BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Soja.
Data corrente:  17/06/2011
Data da última atualização:  07/10/2013
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F.
Afiliação:  L. C. NASCIMENTO, UNICAMP; G. G. L. COSTA, UNICAMP; R. O. VIDAL, UNICAMP; L. MEYER, UNICAMP; ELISEU BINNECK, CNPSO; E. A. KIDO, Universidade Federal de Pernambuco; F. RODRIGUES, CNPSo; F. R. KULCHESKI, UFRGS; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; GONÇALO A. G. PEREIRA, UNICAMP; M. F. CARAZZOLLE, UNICAMP.
Título:  Bioinformatics analysis applied to genosoja project.
Ano de publicação:  2009
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Soybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated during the project like SuperSAGE tags, MicroRNAs and subtractive libraries sequences analysis. These sequences were generated using high throughput sequencing technologies and for each analysis a specific pipeline have to be implemented. Actually, we have processed and performed a hybrid assembly of 1,276,813 ESTs available at NCBI (sequenced by sanger and pyrosequencing tecnologies) resulting in 30,809 contigs and 29,938 singlets, supersage analysis of 2,334,864 tags sequenced by Ilumina/Solexa from several libraries resulting in 54,052 unique tags, mapped into soybean genome and assembly of 11,783,331 short-sequences sequenced by Ilumina/Solexa generated by subtracted library experiments from leaf and root tissues submit... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Bioinformática.
Categoria do assunto:  --
URL:  http://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36655/1/xmeeting2009-abstracts.pdf
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Soja (CNPSO)
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CNPSO32139 - 1UPCSP - PP1194011940

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1.Imagem marcado/desmarcadoLOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 7., 2002, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2002. p. 30.
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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2.Imagem marcado/desmarcadoANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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3.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, A. C.; PEREIRA, G. A. G. O genoma do café e suas aplicações na biotecnologia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2007. p. 254.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoLOURENÇO, R. T.; PAPPAS, G. J.; CUNHA, A. F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Estrutura genômica de três megabases de dna genômico "shotgun" de eucalyptus: conteúdo nucleotídico, seouências repetitivas e genes. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 74
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoREIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. RNA-seq: the need for biological replicates. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 194. AB3C X-meeting 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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6.Imagem marcado/desmarcadoBATISTA, A. R. S.; LOURENÇO, R. T.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Novos microssatélltes para eucalyptus a partir de clones "shotgun". ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 79
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoIVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE INTERNATIONAL, 23., 2015, San Diego, CA. Poster..., 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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8.Imagem marcado/desmarcadoNASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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9.Imagem marcado/desmarcadoSALAZAR, M. S.; CAMARGO, E. L. O.; DECKMANN, A. C.; CARAZZOLLE, M. F.; LEPIKSON NETO, J.; MEDRANO, F. J.; GRATTAPAGLIA, D.; PEREIRA, G. A. G. Análise do genoma de espécies de eucalipto visando a identificação de genes/metabolismos chave para o incremento da sua produtividade para orientar o seu melhoramento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 240. 1 CD-ROM.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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10.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R.; LEROY, L.; BELLIS, F. de; POT, D.; RODRIGUES, G. C.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. High-throughput sequencing of cDNA extracted from meristems of Coffea arabica cv. Rubi and Iapar59 submitted to different water field conditions. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2010, Bali. Preceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coee (ASIC), 2010. p. 708-712
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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11.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R. O.; ALEKCEVETCH, J. C.; LEROY, T.; DE BELLIS, F.; POT, D.; RODRIGUES, G. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. High-throughput sequencing of cDNA shows that cv. Rubi and Iapar59 of Coffea arabica have different molecular response to water privation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 61. B8. ASIC 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoLOPES, F. R.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; TEIXEIRA, J. B.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CARARETO, C. M. A. Evolutionary changes of the gene expression pattern mediated by exonized transposable element sequences in coffee genomes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2010, Bali. Preceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coee (ASIC), 2010. p. 775-779
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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13.Imagem marcado/desmarcadoROJAS, T. C. G.; MALUTA, R. P.; PARIZZI, L. P.; KOENIGKAN, L. V.; YANG, J.; YU, J.; PEREIRA, G. A. G.; SILVEIRA, W. D. da. Genome sequences of avian pathogenic Escherichia coli strains isolated from Brazilian commercial poultry. Genome Announcements, v. 1, n. 2, p. 1-2, Mar./Apr. 2013. Article e00110-13.
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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14.Imagem marcado/desmarcadoSOARES-CAVALCANTI, N. M.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; RODRIGUES, F. A.; PEREIRA, G. A. G.; BENKO-ISEPPON, A. M. Overall picture of expressed Heat Shock Factors in Glycine max, Lotus japonicus and Medicago truncatula. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 247-259, May 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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15.Imagem marcado/desmarcadoYUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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16.Imagem marcado/desmarcadoNASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. Bioinformatics analysis applied to genosoja project. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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17.Imagem marcado/desmarcadoPEREIRA, J. F.; ALMEIDA, A. P. M. M.; COTA, J.; PAMPHILE, J. A.; SILVA, G. F. da; ARAÚJO, E. F. de; GRAMACHO, K. P.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; QUEIROZ, M. V. de. Boto, a class II transposon in Moniliophthora perniciosa, is the first representative of the PIF/Harbinger superfamily in a phytopathogenic fungus. Microbiology, v. 159, 2013. p. 112-125.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Trigo.
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18.Imagem marcado/desmarcadoNASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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19.Imagem marcado/desmarcadoPASQUALI, G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; BASTOLLA, F. M.; VOM ENDT, D.; BRONDANI, R. V.; COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; CASCARDO, J. C. M.; GRATTAPAGLIA, D. Microarray analysis of eucalyptus gene expression. In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE BIOQUÍMICA E BIOLOGIA MOLECULAR, 35., 2006, Águas de Lindóia, SP. Programas e resumos... São Paulo: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2006. Não paginado.
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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20.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R. O.; MONDEGO, J. M. C.; POT, D.; AMBRÓSIO, A. B.; ANDRADE, A. C.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. A high-throughput data mining of single nucleotide polymorphisms in Coffea species expresed sequence tags suggests differential homeologous gene expression in the allotetrapoloid Coffea arabica. PLANT PHYSIOLOGY, v. 154, p. 1053-1066. 2010. 1053-1066
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Café; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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