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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/10/2010 |
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Data da última atualização: |
30/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIU G. E.; HOU, Y. L.; ZHU, B.; CARDONE, M. F.; JIANG, L.; CELLAMARE, A.; MITRA, A.; ALEXANDER, L. J.; COUTINHO. L. L.; DELL'AQUILA, M. E.; GASBARRE, L. C.; LACALANDRA, G.; LI, R. W.; MATUKUMALLI, L. K.; NONNEMAN, D.; REGITANO, L. C. de A.; SMITH, T. P; SONG, J. Z.; SONSTEGARD, T. S.; Van TASSELL, C. P.; VENTURA, M.; EICHLER, E. E.; McDANELD, T. G.; KEELE, J. W. |
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Afiliação: |
GEORGE E. LIU, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; YALI HOU, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; BIN ZHU, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; MARIA FRANCESCA CARDONE, University of Bari, Bari 70126, Italy; LU JIANG, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; ANGELO CELLAMARE, University of Bari, Bari 70126, Italy; APRATIM MITRA, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; LEESON J. ALEXANDER, USDA-ARS, LARRL, Fort Keogh Miles City, Montana 59301, USA; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ-USP, Piracicaba SP; MARIA ELENA DELL'AQUILA, Faculty of Biotechnological Sciences, S. Prov. Casamassima, km 3-70010 Valenzano (Bari), Italy; LOU C. GASBARRE, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; GIANNI LACALANDRA, Faculty of Biotechnological Sciences, S. Prov. Casamassima, km 3-70010 Valenzano (Bari), Italy; ROBERT W. LI; LAKSHMI K. MATUKUMALLI; DAN NONNEMAN; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; TIM P. L. SMITH, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; JIUZHOU SONG, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; TAD S. SONSTEGARD, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; CURT P. VAN TASSELL, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; MARIO VENTURA, University of Bari, Bari 70126, Italy; EVAN E. EICHLER, University of Washington School of Medicine, Seattle, Washington 98195, USA; TARA G. MCDANELD, USDA-ARS, US Meat Animal Research Center, Clay Center, Nebraska 68933, USA; JOHN W. KEELE, USDA-ARS, US Meat Animal Research Center, Clay Center, Nebraska 68933, USA. |
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Título: |
Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome Research, v. 20, n. 5, p. 693-703, 2010 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in their CNV frequencies across diverse breeds, indicating that some cattle CNVs are likely to arise independently in breeds and contribute to breed differences. Our results provide a valuable resource beyond microsatellites and single nucleotide polymorphisms to explore the full dimension of genetic variability for future cattle genomic research. MenosGenomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gene-expression; Genome-wide association; Inbred mouse strains; Segmental duplications; Structural variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
12/04/2012 |
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Data da última atualização: |
28/05/2025 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ANDRADE, T. G. de; FONSECA, L. d'A. M.; RABELO, M. C.; HOTT, M. C.; DINIZ, F. H.; KOK, K.; ARTS, B. |
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Afiliação: |
THIAGO GERHEIM DE ANDRADE, UNIVERSIDADE FEDERAL DE JUIZ DE FORA; LETÍCIA D'AGOSTO MIGUEL FONSECA, UNIVERSIDADE FEDERAL DE JUIZ DE FORA; MARYÁ CRISTINA RABELO, UNIVERSIDADE FEDERAL DE JUIZ DE FORA; MARCOS CICARINI HOTT, CNPGL; FABIO HOMERO DINIZ, CNPGL; KASPER KOK, WAGENINGEN UNIVERSITY; BAS ARTS, WAGENINGEN UNIVERSITY. |
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Título: |
Análise de alterações na cobertura florestal e pecuária no assentamento Água Fria no município de Eldorado do Carajás/PA. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 10.; WORKSHOP SOBRE POLÍTICAS PÚBLICAS, 10.; SIMPÓSIO DE SUSTENTABILIDADE DA ATIVIDADE LEITEIRA, 11., 2011, Maceió. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2011. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O presente trabalho visa a realização de uma análise espaço-temporal da cobertura vegetal e uso das terras em um assentamento no município de Eldorado do Carajás no Estado do Pará referentes às alterações percebidas e mapeadas quanto a cobertura florestal e na configuração das áreas destinadas à atividade agropecuária, notadamente pecuária de leite, a qual é a principal fonte de sustento e renda daquelas populações assentadas. O principal objetivo desta etapa do trabalho foi mapear e mensurar a substituição da cobertura florestal por atividades agropecuárias no assentamento Água Fria no município em questão entre os anos 2000 e 2010. De acordo com os resultados gerados, no período analisado houve um aumento de 71% nas áreas destinadas à agropecuária e uma redução de 30% na cobertura florestal. A dimensão da ocupação levantada será confrontada com a percepção dos assentados acerca da expansão da pecuária sobre os recursos naturais. |
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Palavras-Chave: |
Análise espaço temporal; Cobertura florestal; Pecuária de leite. |
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Categoria do assunto: |
E Economia e Indústria Agrícola |
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URL: |
https://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/922188/1/Resumo176-XCongresso-Int.Leite.PDF
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Marc: |
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520 $aO presente trabalho visa a realização de uma análise espaço-temporal da cobertura vegetal e uso das terras em um assentamento no município de Eldorado do Carajás no Estado do Pará referentes às alterações percebidas e mapeadas quanto a cobertura florestal e na configuração das áreas destinadas à atividade agropecuária, notadamente pecuária de leite, a qual é a principal fonte de sustento e renda daquelas populações assentadas. O principal objetivo desta etapa do trabalho foi mapear e mensurar a substituição da cobertura florestal por atividades agropecuárias no assentamento Água Fria no município em questão entre os anos 2000 e 2010. De acordo com os resultados gerados, no período analisado houve um aumento de 71% nas áreas destinadas à agropecuária e uma redução de 30% na cobertura florestal. A dimensão da ocupação levantada será confrontada com a percepção dos assentados acerca da expansão da pecuária sobre os recursos naturais.
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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