BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Informática Agropecuária.
Data corrente:  02/12/2010
Data da última atualização:  04/04/2013
Tipo da produção científica:  Resumo em Anais de Congresso
Autoria:  REIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.
Afiliação:  LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP; LGE/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE, CENAPAD/UNICAMP; LGE/UNICAMP.
Título:  RNA-seq: the need for biological replicates.
Ano de publicação:  2010
Fonte/Imprenta:  In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010.
Páginas:  p. 194.
Idioma:  Inglês
Notas:  AB3C X-meeting 2010.
Conteúdo:  RNA-seq provides a way to analyze entire transcriptomes with deep coverage and base level resolution and it is gradually replacing microarrays for gene expression analyses. In the past few years, many statistical methods have been developed to improve the detection of differentially expressed genes from RNA-seq. However the replacing of microarrays by RNA-seq has been often accompanied by decline in experimental design quality, as many groups working with RNA-seq are not using biological replicates. For any statistical inference it is necessary replication, for example, if you ?nd a couple of genes that are upregulated in the treatment in comparison to the value in control, without replication you can not know if that is effect of random variability or an actual effect of the treatment. Furthermore, without biological replicates it is too dif?cult to estimate the sample variation. The authors of EdgeR and DESeq propose a similar method to work without replicates. They propose an approach to infer an upper limit for the sample variance that uses both treatment and control as they were biological replicates. If it is expected that the most genes are not differently regulated, the calculated sample variance should be close to real sample variance. In this work, we evaluate the effect of working with and without biological replicates on the list of differentially expressed genes obtained. We show that the use of proper biological replicates is important to get good sensitivity t... Mostrar Tudo
Palavras-Chave:  Repetições biológicas; RNA sequences; Sequências de RNA.
Thesaurus NAL:  Sequence analysis.
Categoria do assunto:  --
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status
CNPTIA15330 - 1UPCPL - DD

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1.Imagem marcado/desmarcadoLOURENÇO, R. T.; CUNHA, A. F.; TSUKUMO, F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Análise da composição e organização do genoma de Eucalyptus grandis com base em sequenciamento "shotgun" por amostragem ("sample sequencing"). In: ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENÉTICOS E BIOTECNOLOGIA, 7., 2002, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2002. p. 30.
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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2.Imagem marcado/desmarcadoREIS, O.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G. RNA-seq: the need for biological replicates. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. p. 194. AB3C X-meeting 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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3.Imagem marcado/desmarcadoVIEIRA, L. G. E.; ANDRADE, A. C.; COLOMBO, A. C.; PEREIRA, G. A. G. O genoma do café e suas aplicações na biotecnologia. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia. Resumos... Águas de Lindóia: Sociedade Brasileira de Genética, 2007. p. 254.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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4.Imagem marcado/desmarcadoLOURENÇO, R. T.; PAPPAS, G. J.; CUNHA, A. F.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Estrutura genômica de três megabases de dna genômico "shotgun" de eucalyptus: conteúdo nucleotídico, seouências repetitivas e genes. ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 74
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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5.Imagem marcado/desmarcadoANDRADE, A. C.; VIEIRA, L. G. E.; COLOMBO, C. A.; PEREIRA, G. A. G. Coffee functional genomics in Brazil. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 21., 2006, Montpellier, France. Table of contents... Montpellier, France: Association for Science and Information on Coffee, 2006.
Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota TécnicaCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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6.Imagem marcado/desmarcadoBATISTA, A. R. S.; LOURENÇO, R. T.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Novos microssatélltes para eucalyptus a partir de clones "shotgun". ENCONTRO DO TALENTO ESTUDANTIL DA EMBRAPA RECURSOS GENETICOS E BIOTECNOLOGIA, 8., 2003, Brasília, DF. Anais: resumos dos trabalhos. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2003. p. 79
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoIVAMOTO, S. T.; REIS JUNIOR, O.; SAKURAY, L. M.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in leaves, flowers and initial fruit development of Coffea arabica L. In: PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE INTERNATIONAL, 23., 2015, San Diego, CA. Poster..., 2015.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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8.Imagem marcado/desmarcadoNASCIMENTO, L. C. do; COSTA, G. G. L.; BINNECK, E.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A web-based bioinformatics interface applied to the GENOSOJA Project: databases and pipelines. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 203-211, May 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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9.Imagem marcado/desmarcadoSALAZAR, M. S.; CAMARGO, E. L. O.; DECKMANN, A. C.; CARAZZOLLE, M. F.; LEPIKSON NETO, J.; MEDRANO, F. J.; GRATTAPAGLIA, D.; PEREIRA, G. A. G. Análise do genoma de espécies de eucalipto visando a identificação de genes/metabolismos chave para o incremento da sua produtividade para orientar o seu melhoramento. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 54., 2008, Salvador. Resumos... Salvador: SBG, 2008. p. 240. 1 CD-ROM.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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10.Imagem marcado/desmarcadoROJAS, T. C. G.; MALUTA, R. P.; PARIZZI, L. P.; KOENIGKAN, L. V.; YANG, J.; YU, J.; PEREIRA, G. A. G.; SILVEIRA, W. D. da. Genome sequences of avian pathogenic Escherichia coli strains isolated from Brazilian commercial poultry. Genome Announcements, v. 1, n. 2, p. 1-2, Mar./Apr. 2013. Article e00110-13.
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária.
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11.Imagem marcado/desmarcadoLOPES, F. R.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P.; TEIXEIRA, J. B.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CARARETO, C. M. A. Evolutionary changes of the gene expression pattern mediated by exonized transposable element sequences in coffee genomes. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2010, Bali. Preceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coee (ASIC), 2010. p. 775-779
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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12.Imagem marcado/desmarcadoSOARES-CAVALCANTI, N. M.; BELARMINO, L. C.; KIDO, E. A.; PANDOLFI, V.; MARCELINO-GUIMARÃES, F. C.; RODRIGUES, F. A.; PEREIRA, G. A. G.; BENKO-ISEPPON, A. M. Overall picture of expressed Heat Shock Factors in Glycine max, Lotus japonicus and Medicago truncatula. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 35, n. 1, suppl., p. 247-259, May 2012.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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13.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R.; LEROY, L.; BELLIS, F. de; POT, D.; RODRIGUES, G. C.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. High-throughput sequencing of cDNA extracted from meristems of Coffea arabica cv. Rubi and Iapar59 submitted to different water field conditions. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 2010, Bali. Preceedings... [S.l]: Association for Science and Information on Coee (ASIC), 2010. p. 708-712
Tipo: Artigo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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14.Imagem marcado/desmarcadoVIDAL, R. O.; ALEKCEVETCH, J. C.; LEROY, T.; DE BELLIS, F.; POT, D.; RODRIGUES, G. C.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; ANDRADE, A. C.; MARRACCINI, P. High-throughput sequencing of cDNA shows that cv. Rubi and Iapar59 of Coffea arabica have different molecular response to water privation. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 24., 2012, Costa Rica. Programme & abstracts. [S.l.]: Association for Science and Information on Coffee, 2012. p. 61. B8. ASIC 2012.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Informática Agropecuária; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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15.Imagem marcado/desmarcadoYUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 2
Biblioteca(s): Embrapa Café.
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16.Imagem marcado/desmarcadoPEREIRA, J. F.; ALMEIDA, A. P. M. M.; COTA, J.; PAMPHILE, J. A.; SILVA, G. F. da; ARAÚJO, E. F. de; GRAMACHO, K. P.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; QUEIROZ, M. V. de. Boto, a class II transposon in Moniliophthora perniciosa, is the first representative of the PIF/Harbinger superfamily in a phytopathogenic fungus. Microbiology, v. 159, 2013. p. 112-125.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Trigo.
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17.Imagem marcado/desmarcadoNASCIMENTO, L. C.; COSTA, G. G. L.; MEYER, L.; BINNECK, E.; RODRIGUES, F.; KULCHESKI, F. R.; MARGIS, R.; KIDO, E. A.; MARCELINO, F. C.; NEPOMUCENO, A. L.; ABDELNOOR, R. V.; PEREIRA, G. A. G.; CARAZZOLLE, M. F. A brazilian soybean database. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts book... Ouro Preto: AB3C, 2010. p. 120. X-Meeting 2010.
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Soja.
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18.Imagem marcado/desmarcadoBANDEIRA, G. V. V. M.; BASTOLLA, F. M.; VOM ENDT, D.; KIRCH, R. P.; PIZZOLI, G.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D.; CASCARDO, J. C. M.; PASQUALI, G. Projeto genolyptus: análise da expressão diferencial de transcritos de tecidos vasculares de Eucalyptus grandis. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 52., 2006, Foz do Iguaçu, PR. Resumos... Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2006. p. 1156.
Tipo: Resumo em Anais de CongressoCirculação/Nível: -- - --
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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19.Imagem marcado/desmarcadoPIROVANI, C. P.; SANTIAGO, A. da S.; SANTOS, L. S. dos; MICHELI, F.; MARGIS, R.; GESTEIRA, A. da S.; ALVIM, F. C.; PEREIRA, G. A. G.; CASCARDO, J. C. de M. Theobroma cacao cystatins impair Moniliophthora perniciosa mycelial growth and are involved in postponing cell death symptoms. Planta, Heidelberg, v. 232, n. 6, p. 1485–1497, 2010. Disponível em: . Acesso em 26 out. 2010.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: A - 1
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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20.Imagem marcado/desmarcadoLOUZADA, G. A. S.; BANDEIRA, L. F.; BRONDANI, R. P. V.; TRIGUEIRO, E. L.; MIRANDA, D. D.; PAULA, D. P. COELHO, A. S. G.; BROMMONSCHENKEL, S. H.; PEREIRA, G. A. G.; GRATTAPAGLIA, D. Caracterização genômica de Eucalyptus através do seqüenciamento de pontas de BACs. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 51., 2005, Águas de Lindóia, SP. A era da genômica: da bioestatística à bioinformática: anais. Ribeirão Preto, SP: Sociedade Brasileira de Genética, 2005. p. 597.
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