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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Informática Agropecuária. |
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Data corrente: |
25/02/2013 |
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Data da última atualização: |
28/02/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Software |
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Autoria: |
YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; NESHICH, G.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G. |
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Afiliação: |
INÁCIO HENRIQUE YANO, CNPTIA; FÁBIO ROGÉRIO DE MORAES; JOSÉ AUGUSTO SALIM; GORAN NESHICH, CNPTIA; IVAN MAZONI, CNPTIA; JOSÉ GILBERTO JARDINE, CNPTIA. |
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Título: |
RNDS: Rede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0. |
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Ano de publicação: |
2012 |
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Fonte/Imprenta: |
Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2012. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Rede Neural para Classificar Descritores do Sting, utilizado para levantar os descritores do Sting mais significativos na identificação de interfaces proteína-proteína. Trata-se de uma versão modificada da Rede Neural em Java de Phil Brierley (http://www.philbrierley.com/) disponibilizado para livre utilização e modificação, cuja versão original funcionava para redes com somente quatro padrões, e que nesta versão funciona para um número variável de padrões, cujos valores são previamente normalizados para atender às características dos descritores do Sting. Outras modificações foram: a separação entre treino e validação; testes com validação cruzada; e classificação das entradas, por meio de novos treinos recursivos da rede, após a retirada das entradas menos significativas. |
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Palavras-Chave: |
Rede neural. |
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Thesaurus Nal: |
Computer software; Neural networks. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 01402nam a2200217 a 4500
001 1950847
005 2013-02-28
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100 1 $aYANO, I. H.
245 $aRNDS$bRede Neural para Classificar Descritores do Sting. Versão 1.0.
260 $aCampinas: Embrapa Informática Agropecuária$c2012
300 $c1 CD-ROM.
520 $aRede Neural para Classificar Descritores do Sting, utilizado para levantar os descritores do Sting mais significativos na identificação de interfaces proteína-proteína. Trata-se de uma versão modificada da Rede Neural em Java de Phil Brierley (http://www.philbrierley.com/) disponibilizado para livre utilização e modificação, cuja versão original funcionava para redes com somente quatro padrões, e que nesta versão funciona para um número variável de padrões, cujos valores são previamente normalizados para atender às características dos descritores do Sting. Outras modificações foram: a separação entre treino e validação; testes com validação cruzada; e classificação das entradas, por meio de novos treinos recursivos da rede, após a retirada das entradas menos significativas.
650 $aComputer software
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700 1 $aJARDINE, J. G.
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Registro original: |
Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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| Registros recuperados : 27 | |
| 2. |  | SALIM, J. A.; BORRO, L.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Multiple structure single parameter: analysis of a single protein nano environment descriptor characterizing a shared loci on structurally aligned proteins. Bioinformatics, v. 32, n. 12, p. 1885-1887, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 4. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; JARDINE, J. G.; YANO, I. H.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Study of specific nanoenvironments containing [alfa]-helices in all-[alfa] and ([alfa]+[beta])+([alfa]/[beta]) proteins. PLoS ONE, v. 13, n. 7, p. 1-25, 2018. Artigo e0200018.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Territorial. |
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| 6. | | BORRO, L. C.; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; YANO, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Improving binding affinity prediction by using a rule-based model with physical-chemical and structural descriptors of the nano-environment for protein-ligand interactions. In: CONGRESS OF THE INTERNATIONAL UNION FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 23.; ANNUAL MEETING OF THE BRAZILIAN SOCIETY FOR BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY, 44., 2015, Foz do Iguaçu. Biochemistry for a better world: abstracts book. [Foz do Iguaçu]: SBBq, 2015. p. 153. C.047.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 7. | | SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A. L.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. MSSP: a web-based application for analysis of selected parameter from multiple structures in a graphical manner. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 9. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Size matters: surface hydrophobicity index (SHI) describes the impact of the size of interface area on oligomerization driven by hydrophobic effect. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISMB, 2012. Não paginado. 3Dsig 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 10. | | MAZONI, I.; SALIM, J. A; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Structure function relationship de convoluted to a level of physical chemical descriptors: case study - lysozyme / lactalbumine differences. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 11. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; MAZONI, I.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; NESHICH, G. Generation of lipase B mutants with increased surface hydrophobicity in order to improve biodiesel catalysis. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 12. | | NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R. de; NISHIMURA, L.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Pathogenic Prion Proteins (PrP) have higher electrostatic potential pattern than normal cellular prion protein in a specific region. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 13. | | NESHICH, I. A. P.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; MAZONI, I.; MANCINI, A.; JARDINE, J. G.; NESHICH, G. Surface hydrophobicity index (SHI): insight into the mechanisms of protein-protein associations. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado. X-Meeting 2009| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 14. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A.; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Biologia computacional molecular e suas aplicações na agricultura. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Tecnologias da informação e comunicação e suas relações com a agricultura. Brasília, DF: Embrapa, 2014. Cap. 6. p. 101-117.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 15. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; NESHICH, G. Comparison between physical chemical and geometrical characteristics of the amino acids present in alpha-helices and beta-sheets. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não pagiando. X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 16. | | SALIM, J. A.; VON ZUBEN, F. J.; MORAES, F. R. de; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; JARDINE, J.; NESHICH, G. Characterization of catalytic site residues using STING_DB structural descriptors. In: ANNUAL INTERNATIONAL CONFERENCE ON INTELLIGENT SYSTEMS FOR MOLECULAR BIOLOGY; STRUCTURAL BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOPHYSICS CONFERENCE MEETING, 8., 2012, Long Beach, California. Abstracts... California: ISCB, 2012. Não paginado. Poster. 3DSIG 2012.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 17. | | MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. Não paginado X-Meeting 2009.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária. |
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| 18. | | JARDINE, J. G.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; YANO, I. H.; MORAES, F. R. de; SALIM, J. A; BORRO, L.; NISHIMURA, L. S.; NESHICH, G. Computational Molecular Biology and its applications in agriculture. In: MASSRUHÁ, S. M. F. S.; LEITE, M. A. de A.; LUCHIARI JUNIOR, A.; ROMANI, L. A. S. (Ed.). Information and communication technologies and their relations with agriculture. Brasília, DF: Embrapa, 2016. ch. 6, p. 103-118.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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| 19. | | MORAES, F. R. de; VILLANUEVA, W. J. P.; NESHICH, I. A. P.; MAZONI, I.; NISHIMURA, L.; SALIM, J. A.; JARDINE, J. G.; VON ZUBEN, F.; NESHICH, G. SIPEPPI, a systematic neuron network-based methodology for predicting protein-protein interfaces using STING database descriptors. In: ANNUAL MEETING OF THE SBBq, 40., 2011, Foz do Iguaçu. [Proceedings...]. São Paulo, SP: Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011. Não paginado.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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