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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Acre. |
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Data corrente: |
25/10/2023 |
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Data da última atualização: |
13/05/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, L. M. da; FORMIGHIERI, E. F.; PETERS, L. P.; ASSIS, G. M. L. de; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; CAMPOS, T. de. |
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Afiliação: |
JÔNATAS CHAGAS DE OLIVEIRA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; ANDRÉ LUCAS DOMINGOS DA SILVA, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; LUCIELIO MANOEL DA SILVA, CPATC; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; LEILA PRISCILA PETERS, UNIVERSIDADE FEDERAL DO ACRE; GISELLE MARIANO LESSA DE ASSIS, CPAF-AC; CARLA CRISTINA DA SILVA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; ANETE PEREIRA DE SOUZA, UNIVERSIDADE DE CAMPINAS; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
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Título: |
Novel microsatellite markers derived from Arachis pintoi transcriptome sequencing for cross-species transferability and varietal identification. |
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Ano de publicação: |
2024 |
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Fonte/Imprenta: |
Plant Molecular Biology Reporter, v. 42, p. 183-192, Mar. 2024. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1007/s11105-023-01402-9 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Forage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC=0.70) and discriminatory power (D=0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first gene-derived SSR for A. pintoi. These new informative microsatellites may be linked to agronomically important genes to be used in genetic studies. MenosForage peanut (Arachis pintoi) is an important leguminous forage that has gained popularity due to increased livestock productivity. Furthermore, the species helps with soil fertility and the restoration of degraded areas. However, A. pintoi has a limited number of molecular markers. The objective of this study was to create and characterize gene-derived microsatellite markers as well as to test their transferability to the peanut (Arachis hypogaea) and other six wild Arachis species. A total of 4461 putative simple sequence repeats (SSR) were identified, and PCR primer pairs were designed for 999 SSR regions after filtering out primers with the same annealing site and searching for sequences related to open reading frames (ORFs). The dinucleotide motif was the most common (628; 62.86%). For validation, 186 primer pairs were chosen at random, of which 63 (33.87%) were polymorphic, with an average of 7.37 alleles per locus. Polymorphic information content (PIC=0.70) and discriminatory power (D=0.80) were both high on average. The functional annotation discovered 120 sequences that were assigned to 87 gene ontology functional groups divided into three main categories: molecular function (27 sub-categories), cellular components (21 sub-categories), and biological process (39 sub-categories). Thirty-three SSRs were tested for transferability to peanut and six other wild Arachis species, resulting in variable cross-species amplification (63.64 to 100%). Here, we present the first... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Amendoim forrageiro; Anotação funcional; Cacahuetes forrajeros; Fitomejoramiento; Forage peanut; Identificación de especies; Marcadores genéticos; Repeticiones de microsatélite; RNA-Seq; Transcriptoma; Transferencia de genes. |
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Thesagro: |
Arachis Hypogaea; Genoma; Identificação de Estirpe; Marcador Molecular; Melhoramento Genético Vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Arachis pintoi; Gene transfer; Genetic markers; Genome; Microsatellite repeats; Plant breeding; Species identification; Transcriptome. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Acre (CPAF-AC) |
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Biblioteca |
ID |
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Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/11/2009 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
ARBEX, W.; YAMAGISHI, M. E. B.; SILVA, M. V. G. B. da; CARVALHO, L. A. V. de. |
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Afiliação: |
WAGNER ANTONIO ARBEX, CNPGL; MICHEL EDUARDO BELEZA YAMAGISHI, CNPTIA; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; LUIZ ALFREDO VIDAL DE CARVALHO, UFRJ. |
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Título: |
Inferência difusa suporte à descoberta de possíveis SNPs em seqüências de cDNA. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO ACADÊMICO DE MODELAGEM COMPUTACIONAL DO LABORATÓRIO NACIONAL DE COMPUTAÇÃO CIENTÍFICA, 2., 2009, Petropólis. Resumos... Petrópolis: LNCC, 2009. |
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Páginas: |
p. 19-20. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir dos resultados do Polyphred e do Polybayes, auxiliar na tomada de decisão, no caso em que as informações sejam divergentes e, também, na confirmação de informações coincidentes. Ou seja, utiliza a lógica difusa para suporte à decisão, avaliando os resultados gerados por dois diferentes métodos e, ainda, incluindo, explicitamente, o PQS das bases do consenso, como um "valorizador" adicional, que reduz os efeitos específicos de cada um dos scripts. |
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Palavras-Chave: |
Lógica difusa; Polimorfismo de base única; Suporte à decisão com inferência difusa. |
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Thesagro: |
Genética; Polimorfismo. |
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Thesaurus NAL: |
Fuzzy logic; Genetics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
LEADER 01456nam a2200253 a 4500
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245 $aInferência difusa suporte à descoberta de possíveis SNPs em seqüências de cDNA.$h[electronic resource]
260 $aIn: ENCONTRO ACADÊMICO DE MODELAGEM COMPUTACIONAL DO LABORATÓRIO NACIONAL DE COMPUTAÇÃO CIENTÍFICA, 2., 2009, Petropólis. Resumos... Petrópolis: LNCC$c2009
300 $ap. 19-20.
520 $aO presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir dos resultados do Polyphred e do Polybayes, auxiliar na tomada de decisão, no caso em que as informações sejam divergentes e, também, na confirmação de informações coincidentes. Ou seja, utiliza a lógica difusa para suporte à decisão, avaliando os resultados gerados por dois diferentes métodos e, ainda, incluindo, explicitamente, o PQS das bases do consenso, como um "valorizador" adicional, que reduz os efeitos específicos de cada um dos scripts.
650 $aFuzzy logic
650 $aGenetics
650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aGenética
650 $aPolimorfismo
653 $aLógica difusa
653 $aPolimorfismo de base única
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700 1 $aCARVALHO, L. A. V. de
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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