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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
17/06/2011 |
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Data da última atualização: |
07/10/2013 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
NASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; VIDAL, R. O.; MEYER, L.; BINNECK, E.; KIDO, E. A.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. |
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Afiliação: |
L. C. NASCIMENTO, UNICAMP; G. G. L. COSTA, UNICAMP; R. O. VIDAL, UNICAMP; L. MEYER, UNICAMP; ELISEU BINNECK, CNPSO; E. A. KIDO, Universidade Federal de Pernambuco; F. RODRIGUES, CNPSo; F. R. KULCHESKI, UFRGS; ALEXANDRE LIMA NEPOMUCENO, CNPSO; RICARDO VILELA ABDELNOOR, CNPSO; GONÇALO A. G. PEREIRA, UNICAMP; M. F. CARAZZOLLE, UNICAMP. |
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Título: |
Bioinformatics analysis applied to genosoja project. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book ... Rio de Janeiro: AB3C, 2009. p. 22. X-Meeting 2009. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Soybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated during the project like SuperSAGE tags, MicroRNAs and subtractive libraries sequences analysis. These sequences were generated using high throughput sequencing technologies and for each analysis a specific pipeline have to be implemented. Actually, we have processed and performed a hybrid assembly of 1,276,813 ESTs available at NCBI (sequenced by sanger and pyrosequencing tecnologies) resulting in 30,809 contigs and 29,938 singlets, supersage analysis of 2,334,864 tags sequenced by Ilumina/Solexa from several libraries resulting in 54,052 unique tags, mapped into soybean genome and assembly of 11,783,331 short-sequences sequenced by Ilumina/Solexa generated by subtracted library experiments from leaf and root tissues submitted to drought stress resulting in 5,084 genes. All these results are making available to the final user in a web interface that allows searches by keywords, statistics comparisons, visualization of automatic annotation (AutoFACT pipeline) and the gene ontology classification. MenosSoybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated during the project like SuperSAGE tags, MicroRNAs and subtractive libraries sequences analysis. These sequences were generated using high throughput sequencing technologies and for each analysis a specific pipeline have to be implemented. Actually, we have processed and performed a hybrid assembly of 1,276,813 ESTs available at NCBI (sequenced by sanger and pyrosequencing tecnologies) resulting in 30,809 contigs and 29,938 singlets, supersage analysis of 2,334,864 tags sequenced by Ilumina/Solexa from several libraries resulting in 54,052 unique tags, mapped into soybean genome and assembly of 11,783,331 short-sequences sequenced by Ilumina/Solexa generated by subtracted library experiments from leaf and root tissues submit... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36655/1/xmeeting2009-abstracts.pdf
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Marc: |
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520 $aSoybean is the legume of most economic importance in the international market, with world production of almost two hundred and thirty million tons in the 2007/2008 harvest. The Brazil appears as the largest exporter of the product in the world, with about twenty-five percent of the world production. In 2007 the brazilian government started the GENOSOJA project with the main objective of discover new treats to improve the plant production process, emphasizing in stresses that affect the national production like the occurrence of droughts, pests attacks and the Asian rust disease. This work is inserted in the GENOSOJA scope and aims to generate bioinformatics tools to integrate the public soybean data like ESTS and genomic sequences, with all data generated during the project like SuperSAGE tags, MicroRNAs and subtractive libraries sequences analysis. These sequences were generated using high throughput sequencing technologies and for each analysis a specific pipeline have to be implemented. Actually, we have processed and performed a hybrid assembly of 1,276,813 ESTs available at NCBI (sequenced by sanger and pyrosequencing tecnologies) resulting in 30,809 contigs and 29,938 singlets, supersage analysis of 2,334,864 tags sequenced by Ilumina/Solexa from several libraries resulting in 54,052 unique tags, mapped into soybean genome and assembly of 11,783,331 short-sequences sequenced by Ilumina/Solexa generated by subtracted library experiments from leaf and root tissues submitted to drought stress resulting in 5,084 genes. All these results are making available to the final user in a web interface that allows searches by keywords, statistics comparisons, visualization of automatic annotation (AutoFACT pipeline) and the gene ontology classification.
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Meio Ambiente. |
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Data corrente: |
24/10/2017 |
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Data da última atualização: |
08/02/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SILVA, M. S. G. M. e; MARIGO, A. L. S.; KUHLMANN, M. L.; VIVEIROS, W. |
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Afiliação: |
MARIANA SILVEIRA GUERRA MOURA E SIL, CNPMA; ANA LUCIA SILVA MARIGO, CNPMA; M. L. KUHLMANN, CETESB; W. VIVEIROS, CETESB. |
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Título: |
Estudo preliminar para determinação da frequência de deformidade em mento de Chironomus sancticaroli (diptera: chironomidae) em cultura de laboratório. |
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Ano de publicação: |
2017 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE LIMNOLOGIA, 16., 2017, Rio de Janeiro. Recursos hídricos em crise: sustentabilidade, biodiversidade e integração de conhecimentos face a mudanças globais: resumos... Rio de Janeiro: Sociedade Brasileira de Limnologia, 2017. Ref. A3. p. 249. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Insetos aquáticos da família Chironomidae (Diptera) são amplamente utilizados como bioindicadores de impactos ambientais, pois todo seu ciclo larval é desenvolvido no sedimento, onde interagem com contaminantes que tendem a se acumular nesse compartimento do ecossistema aquático. Também são indicados para estudos ecotoxicológicos, por apresentarem rápidas respostas e por sua facilidade de manipulação em culturas de laboratório. Vários gêneros apresentam deformidades em peças bucais (mento) quando expostos a sedimentos contaminados por radiação, metais pesados, pesticidas, entre outros. Tais deformidades podem ser dos seguintes tipos: falta ouexcesso de dentes, gap e bifurcação do dente central.Estudos sugerem que alguns tipos de deformidade estão relacionados à endogamia e idade de criações mantidas em laboratório. Este trabalho teve por objetivo avaliar a incidência de deformidades de mento em indivíduos de Chironomus sancticaroli, provenientes da cultura mantida no Laboratório de Ecossistemas Aquáticos da Embrapa Meio Ambiente. Foram separadas larvas criadas em bandejas contendo areia tratada (livre de contaminantes) e água esterilizada e reconstituída em laboratório, com aeração e temperatura controladas (25°C ±1° C). As cápsulas cefálicas das larvas foram montadas em lâminas, com meio de Hoyer, dispostas em posição ventral e cobertas com lamínula e foram selecionadas cápsulas correspondentes ao 4° instar (0,32 ± 0,02mm). A avaliação de frequência de deformidades é expressa em porcentagem do total de larvas analisadas. Foi encontrada uma frequência de 5% de deformidade (ausência de dentes laterais). Não há consenso na porcentagem média de deformidade observada em populações de Chironomus em culturas de laboratório. No entanto, a literatura descreve porcentagens maiores do que a obtida neste estudo. Apesar de preliminares, estes resultados tendem a atribuir estes baixos valores encontrados ao fato da cultura da Embrapa Meio Ambiente ter recebido desovas de outras instituições, diminuindo a endogamia dentro da população. Além disso, acredita-se que o controle de variáveis de qualidade da água e do sedimento (uso de água reconstituída e calcinação da areia) possa contribuir para a baixa porcentagem de deformidade encontrada. Ainda assim, é importante avaliar e acompanhar a flutuação da deformidade nesta cultura para poder utilizar esta variável na avaliação da saúde dos organismos e na definição da necessidade de renovação. MenosInsetos aquáticos da família Chironomidae (Diptera) são amplamente utilizados como bioindicadores de impactos ambientais, pois todo seu ciclo larval é desenvolvido no sedimento, onde interagem com contaminantes que tendem a se acumular nesse compartimento do ecossistema aquático. Também são indicados para estudos ecotoxicológicos, por apresentarem rápidas respostas e por sua facilidade de manipulação em culturas de laboratório. Vários gêneros apresentam deformidades em peças bucais (mento) quando expostos a sedimentos contaminados por radiação, metais pesados, pesticidas, entre outros. Tais deformidades podem ser dos seguintes tipos: falta ouexcesso de dentes, gap e bifurcação do dente central.Estudos sugerem que alguns tipos de deformidade estão relacionados à endogamia e idade de criações mantidas em laboratório. Este trabalho teve por objetivo avaliar a incidência de deformidades de mento em indivíduos de Chironomus sancticaroli, provenientes da cultura mantida no Laboratório de Ecossistemas Aquáticos da Embrapa Meio Ambiente. Foram separadas larvas criadas em bandejas contendo areia tratada (livre de contaminantes) e água esterilizada e reconstituída em laboratório, com aeração e temperatura controladas (25°C ±1° C). As cápsulas cefálicas das larvas foram montadas em lâminas, com meio de Hoyer, dispostas em posição ventral e cobertas com lamínula e foram selecionadas cápsulas correspondentes ao 4° instar (0,32 ± 0,02mm). A avaliação de frequência de deformidades é expres... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioindicador; Ecotoxicologia; Quironomídeo. |
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Categoria do assunto: |
S Ciências Biológicas |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/165498/1/RA-SilvaMSGM-et-al-XVICongBrasLimnologia-2017-p249.pdf
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Marc: |
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520 $aInsetos aquáticos da família Chironomidae (Diptera) são amplamente utilizados como bioindicadores de impactos ambientais, pois todo seu ciclo larval é desenvolvido no sedimento, onde interagem com contaminantes que tendem a se acumular nesse compartimento do ecossistema aquático. Também são indicados para estudos ecotoxicológicos, por apresentarem rápidas respostas e por sua facilidade de manipulação em culturas de laboratório. Vários gêneros apresentam deformidades em peças bucais (mento) quando expostos a sedimentos contaminados por radiação, metais pesados, pesticidas, entre outros. Tais deformidades podem ser dos seguintes tipos: falta ouexcesso de dentes, gap e bifurcação do dente central.Estudos sugerem que alguns tipos de deformidade estão relacionados à endogamia e idade de criações mantidas em laboratório. Este trabalho teve por objetivo avaliar a incidência de deformidades de mento em indivíduos de Chironomus sancticaroli, provenientes da cultura mantida no Laboratório de Ecossistemas Aquáticos da Embrapa Meio Ambiente. Foram separadas larvas criadas em bandejas contendo areia tratada (livre de contaminantes) e água esterilizada e reconstituída em laboratório, com aeração e temperatura controladas (25°C ±1° C). As cápsulas cefálicas das larvas foram montadas em lâminas, com meio de Hoyer, dispostas em posição ventral e cobertas com lamínula e foram selecionadas cápsulas correspondentes ao 4° instar (0,32 ± 0,02mm). A avaliação de frequência de deformidades é expressa em porcentagem do total de larvas analisadas. Foi encontrada uma frequência de 5% de deformidade (ausência de dentes laterais). Não há consenso na porcentagem média de deformidade observada em populações de Chironomus em culturas de laboratório. No entanto, a literatura descreve porcentagens maiores do que a obtida neste estudo. Apesar de preliminares, estes resultados tendem a atribuir estes baixos valores encontrados ao fato da cultura da Embrapa Meio Ambiente ter recebido desovas de outras instituições, diminuindo a endogamia dentro da população. Além disso, acredita-se que o controle de variáveis de qualidade da água e do sedimento (uso de água reconstituída e calcinação da areia) possa contribuir para a baixa porcentagem de deformidade encontrada. Ainda assim, é importante avaliar e acompanhar a flutuação da deformidade nesta cultura para poder utilizar esta variável na avaliação da saúde dos organismos e na definição da necessidade de renovação.
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Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Meio Ambiente (CNPMA) |
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