BDPA - Bases de Dados da Pesquisa Agropecuária Embrapa
 






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Biblioteca(s):  Embrapa Mandioca e Fruticultura.
Data corrente:  12/02/2008
Data da última atualização:  13/02/2008
Tipo da produção científica:  Artigo em Periódico Indexado
Autoria:  BERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; REIS, M. S.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A.
Afiliação:  Irving J. Berger, APTA; Juliana Freitas-Astúa, CNPMF; Marcelo S. Reis, APTA; Maria Luísa P.N. Targon, APTA; Marcos A. Machado, APTA.
Título:  In silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo.
Ano de publicação:  2007
Fonte/Imprenta:  Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 752-760, 2007.
ISSN:  1415-4757
Idioma:  Inglês
Conteúdo:  Out of the 18,942 flavedo expressed sequences (clusters plus singletons) in Citrus sinensis from the Citrus EST Project (CitEST), 25 were statistically supported to be differentially expressed in this tissue after a double in silico hybridization strategy against leaf-, flower-, and bark-derived ESTs. Five of them, two terpene synthases and three O-methyltransferases, are absent in the other citrus tissues with concomitant 2x2 statistics, supporting the hypothesis that they are putative flavedo-specific expressed sequences. The pattern of these differentially expressed sequences during fruit development suggests that most of them are developmentally regulated. Some expressed gene products, including a putative germin-like protein highly expressed in flavedo, are shown to be promising candidates for further characterization. In addition to promoter seeking, this kind of analysis can lead to gene discovery, tissue-specific and tissue-enriched expression pattern predictions (as shown herein) and can also be adopted as an in silico first, and probably reliable approach, for detecting expression profiles from EST sequencing efforts before experimental validation is available or for heuristically guiding that validation.
Palavras-Chave:  EST; Fruit; Orange; Tissue-specific.
Thesaurus Nal:  gene expression.
Categoria do assunto:  --
Marc:  Mostrar Marc Completo
Registro original:  Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF)
Biblioteca ID Origem Tipo/Formato Classificação Cutter Registro Volume Status URL
CNPMF24304 - 1UPCSP - --S1267812678
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1.Imagem marcado/desmarcadoLUCHETA, A. R.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BASÍLIO-PALMIERI, A. C.; BERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; CRISTOFANI, M. An in silico analysis of the key genes involved in flavonoid biosynthesis in Citrus sinensis. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 819-831, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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2.Imagem marcado/desmarcadoBERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; REIS, M. S.; TARGON, M. L. P. N.; MACHADO, M. A. In silico prediction of gene expression patterns in Citrus flavedo. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 752-760, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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3.Imagem marcado/desmarcadoBERGER, I. J.; FREITAS-ÁSTUA, J.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BASILIO-PALMIERI, A. C.; LUCHETA, A. R.; NOVELLI, V. M.; MACHADO, M. A. Chalcone isomerase is likely encoded by a multigene family in citrus sinensis. In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 16., 2008, San Diego. Final abstracts guide. San Diego: Illumina, 2008. P21
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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4.Imagem marcado/desmarcadoFREITAS-ASTÚA, F.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BERGER, I. J.; LUCHETA, A. R.; BASÍLIO-PALMIERI, A. C.; AMARAL, A. M. do; BARBOSA, A. V. G.; MACHADO, M. A. Putative novel genes involved in the biosynthesis of sweet orange flavonoids. In: THE INTERNATIONAL CONFERENCE ON THE STATUS OF PLANT & ANIMAL GENOME RESEARCH, 16., 2008, San Diego. Final abstracts guide. San Diego: Illumina, 2008. P19
Tipo: Resumo em Anais de Congresso
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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5.Imagem marcado/desmarcadoBOASCARIOL-CAMARGO, R. L.; BERGER, I. J.; SOUZA, A. A.; AMARAL, A. M. do; CARLOS, E. F.; FREITAS-ÁSTUA, J.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; MEDINA, C. L.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. In silico analysis of ESTs from roots of Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 906-916, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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6.Imagem marcado/desmarcadoCAMARGO, R. L. B.; BERGER, I. J.; SOUZA, A. A.; AMARAL, A. M. do; CARLOS, E. F.; ASTÚA, J. F.; TAKITA, M. A.; TARGON, M. L. P. N.; MEDEDINA, C. L.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. In silico analysis of ESTs from roots of Rangpur lime (Citrus limonia Osbeck) under water stress. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 906-916, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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7.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; FABRIS, E. C. L.; AMARAL, A. M.; ASTÚA, J. F.; PINHATI, A. C. O.; CAMARGO, R. L. B.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, v. 30, n. 3, suppl., p. 957-964, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
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8.Imagem marcado/desmarcadoSOUZA, A. A. de; TAKITA, M. A.; COLETTA-FILHO, H. D.; TARGON, M. L. P. N.; CARLOS, E. F.; LOCALI-FABRIS, E. C.; AMARAL, A. M.; FREITAS-ÁSTUA, J.; SILVA-PINHATI, A. C. O.; BOSCARIOL-CAMARGO, R. L.; BERGER, I. J.; RODRIGUES, C. M.; REIS, M. S.; MACHADO, M. A. Analysis of expressed sequence tags from Citrus sinensis L. Osbeck infected with Xylella fastidiosa. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 30, n. 3, p. 957-964, 2007.
Tipo: Artigo em Periódico IndexadoCirculação/Nível: Internacional - A
Biblioteca(s): Embrapa Mandioca e Fruticultura.
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