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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Suínos e Aves. |
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Data corrente: |
06/07/2022 |
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Data da última atualização: |
06/07/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
IBELLI, A. M. G.; SALMÓRIA, L. A.; TAVERNARI, F. de C.; PEIXOTO, J. de O.; MARCELINO, D. E. P.; DAL PIZZOL, M. S.; CANTAO, M. E.; LEDUR, M. C. |
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Afiliação: |
ADRIANA MERCIA GUARATINI IBELLI, CNPSA; LETÍCIA ALVES SALMÓRIA, Unicentro/Guarapuava; FERNANDO DE CASTRO TAVERNARI, CNPSA; JANE DE OLIVEIRA PEIXOTO, CNPSA; DÉBORA ESTER PETRY MARCELINO, FACC; MARIANE SPUDEIT DAL PIZZOL, UDESC/Chapecó; MAURICIO EGIDIO CANTAO, CNPSA; MONICA CORREA LEDUR, CNPSA. |
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Título: |
Identificação e caracterização de variantes funcionais no transcriptoma de duodeno em poedeiras. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL ON-LINE, 14., 2021. Anais.... Chapecó: UDESC: Concórdia: Embrapa Suínos e Aves, 2022. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Resumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que
estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas,
pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado
uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco
utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes
funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de
duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em
seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do
Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já
haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes
encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8,
NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura.
Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo
para um melhor entendimento da genômica funcional de aves.
Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets
in new approaches other than differentially expression analysis. One of them is the functional variants
identification that has become an alternative way to prospect polymorphisms in several species. Since
there are few studies using RNA-seq to find variants in chickens, this study aimed to identify and to
characterize the presence of functional variants in the laying hens? duodenum transcriptome. To this,
chicken duodenal transcriptome data were used for variant detection using GATK software. The
identified variants were annotated using Ensembl's Variant Effect Predictor (VEP) tool. A total of
119,046 variants were found in the evaluated transcriptomes, where 106,644 were existing (89.6%) and
12,402 (10.4%) were novel variants. Among them, it is possible to highlight some missense mutations
with deleterious effects predicted in the TNFRSF10B, DHX8, NRDC and SSPN genes that are in QTL
regions for several traits of interest to poultry industry. Our data constitute a source of knowledge in the
chicken genetic variability, contributing to a better understanding on its functional genomics. MenosResumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que
estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas,
pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado
uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco
utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes
funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de
duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em
seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do
Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já
haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes
encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8,
NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura.
Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo
para um melhor entendimento da genômica funcional de aves.
Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets
in new approaches other than di... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
InDels; RNA-Seq; SNPs. |
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Thesagro: |
Galinha Para Postura; Genética Animal; Polimorfismo. |
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Thesaurus Nal: |
Chickens; Polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/doc/1144489/1/final9762.pdf
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Marc: |
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520 $aResumo: O aumento no número de trabalhos de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) tem permitido que estes dados sejam utilizados em abordagens além da análise de expressão gênica diferencial. Entre elas, pode-se citar a identificação de variantes funcionais baseadas em dados de RNA-Seq que tem se tornado uma alternativa para prospectar polimorfismos em diversas espécies. Sabendo que esta estratégia é pouco utilizada nos estudos com galinhas, o objetivo deste trabalho foi identificar e caracterizar variantes funcionais no transcriptoma de duodeno de galinhas poedeiras. Para isso, dados de transcriptoma de duodeno de galinhas foram utilizados para a detecção de variantes utilizando o software GATK. Em seguida, as variantes identificadas foram anotadas com a ferramenta Variant Effect Predictor (VEP) do Ensembl. Foram identificadas 119.046 variantes nos transcriptomas avaliados, sendo que 106.644 já haviam sido descritas (89,6%) e 12.402 (10,4%) foram descritas neste trabalho. Entre as novas variantes encontradas, podem-se citar mutações missense com efeitos deletérios nos genes TNFRSF10B, DHX8, NRDC e SSPN que estão em regiões de QTL para diversas características de interesse para a avicultura. Estes dados constituem uma fonte de conhecimento da variabilidade genética desta espécie, contribuindo para um melhor entendimento da genômica funcional de aves. Abstract: The increase in the RNA sequencing (RNA-Seq) studies has allowed the use of these datasets in new approaches other than differentially expression analysis. One of them is the functional variants identification that has become an alternative way to prospect polymorphisms in several species. Since there are few studies using RNA-seq to find variants in chickens, this study aimed to identify and to characterize the presence of functional variants in the laying hens? duodenum transcriptome. To this, chicken duodenal transcriptome data were used for variant detection using GATK software. The identified variants were annotated using Ensembl's Variant Effect Predictor (VEP) tool. A total of 119,046 variants were found in the evaluated transcriptomes, where 106,644 were existing (89.6%) and 12,402 (10.4%) were novel variants. Among them, it is possible to highlight some missense mutations with deleterious effects predicted in the TNFRSF10B, DHX8, NRDC and SSPN genes that are in QTL regions for several traits of interest to poultry industry. Our data constitute a source of knowledge in the chicken genetic variability, contributing to a better understanding on its functional genomics.
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Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
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