| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Acre. |
|
Data corrente: |
09/10/2020 |
|
Data da última atualização: |
16/11/2023 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
|
Autoria: |
OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de. |
|
Afiliação: |
Jônatas Chagas de Oliveira, Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Recursos Genéticos da Rede Bionorte, Universidade Federal do Acre; André Lucas Domingos da Silva, Programa de Pós-Graduação em Ciência, Inovação e Tecnologia para a Amazônia, Universidade Federal do Acre; Carla Cristina da Silva, Universidade Estadual de Campinas; Anete Pereira de Souza, Universidade Estadual de Campinas; EDUARDO FERNANDES FORMIGHIERI, CNPAE; TATIANA DE CAMPOS, CPAF-AC. |
|
Título: |
Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites. |
|
Ano de publicação: |
2020 |
|
Fonte/Imprenta: |
In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020. |
|
Páginas: |
p. 83-88. |
|
Descrição Física: |
Banner. |
|
Série: |
(Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2). |
|
Idioma: |
Português |
|
Notas: |
Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau. |
|
Conteúdo: |
O uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da
espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro. |
|
Palavras-Chave: |
Acre; Amarillo MG-100; Amazonia Occidental; Amazônia Ocidental; Amendoim forrageiro; Análisis de secuencia; Belomonte; Cacahuetes forrajeros; Cultivo mixto; Embrapa Acre; Forage peanut; Genoma funcional; Leguminosas forrajeras; Pastos forrajeros; Repeticiones de microsatélite; Rio Branco (AC); RNA sequencing; RNA-Seq; Western Amazon. |
|
Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Gramínea Forrageira; Leguminosa Forrageira; Marcador Genético; Pastagem Consorciada. |
|
Thesaurus Nal: |
Arachis pintoi; Forage grasses; Forage legumes; Germplasm conservation; Microsatellite repeats; Mixed cropping; Sequence analysis. |
|
Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/216570/1/27049.pdf
|
|
Marc: |
LEADER 03415nam a2200577 a 4500
001 2125415
005 2023-11-16
008 2020 bl uuuu u00u1 u #d
100 1 $aOLIVEIRA, J. C. de
245 $aCaracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites.$h[electronic resource]
260 $aIn: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre$c2020
300 $ap. 83-88.$cBanner.
490 $a(Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2).
500 $aEditores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.
520 $aO uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi) em pastagens consorciadas com gramíneas tem importância econômica e ambiental. Avanços no programa de melhoramento da espécie podem ser obtidos com a ampla informação gerada pelo sequenciamento de segunda geração. A tecnologia de RNA-Seq permite obter extensa cobertura dos genes existentes no genoma com custo consideravelmente baixo. Os dados gerados possibilitam identificar novos marcadores, validar genes e rotas metabólicas. Atualmente existem poucos microssatélites disponíveis para o amendoim forrageiro. Assim, o objetivo deste trabalho foi desenvolver novos marcadores microssatélites a partir de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro. O RNA de duas cultivares (Belomonte e Amarillo MG-100) foi extraído e utilizado para montagem das bibliotecas, as quais foram sequenciadas e tiveram seu genoma funcional montado com o software Trinity® e metodologia de novo. Um total de 336 milhões de reads foi obtido, dos quais 84.229 foram utilizados na identificação de microssatélites. Dos 4.461 marcadores encontrados, 186 foram selecionados para validação e 80 (43%) apresentaram perfil ideal de amplificação. Desses 80, 29 foram genotipados e apresentaram-se polimórficos. Foi possível acessar a diversidade genética em 20 genótipos. Esses dados indicam a informatividade dos novos marcadores, os quais poderão contribuir para acelerar o melhoramento do amendoim forrageiro.
650 $aArachis pintoi
650 $aForage grasses
650 $aForage legumes
650 $aGermplasm conservation
650 $aMicrosatellite repeats
650 $aMixed cropping
650 $aSequence analysis
650 $aBanco de Germoplasma
650 $aGramínea Forrageira
650 $aLeguminosa Forrageira
650 $aMarcador Genético
650 $aPastagem Consorciada
653 $aAcre
653 $aAmarillo MG-100
653 $aAmazonia Occidental
653 $aAmazônia Ocidental
653 $aAmendoim forrageiro
653 $aAnálisis de secuencia
653 $aBelomonte
653 $aCacahuetes forrajeros
653 $aCultivo mixto
653 $aEmbrapa Acre
653 $aForage peanut
653 $aGenoma funcional
653 $aLeguminosas forrajeras
653 $aPastos forrajeros
653 $aRepeticiones de microsatélite
653 $aRio Branco (AC)
653 $aRNA sequencing
653 $aRNA-Seq
653 $aWestern Amazon
700 1 $aSILVA, A. L. D. da
700 1 $aSILVA, C. C. da
700 1 $aSOUZA, A. P. de
700 1 $aFORMIGHIERI, E. F.
700 1 $aCAMPOS, T. de
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Acre (CPAF-AC) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 1 | |
| 1. |  | OLIVEIRA, J. C. de; SILVA, A. L. D. da; SILVA, C. C. da; SOUZA, A. P. de; FORMIGHIERI, E. F.; CAMPOS, T. de. Caracterização de bibliotecas de RNA-Seq de amendoim forrageiro para o desenvolvimento de novos microssatélites. In: SEMINÁRIO DA EMBRAPA ACRE DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA E PÓS-GRADUAÇÃO, 2., 2019, Rio Branco, AC. A Contribuição da ciência para a agropecuária no Acre: anais. Rio Branco, AC: Embrapa Acre, 2020. p. 83-88. Banner. (Embrapa Acre. Eventos técnicos & científicos, 2). Editores técnicos: Virgínia de Souza Álvares; Fabiano Marçal Estanislau.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
|    |
| Registros recuperados : 1 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
