUEIRA, J. C.; SA, W. F.; COSTA, A. H. A. Tipos morfológicos de ovócitos bovinos. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 49, n. 4, p. 417-424, 1997.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 3. | | COSTA, E. P.; VALE FILHO, V. R.; NOGUEIRA, J. C.; FERREIRA, A. M.; COSTA, A. H. A. Técnica para avaliação do estádio de maturação nuclear de ovócitos bovinos cultivados in vitro. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, Belo Horizonte, v. 49, n. 4, p. 433-440, 1997.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 4. | | FELIPE-SILVA, A.S; OLIVEIRA, D. A. A; CARVALHO, D. C. C.; PAIVA, S. R.; KUABARA, M. Y.; VALE FILHO, V. R. Caracterização genética do cão fila brasileiro por meio de marcadores micro-satélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE RECURSOS GENÉTICOS; WORKSHOP EM BIOPROSPECÇÃO E CONSERVAÇÃO DE PLANTAS NATIVAS DO SEMI-ÁRIDO, 3.; WORKSHOP INTERNACIONAL SOBRE BIOENERGIA E MEIO AMBIENTE, 2010, Salvador. Bancos de germoplasma: descobrir a riqueza, garantir o futuro: anais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2010. CD-ROM| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 5. | | CAMARGO, L. S. A.; VIANA, J. H. M.; SÁ, W. F. de; FERREIRA, A. M.; RAMOS, A. A.; VALE FILHO, V. R. Factors influencing in vitro embryo production. Animal Reproduction, Belo Horizonte, v. 3, n. 1, p. 19-28, 2006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Nacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 6. | | FOLHADELLA, I.; CAMARGO, L. S. A.; CASTRO, T. S.; SALVADOR, D. F.; SÁ, W. F.; FERREIRA, A. M.; ANDRADE, V. J.; VALE FILHO, V. R. Seminal plasma heparin binding protein (HBP) in Gyr bulls and its association with andrological characteristics. In: INTERNATIONAL CONGRESS ON ANIMAL REPRODUCTION, 16., 2008, Budapest. Abstracts... Budapest, 2008. p. 163| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 7. | | VALE-FILHO, V. R.; EMERICK, L. L.; CAMARGO, L. S. A.; SILVA, M. A.; ANDRADE, V. J.; GONÇALVES, P. E. M.; MARTINS, J. A. M.; LEITE, T. G.; DIAS, J. C.; FOLHADELLA, I. M.; RAMOS, A.; REIS, S. R. Avaliação da integridade das membranas espermáticas por três métodos, em sêmen criopreservado de tourinhos Tabapuã aos dois anos de idade, selecionados pela CAP. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE REPRODUÇÃO ANIMAL, 17., 2007, Curitiba. Anais... Belo Horizonte: CBRA, 2007. p. 130.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 8. | | CAMARGO, L. S. de A.; VIANA, J. H. M.; RAMOS, A. A.; SERAPIÃO, R. V.; SÁ, W. F.; FERREIRA, A. M.; GUIMARÃES, M. F. M.; VALE FILHO, V. R. do. Developmental competence and expression of the Hsp 70.1 gene in oocytes obtained from Bos indicus and Bos taurus dairy cows in a tropical environment. Theriogenology, New York, v. 68, n. 4, p. 626-632, 2007.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: Internacional - A |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 9. | | FOLHADELLA, I. M.; CASTRO, T. S.; SALVADOR, D. F.; SÁ, W. F. de; FERREIRA, A. M.; EMERICK, L. L.; DIAS, J. C.; CAMARGO, L. S. A.; ANDRADE, V. J.; VALE-FILHO, V. R . Proteínas do sêmen de touros da raça Gir: associação com parâmetros andrológicos. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 6., 2007, Resende. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 10. | | SÁ, W. F. de; FOLHADELLA, I. M.; SALVADOR, D. F.; CASTRO, T. S.; FERREIRA, A. M.; RAMOS, A. A.; POLISSENI, J.; SERAPIÃO, R. V.; CAMARGO, L. S. A.; VALE-FILHO, V. R . Proteínas do sêmen de touros da raça Gir: associação com teste fertilidade in vitro. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 6., 2007, Resende. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2007. 1 CD.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
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| 11. | | LEITE, T. G.; EMERICK, L. L.; MARTINS, J. A. M.; GONÇALVES, P. E. M.; CAMARGO, L. S. A.; FOLHADELLA, I. M.; FELIPE-SILVA, A. S.; ANDRADE, V. J.; VALE-FILHO, V. R.; SILVA, M. A.; DIAS, J. C.; MACHADO, P. Sêmen criopreservado de tourinhos Tabapuã criados a pasto selecionados pelo CAP aos dois anos de idade e sua relação com defeitos espermáticos após descongelação e testes de termorresistência. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE REPRODUÇÃO ANIMAL, 17., 2007, Curitiba. Anais... Belo Horizonte: CBRA, 2007. p. 207.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 12. | | MARTINS, J. A. M.; EMERICK, L. L.; DIAS, J. C.; SOUZA, F. A.; SILVA, M. A.; CORRÊA, G. S. S.; CAMARGO, L. S. A.; VALE-FILHO, V. R.; ANDRADE, V. J.; GRAÇA, D. S.; EMERICK, G. L.; CANGUSSÚ, M. G. Novas observações sobre o teste de termorresistência em sêmen de tourinhos Tabapuã aos dois anos de idade, com alta recuperação pós-criopreservação. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE REPRODUÇÃO ANIMAL, 17., 2007, Curitiba. Anais... Belo Horizonte: CBRA, 2007. p. 206.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 13. | | FOLHADELLA, I. M.; CASTRO, T. S.; SALVADOR, D. F.; SÁ, W. F.; FERREIRA, A. M.; RAMOS, A. A.; POLISSENI, J.; SERAPIÃO, R. V.; CAMARGO, L. S. de A.; ANDRADE, V. J.; SANTORO, M. M.; OLIVEIRA, J. S.; RODRIGUES, L. H.; VALE FILHO, V. R. Identificação de proteínas do plasma seminal de touros da raça Gir. Revista Brasileira de Reprodução Animal, v. 37, n. 1, p. 64-71, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
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| 14. | | EMERICK, L. L.; VALE-FILHO, V. R.; MARTINS, J. A. M.; LEITE, T. G.; GONÇALVES, P. E. M.; ANDRADE, V. J.; CAMARGO, L. S. A.; DIAS, J. C.; CORRÊA, G. S. S.; NOGUEIRA, L. A. G.; FOLHADELLA, I. M.; FELIPE-SILVA, A. S. Testes funcionais de membrana espermática em sêmen criopreservado de tourinhos Tabapuã aos dois anos de idade selecionados pela CAP e índice de prenhez. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE REPRODUÇÃO ANIMAL, 17., 2007, Curitiba. Anais... Belo Horizonte: CBRA, 2007. p. 129.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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