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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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Data corrente: |
04/05/2021 |
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Data da última atualização: |
11/01/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento |
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Autoria: |
LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P. |
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Afiliação: |
VINÍCIUS NATTAN SILVA LEMOS, Biotecnólogo, mestre em Tecnologia Química e Biológica, bolsista na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília, DF.; ROBERTO COITI TOGAWA, Cenargen; MARCOS MOTA DO CARMO COSTA, Cenargen; ELIBIO LEOPOLDO RECH FILHO, Cenargen; PRISCILA GRYNBERG, Cenargen. |
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Título: |
Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos. |
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Título original: |
Analysis of the de novo and genome-guided approaches in combination to explore RNA-Seq data from oilseeds for fatty acid pathways annotation. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2021. |
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Páginas: |
33 p. |
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Série: |
(Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Boletem de Pesquisa e Desenvolvimento, 369.) |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foi gerada. Um total de 152, 156 e 150 transcritos de E. guineensis, J. curcas e R. communis referentes às proteínas pertencentes à 12 vias de metabolismo de ácidos graxos foram encontradas respectivamente, sendo 135 em comum. Os resultados ainda sugerem que há proteínas com expressão tecido-específicos pois 23, 6 e 11 proteínas de interesse de E. guineensis, J. curcas e R. communis não foram encontradas nos transcritomas, respectivamente. A estratégia desenvolvida neste trabalho mostrou ser eficiente para a mineração de dados de interesse em dados de RNA-Seq com baixa cobertura pois o uso de diferentes programas de montagem potencializou a identificação das proteínas. |
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Palavras-Chave: |
Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas. |
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Thesagro: |
Dendê; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Mamona; Ricinus Communis. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/223039/1/Boletim-rnaseq-369-finalabril1.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia (CENARGEN) |
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